公元403年十二月，东晋权臣桓玄在清洗了东晋宗室实权派与北府老将之后，终于篡晋自立，建立了所谓“楚朝”，史称桓楚。然而桓楚才建立了两个多月，北府将刘裕便率领义军杀到建康把他给打跑了。桓玄回到江陵，又被北府将刘毅率领的东晋西征军打败，最终在逃亡益州途中被益州刺史毛璩派兵攻杀。
就在桓玄死的前一天，桓楚的荆州别驾王康产与南郡太守王腾之已宣布反正，共同拥戴晋安帝复位。桓玄等人被杀后，晋安帝又下诏大赦天下，毛修之与冯迁灭贼有功，毛修之升为掌禁军宿卫、羽仪清道的骁骑将军，冯迁升为汉嘉太守。但没几天，桓玄之侄桓振就偷袭江陵成功，杀了王康产与王腾之，又挟持了晋安帝。桓玄死后，晋朝西征军以为大局已定，走的就慢了些，再加上风向又由不久前的顺风变成了逆风，所以耽误了行程，等到听闻桓氏重夺江陵，这才打起精神赶紧进攻，刘毅攻克了巴陵，何无忌、刘道规则破桓谦于马头，破桓蔚（桓玄堂兄）于龙泉（二地皆在今湖北荆州市东南）。
西征军连战连胜，就连何无忌也产生了轻敌情绪，想要一鼓作气拿下江陵，这时又是刘道规想法不同，他表示：“兵法，屈申有时，不可苟进。诸桓世居西楚，群小皆为竭力；（桓）振勇冠三军，难与争锋。且可息兵养锐，徐以计策縻之，不忧不克。”
此前峥嵘洲之战，楚军势大，诸将要退是刘道规坚持迎战，结果赢了；如今胜利在望，诸将要战，刘道规又提出要息兵养锐，可这次诸将却不听了，就你想法多，这次我们偏要进攻。于是，两军在江陵城东的灵溪展开大战，结果桓楚最猛的两大悍将桓振与冯该联手，大破何无忌等人，西征军战死千余人。诸将只得退回寻阳，向朝廷上疏请罪，刘裕认为刘毅是主帅应负主要责任，遂免其青州刺史之职而自领之。与此同时，益州刺史毛璩派兵攻破了汉中，斩桓希，毛璩遂又自领梁州。至此，毛璩，桓振，刘裕三大势力已呈鼎立之势（分占上中下游）。
经过几个月的修整，这年十月，刘毅、刘道规、何无忌率领西征军再次出发了，桓振派出自己手下第一大将冯该率军一万余人在夏口阻击。这一战，刘毅知耻而后勇，亲贯甲胄在阵前指挥作战，结果不到半日就打破了冯该的防御工事，冯该大败，落荒而逃。
十二月，刘毅又率军攻占巴陵。刘裕赏罚分明，立刻以此战功，拜刘毅为使持节、兖州刺史，将军如故。刘毅领军号令严整，所经城邑，秋毫无犯，百姓安悦，遂一路进逼至江陵东南面的江津。而就在这时，太元末（396年）自关中扶风投奔晋朝的流民帅南阳太守鲁宗之亦入局反桓，领兵南下襄阳，打败了桓振所委任的雍州刺史桓蔚，并沿汉水南下打败了桓氏将领温楷，进屯于江陵西北的纪南城。桓振两面临敌，一时不知所措，竟然派人找刘毅谈判，说要用晋天子司马德宗交换江、荆二州。刘毅哭笑不得，你这绑匪太不懂行情，天子虽然精贵，但这肉票可值不了两州之地，快点投降吧，你完蛋了。
桓振无奈，只得先救一边火。他命桓谦、冯该防守江陵，而自率大军北上，进攻鲁宗之。桓振也果然善战，一战就大败鲁宗之，然而得胜归来的桓振却发现，江陵城头火光冲天，显然已经被攻破，桓振军心顿失，其众皆溃，桓振只得带着一帮亲信逃亡涢川（今湖北安陆一带）。原来，刘毅一等桓振离开，就立刻发动了攻城，桓谦知道打不过，竟然弃城而逃，带着一帮桓氏子侄与桓楚旧将逃奔后秦去了。此后朝廷又派辅国将军刘怀肃（刘裕姨母赵氏之子）、龙骧将军檀祗（檀凭之侄子）等人花了几个月的时间，终于扫清了桓振、冯该、苻宏等桓楚残余势力。冯该被刘怀肃讨斩于石城；苻宏被檀祗讨斩于湘东；桓振死得最惨烈，史载他与部下痛饮绝命酒后，杀入晋军阵中，身中数箭后被乱刀砍死。
自桓温以来，谯国桓氏对荆州近六十年的统治，就此宣告终结。
经过近一年的战争，大晋朝的天下总算失而复得，晋安帝又重新回到建康做了皇帝。这一切，当然要归功于京口举义而又西进灭桓的刘裕、刘毅等人。为表彰北府诸将的建义之举，朝廷宣布改元“义熙”，希望大义所至，为国家带来安定与繁荣。
而如今大事既定，北府诸将的军功与权力也需要朝廷作进一步的确认与封赏了。一个统治集团的根本任务，其实就是分配利益，士族掌权的时候是如此，如今军人掌权了，也需要如此。
义熙元年（405年）三月十九日，朝廷下诏，做出以下人事安排：
1. 任命琅邪王司马德文（晋安帝弟弟）为大司马（一品），武陵王司马遵为太保（一品）。
2. 任命刘裕为侍中（门下省长官）、车骑将军（二品）、都督中外诸军事（督领建康宫中与宫外的所有京师禁军），徐、青二州刺史如故。
3. 任命刘毅为左将军（三品），兖州刺史如故（不久又进位抚军将军）。
4. 任命何无忌为右将军（三品）、督豫州和扬州五郡诸军事、领豫州刺史，掌西府兵。
5. 任命刘道规为辅国将军（三品靠后）、督淮北诸军事、并州刺史。
6. 任命魏咏之为征虏将军（三品靠后）、吴国内史。
7. 任命刘敬宣为江州刺史，辅国将军如故。
对于这些高官重权，诸将都欣然接受，然而刘裕却独独坚决推辞，司徒王谧以为刘裕嫌官小，就与百官商量，要把自己的“录尚书事”也就是相权也让给刘裕，但刘裕又坚决推辞。其实，王谧等人会错意了，对于朝廷的相权与建康禁军的兵权，刘裕根本就不想要也不敢要。毕竟，在京口建义功臣之中，刘裕还没有压倒性的军功与权威，比如刚收复江陵的刘毅与何无忌就是行事较为强势的竞争者。特别是刘毅，总觉得刘裕虽是举义京口、收复建康的首脑元勋，但自己也是西征荆州、迎回安帝的元勋首脑，两边差距不大，凭啥一定是你刘裕当老大，我俩至少平起平坐才对。事实上，刘毅从桓家手里夺回安帝后就利用安帝下了一道诏书，直接把自己提到了临时执政的位置上（注1）。可见刘毅相当急着上位，但建义诸将显然也不希望刘毅一人轻松坐大，所以，安帝一回到建康，这道诏书就悄无声息地作废了，大家就当这事没发生过。
在这种情况下，如果刘裕贪恋权位留在中央执掌朝政，那么一则会留人口实，对团结不利，二则也势必会放松对北府兵权的掌控。而且现在刘毅正留屯夏口，整合荆州力量，一旦荆州的势力起来了，可能又会对下游建康造成威胁。此次东晋遭遇桓玄之乱，最开始的源头就是中央与藩镇不和，藩镇之间也不和，结果互相兼并，终成大祸。所以刘裕还是想先回京口，继续狠抓兵权、协调诸将，细心维护各军府势力之间的平衡，使其形成合力，并伺机解决掉东晋这百年来上下游割裂对峙的大难题。至于中央的朝政，还是暂时交给王谧等人就好，这样建义诸将也都没话说了！
但这些话，刘裕也不好明说，只能大家慢慢体会。王谧等人一时也不懂啊，还以为刘裕在搞“三让”那一套，于是又让安帝下诏要百官都来刘裕宅第敦劝，安帝还亲自来到刘裕宅第，劝刘爱卿给朕个面子，赶紧接受任命吧！
皇帝的面子，刘裕不能不给，于是他第二天一大早就来到宫门前跪下，又是请罪又是道歉，总之非常诚恳的告诉晋安帝，朝廷这活自己实在干不了，还是请天子允许我继续留在军事口好好工作吧！
王谧等人这才真正明白了刘裕的心思，看来老兄你是真的很想好好抓一抓军事啊，好吧，那么全国的军事就都交给你了！
于是，朝廷下诏，撤销此前任命，改授刘裕都督荆、司、梁、益、宁、雍、凉七州，加上刘裕此前所督扬、江、徐、兖、豫、青、冀、幽、并九州，加起来总共十六州诸军事。此前司马元显创造的记录是都督十八州军事，如今刘裕只比司马元显少督了交、广二州，这在寒门武将之中也算是破纪录了。
刘裕既然督了十八州军事，那么他就可以认真筹划，改一改此前朝廷对北府诸将的任命了。
这天下的藩镇虽多，但关键还是在扬（徐）、荆、江、豫这四州上。目前这四州的军事，乃由反玄义军的京口举义派与流亡北奔派共分，扬（徐）州（刘裕）与豫州（何无忌）归京口派，荆州（司马休之）与江州（刘敬宣）归北奔派。
对于这种分配，北府诸将很有一些意见，特别是西征军的统帅刘毅认为：“刘敬宣不豫建义（没参加京口举义）。猛将劳臣（京口派一帮人），方须叙报；如敬宣之比（北奔派一帮人），宜令在后。若使君不忘平生（指刘敬宣父子曾对刘裕有知遇之恩），正可为员外常侍耳。闻已授郡，实为过优（刘敬宣归晋后先为晋陵太守，后升为江州刺史）；寻复为江州，尢为骇惋。”其实刘敬宣也曾是刘毅的老上司，只不过关系并不太好，当初，刘毅起家为宁朔参军，也就是宁朔将军刘敬宣的参军，表现还不错，当时很多人认为这是一个雄杰必成大器，偏偏刘毅的顶头上司刘敬宣不这么看：“夫非常之才自有调度，岂得便谓引君为人豪邪！此君之性，外宽而内忌，自伐而尚人，若一旦遭遇，亦当以陵上取祸耳。”刘毅听了这段评语，早就怀恨在心，如今还不趁势搞事情？刘敬宣也知道刘毅这个人不好惹，干脆自己上表请求解去职务，回到京口提前养老。刘裕本来就和刘敬宣关系很好，所以趁此时机极力拉拢刘敬宣，给他赐钱赐物，还常与他一同游宴，最后又恢复他的将军号为冠军将军，任宣城内史（今安徽宣州）。
刘敬宣毕竟是刘牢之的儿子，本人在北府军中仍有深厚的人望与关系。刘毅以私仇而结怨于刘敬宣一派是非常不智的，这等于将这一派势力彻底推到了刘裕这边。
而就在此时逃亡涢川的桓振再次起兵攻陷了江陵，荆州刺史、都督荆益梁宁秦雍六州诸军事司马休之弃城而逃，出奔襄阳。刘毅遂派刘怀肃等人击斩桓振，收复江陵。司马休之被弹劾免官召回了建康，转任后将军、会稽内史。如此出奔派全面失势，上游荆、江督将空缺，刘裕又得重新作出安排。
这二州之中，荆州督将无疑是重中之重，刘毅也早就觊觎着了。但刘裕显然不想把这个位置交给他，首先就关系而言，刘裕刘毅在京口举义之前并无深交，难谈信任，而且刘毅跟刘裕所亲信的王谧（注2）、刘怀肃（注3）、刘敬宣等人关系都不好，如果刘毅督荆州，则上下游之割裂对峙之势必将再起，到时晋朝又要国无宁日了。
但是，以刘毅西征灭楚、迎还安帝之大功，也必以大州督将酬之，否则也难以服众。所以刘裕思虑再三，决定以刘毅替换何无忌，任命为督豫州和扬州五郡诸军事、领豫州刺史，持节、将军、常侍如故。从此刘毅成为二品持节都督，镇守建康西部屏藩西府历阳与南部屏藩南州姑孰，与刘裕成分庭抗礼之势。
何无忌的豫州给了刘毅，那么刘敬宣的江州就正好交给何无忌。何无忌与刘裕关系一向很好，而且还是京口举义的第一创始人，让他督江州比刘敬宣更合适也更能服众。另外何无忌在西征时与刘毅闹了不少矛盾（注4），用他率兵镇守在豫州上游可以压压刘毅的威风。
至于荆州之重，刘裕暂时没法交给任何人，但有一个候选人，那就是他小弟刘道规。在西征两大战役桑落洲之战与峥嵘洲之战中，刘道规的两次建言都展现了其对战局的极度冷静与睿智，其明毅英断，显是处理复杂局面的高手（功曹刘翘何其厉害，生了三个儿子两个是一流名将）。而且把荆州交给自己人，可以为刘裕整合上下游势力打下极好的基础。当然，以刘道规目前之威望、资历，还不足以担此大任，而且当时在江、荆、豫三州交界地区，仍有桓楚残余势力在袭扰郡县，局势仍不稳定。所以刘裕先让刘道规以本官进督江、荆、豫九郡诸军事，率领刘怀肃、檀祗诸将讨平九郡桓楚残余势力。同时升魏咏之为荆州刺史，持节、都督荆、益、宁、秦、梁、雍六州诸军事，领南蛮校尉。然而一年后，魏咏之病逝，朝廷便以刘道规平定桓楚余孽之功，让刘道规代替魏咏之的职务。这样一来，东晋军镇就沿着长江中下游，形成了荆州刘道规、江州何无忌、豫州刘毅和扬（徐）州刘裕四大势力的分布格局。
大家也许会奇怪，我为什么不提长江上游的益州呢？其实桓玄被灭后没多久，益州也易主了，而且还脱离了东晋正式独立了。原来，当桓振起兵荆州大乱的时候，益州刺史毛璩也想趁机东下分一杯羹。但出蜀作战介入东晋门阀政争，只会提高毛氏在晋朝的地位，巴蜀本地大族没有任何收益，跋山涉水只是给毛璩当炮灰罢了。于是，巴西豪强谯纵、侯晖等人率领手下氐兵造反，回攻毛璩，毛璩战败，全家被杀。谯纵遂宣布益州独立，自称成都王，建立了十六国中的谯蜀政权。谯纵出身巴西谯氏，他有位挺有名的族人前辈，就是当年三国时蜀汉的最大投降派谯周。
注1：《资治通鉴·晋纪三十六》“安帝义熙元年”条：“乙未（正月十三日），诏大处分悉委冠军将军刘毅。
注2：《晋书·王谧传》：“王谧既受宠桓氏，常不自安。护军将军刘毅尝问王谧：‘玺绶何在？’（王谧曾手解晋安帝玉玺授予桓玄）……王谧惧而出奔。刘裕笺诣大将军、武陵王司马遵（为王谧担保），遣人追蹑。王谧既还，委任如先，加班剑二十人。”刘毅逮着王谧的政治污点穷追不舍，反映了他“志在兴复，情非造宋”，极力维持现有秩序的政治立场。其实像琅琊王氏这种顶级士族，从来就没有死忠一姓的说法。事实上，琅琊王氏的先祖、魏晋大臣王祥死前曾向子孙提出五条“立身之本”，其中有信、德、孝、悌、让，但唯独没有提到“忠”。琅琊王氏从曹魏到隋唐足足八个朝代都长盛不衰，秘诀就在这里。
注3：《宋书·刘怀肃传》：“（刘怀肃）既行失（刘毅）旨，（刘）毅上表免怀肃官。”刘怀肃丢官之后，乃于次年即义熙三年（407年）郁郁而终，时年四十一岁。刘裕失去了宗戚中一大助力，非常惋惜，乃表朝廷追赠他为左将军。
注4：《晋书·刘毅传》：“刘裕命何无忌受毅节度，无忌以督摄为烦，辄自解统。（刘）毅疾无忌专擅，免其琅邪内史，以辅国将军摄军事，无忌遂与毅不平。”
