1948年6月，以中野4纵12旅以及西北民主联军38军17师为基础，成立陕南军区，任命刘金轩为司令，汪锋为政委，陈先瑞为副司令，李耀为副政委。

在这个任职的背后，还有一些不为人知的插曲。

上级原本让陈先瑞担任政委，因为12旅与17师各出一个主官，有利于团结工作。

或许12旅战斗力更强劲一些，担任旅长的刘金轩直接担任军区司令，陈先瑞在解放战争时的职务并不低，中原突围后，担任豫陕鄂军区副司令。因为他过去在陕南开辟过新区，熟悉这里的地情、人情等。

该职务相当于纵队副司令，部队在豫陕鄂发展困难后，主力部队撤回到山西，他被调去担任西北民主联军38军副军长。内心还是比较排斥一些的，不是很愿意在起义部队工作，不容易开展工作。但上级让他去加强38军军事领导力量，也是希望他担负起重任。后来38军编入陈谢集团，南下豫西作战。

当时，胡宗南主力将兵力放在陕北，陕南地区空虚，为牵制胡宗南部队，缓解西北野战军压力，抽调两支部队进入陕南开辟根据地。组建军区时，司令员是刘金轩，让他担任政委，心里是有些不愿意的。

尽管在土地革命时期，担任过一段时间政治工作，可相比之下担任军事工作时间更长。从跟着25军离开鄂豫皖挺进陕南后，自己就从政工改为军事，在陕南拉队伍，成为师长。原本只有几十人的队伍，经过一年多时间，扩编到两千多人。

抗战爆发后，他领导的部队改编为警备团，担任团长，保卫陕甘宁边区。1944年被抽去前线工作，担任军分区司令员兼政委。抗战结束后，部队编入中原军区，担任15旅政委。中原突围后，从鄂西北军区调任豫陕鄂军区担任副司令，豫陕鄂军区第二野战纵队司令。主力部队撤到山西后，担任38军副军长。

总之，负责军事工作时间更长，自己更愿意干军事。可司令员只能有一位，而且12旅也是陕南军区主力部队，刘金轩的资历不比陈先瑞低。从部队战斗力，资历，以及贡献程度，指挥能力来说，刘金轩作为司令员是最合适的，陈先瑞担任政委也是合适的。可他认为干政工需要有文化，会总结，不仅讲话、讲课、还要注意自己的举止、形象，不能像军事干部那样粗豪。自己喜欢干脆果断，不习惯婆婆妈妈的说教。

此后，刘金轩率领12旅参加中野主力的各大作战，军区军事工作实际上由陈先瑞负责。