1864年7月19日，也就是清同治三年六月十六日，曾国荃所率湘军吉字营采用穴地填埋炸药的办法，炸开了天京（如今的南京）太平门，天京宣告陷落。天京失陷，标志着持续15年之久的太平天国走向覆灭。

历经两年多惨烈的天京之战，李秀成所率苏浙数十万太平军近乎覆灭。城破时，城内3万多军民大多遇害。李秀成带着千余亲信，乔装保护幼天王洪天贵福从缺口趁乱出城。出城不久，他们被乱军冲散。幼天王经句容、溧水到安徽广德与洪仁玕会合，李秀成则往东南逃走。

李秀成逃至南京东南方山时，因佩戴的昂贵配饰暴露身份，被村民陶氏兄弟逮住，送到湘军提督萧孚泗那儿。曾国荃把他囚禁9天，由曾国藩亲自审问。李秀成留下约4万字的《李秀成自述》供状后，很快就被曾氏兄弟处决。

1864年11月，左宗棠麾下楚军将领席宝田、王开琳于江西石城杨家牌擒获幼天王洪天贵福，护送他的8部太平军残部四散而逃。11月18日，年仅16岁的洪天贵福在南昌被江西巡抚沈葆桢处以凌迟之刑。从石城突围的干王洪仁玕在江西广昌被捕，很快被押往南昌，11月23日，43岁的他被沈葆桢施以刮刑。

太平天国覆灭后，约40万太平军余部因未卷入天京之战，成建制地留存下来。尽管天京失陷，太平天国已成为历史，但这场运动的火种并未完全熄灭，依旧在大江南北持续蔓延燃烧。

长江以南，侍王李世贤所率太平军是主力，起初拥众十余万，到福建后扩至20多万。康王汪海洋率部转战南方多省，拥兵十余万，也是重要力量。来王陆顺德率数万人在广东作战。扶王陈得才部活跃于豫、皖、鄂，遵王赖文光部远征陕西且与捻军联合，规模更大、影响更久。

侍王李世贤乃李秀成堂弟，在太平军余部里是极具威望的领袖。他带领着十多万人马，堪称太平军剩余力量的核心主力，于南方的江西、福建、广东三省来回辗转作战。

1864年10月，李世贤带着部队翻山越岭、涉过急流，从江西直捣福建，成功拿下闽南要地漳州。到了漳州后，他四处招募人马，还拉了不少青壮年入伍，兵力逐步扩充，对外宣称有20万之众，实际也就10多万人。

清廷担忧太平天国再度兴起，赶忙指派闽浙总督左宗棠带领其手下楚军，刚获封一等肃毅伯的李鸿章率装备精良的淮军前往镇压。在清军和外籍雇佣军的联合打击下，李世贤虽曾有歼灭4000楚军的辉煌战绩，但终究势单力薄，只好撤出福建，退往广东，打算和康王汪海洋部会合协同作战。

汪海洋部是太平残军中较有实力的一股力量。他心胸狭窄，对威名远扬的李世贤并不待见。一来忌惮其威望高、号召力强，怕自己军队被兼并；二来曾杀李世贤族叔李元茂，怕丑事败露。他假意迎接，实则暗藏杀机。8月23日，汪海洋带心腹潜入李世贤卧室，将熟睡的他刺死。

于广东持续作战的来王陆顺德，遭叛徒林正扬背叛出卖，落入清军手中，最终被擒杀，他所率领的部队也随之全军覆没。

汪海洋因杀害李世贤，愈发孤立无援。1865年1月，他在和楚军、淮军交战时，被炮弹击中负伤，没过多长时间便因伤势过重离世。同年2月，汪海洋所率的太平军在清军的重重围攻下，落得个全军覆灭的结局。

1864年5月，扶王陈得才带领约20万西北太平军，在安徽霍山遭科尔沁亲王僧格林沁大军击败。之后，其麾下天将马融和、倪隆怀领着7万将士向僧格林沁投降。不久，部将范立川、陈汉太又率11万将士向安徽皋司英翰投降。陈得才成“光杆司令”，无力阻止部下降清，绝望服毒自尽。

两年前，遵王赖文光曾和陈得才一同奉命远征西北。后来，他联合北方捻军，在安徽、山东、陕西和江苏北部等地持续开展抗清斗争。直至1868年，其反抗行动才被清军全面镇压，宣告失败。

【南方太平军将领、偕王谭体元坚持到最后一刻】

谭体元来自广西象州，起初参与金田暴动，而后跟着太平军北上，隶属于翼王石达开麾下。天京变乱发生后的1857年，他随石达开离开天京，之后又随石达开离开安徽安庆，开始在外独立作战。

跟随石达开一路征战，途径安徽、浙江、福建、江西、湖北、湖南等多个省份。在数省辗转作战的过程中，多次遭遇挫折。随后向南进军广西，因表现获石达开封赏，被赐予钦天豫这一爵位。

1860年，一些将领因战事连连失利，对未来感到悲观，开始怀疑石达开，便与其分道而行。谭体元会同傅忠信、朱衣点等翼王部将，率十余万（也有说20万）精兵从广西宜州踏上“万里归朝”之路。谭体元部经湖南，与汪海洋部会合后入江西。12月，攻占德兴，再夺安徽婺源，随后东投李世贤，随其在江西、浙江等地作战。

1862年，他获主将职衔。4月，接到命令前往遂昌救援，却被湘军打退，只能往后撤到汤溪。此后，他凭借多年累积的功劳，被太平天国封为偕王。

1864年7月，天京被清军攻陷，太平天国就此覆灭。8月，偕王谭体元联合干王洪仁玕、堵王黄文金等8支太平军，护送幼天王洪天贵福从安徽广德前往宁国县，打算去江西投靠侍王李世贤。谭体元率部先南下浙江，再进入江西，在石城杨家牌与主力会合时，遭楚军席宝田部突袭，8部太平军溃败，幼天王被清军俘获，谭体元率部突出重围。

谭体元脱险后，带着队伍投靠了康王汪海洋，跟着他经宁都、瑞金到了福建，一举攻占了福建汀州（长汀）。12月，谭体元率部与左宗棠的楚军在汀州、上杭、连城一带激烈交战，大败楚军，歼灭4000多人。1865年3月，面对楚军和淮军联合围剿，作战不利的谭体元部往南撤到上杭、永定。

同年5月，清军围追堵截，谭体元随汪海洋部退至广东大埔（今茶阳），很快又折返福建。在福建永定狮龙岭，他们遭左宗棠部楚军伏击，太平军激战中伤亡惨重，失利后向上杭、武平撤退，接着进入广东，占领镇平、平远（今蕉岭、仁居）。之后，汪海洋刺死兵败来投的李世贤，吞并其残部。12月，汪海洋攻嘉应州（今广东梅州），谭体元部打头阵，成功攻克。

1866年2月初，楚军和淮军大规模进攻，康王汪海洋战死，谭体元接手指挥。2月7日，谭体元率部弃城离开，到黄沙嶂迷了路，在这一带徘徊许久。2月9日，清军追来，谭体元督军死战，太平军伤亡巨大。他力战难支，突围时跳崖而死，也有记载称他被清军擒杀。此后，南方20多万太平军余部全灭。

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