藏经洞写卷文书与大量的佛画在经过王道士最初的四处奉送、巴结官府人物、及卖出了一些之后，又分别于1907年、1908年经斯坦因、伯希和的劫掠，至此，大半与精华已经流散国外，那么所剩下的部分的命运又是如何呢？
1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》，《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示给北京的中国学者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。伯希和首先到了南京，会见了即将调任直隶总督兼北洋大臣的两江总督端方，正是由于他与当时的要员端方的关系，因此到了北京后受到了当时京师一批硕学鸿儒的盛情招待。当时在北京的许多著名学者如罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康等前住抄录敦煌文献，参观者络绎不绝。1909年9月4日在北京的六国饭店，在京的学界名人几乎全都参加了这次招待伯希和的盛大的宴会。会上年少气盛、得意过分的伯希和，坦言说出这些宝物的由来，致使罗振玉等人如梦惊醒，受到极大震动。谁也不可能想到，那万里之外的蛮荒大漠会有如此巨大的考古发现，并且已经多半被这些穿越西域而来的西方探险家们弄走了。这次活动惊动了中国学人，也是中国国内第一次大范围的对敦煌石室藏经的了解，更是中国人第一次为国内发现如此重要和珍贵的东西被劫掠国外而震惊，尤其使得一批有良知的文化界人士开始考虑挽救国宝的问题。
1909年中秋节，罗振玉首次访问伯希和于苏州胡同，随即得知敦煌石室还有大量写经卷本，至少还有六朝和唐宗写本数千件，便急不可待地报告给学部，请学部发电报给陕甘总督毛实君，托他将劫余敦煌卷子购送学部，并亲自拟好了电文上呈学部。学者的大义具有一种感人的力量。他终于说服了学部左丞乔树楠，并由他代写电文，命令陕甘都督毛实君即刻封存莫高窟藏经洞内剩余的古物，严禁外国人购买。学部还拨款库银3000两，交给敦煌县令陈藩尽量收集失散的经卷文物。转年，由新疆巡抚何彦升负责，把封存在藏经洞内的文献古物全部解送到北京。罗振玉是敦煌遗书碰到的第一位恩人，但这并不意味着它的厄运已经结束。
押送进京的任务交给了新疆巡抚何彦升押运，押解差官是江西人傅某，前来押运的清朝官吏很不用心，并没有把藏经洞文献收拾干净，而且沿途又遗失了不少。袋装的敦煌遗书被搬了出来。带着厚厚尘土扔在大车上。连木箱也没有，只用草席捆扎遮盖，有力的大手把堆满车上的文献刹紧。
王道士瘦小的身影呆在一旁，看上去不知所措。其实王道士好像早就料到这一点，在官府清点之前，他早把一些比较好的写本转移收藏起来。就在这些卷子被封存在藏经洞那段时间里，他早做过手脚，把许多珍贵的写本都盗取出来了。这两个被他称做“转经桶”的大木桶，就是他巧妙藏匿写本的地方。后来，英国人斯坦因再一次从王道士手里买到了大量写本。还有一部分在1911～1912年间被日本大谷探险队的吉川小一郎和橘瑞超买走，总数也有数百卷。大谷探险队的成员，没有经过考古学的训练，从他们在新疆盗掘古墓的行径来看，也不是虔诚的佛教徒。他们得到敦煌写本后，既没有编目，也没有马上放入博物馆保存，以致后来流散各地，甚至不知所在。俄国人鄂登堡的收获更是惊人，一次弄走古写本3000件以上。从敦煌到兰州那些大大小小官员们从来没拿藏经洞当回事，王道士才敢如此胆大包天。民国初年，甘肃和新疆一带，经常有人向外国人兜售这种古老珍奇的写本，其散失之严重可以想见！直到民国８年1919年，甘肃政府有了耳闻，又命令敦煌当局查找流失的敦煌遗书时，再次把藏经洞打开，里边居然还埋藏着94捆！中国的文化就这样被无知荒唐地虐待着！
敦煌藏经洞宝藏的恶运还远没有结束。
虽然藏经洞宝藏在它被发现后的第9年，当时的清政府终于完全接管了。这些藏品虽然是斯坦因、伯希和劫掠后剩下的，但毕竟还有8000多件，数量还颇为可观。但是，谁也不会想到，从敦煌到北京，这些藏品竟会经历怎样一个苦难旅程。学部的调令由刚刚调任的甘肃藩司、代理巡抚何彦升负责。他命令敦煌知县陈泽藩查点剩余经卷，送达兰州。在王道士管理藏经洞的时候，藏品的流出都是在秘密的状态下发生的，只有极少数人了解一些情况。现在，北京的命令和兰州的执行，使得藏经洞有价值不菲的宝藏成了公开的新闻，无人不知敦煌卷子价值连城。于是，一场以获得藏经洞藏品为目标的游击战广泛展开。从敦煌到北京，变成了一条掠夺敦煌藏经的战线。
当这辆大车停在敦煌衙门的门口时，便开始了被偷窃的痛苦的历程。沿途一路，大小官府如同层层关卡。官员们和经手人雁过拔毛，不断把手伸进这“运宝”的车中。他们根本不懂这宝物指何而言，只知道它们价值连城而决不放过机会捞一把罢了。文物，在纯正的文化人的眼里是精神财富；在无知而贪婪人的眼里只是一种变相的黄金。
运载经卷的大车离开藏经洞，首先到达敦煌县城。押送的人把车子停在官衙门外，大家入内吃饭。在室内大吃大喝的同时，门外的人就从大车上抽取经卷。押送的人对于门外发生的事睁一只眼闭一只眼，装作什么也不知道。负责招待押送官的人与门外抽取卷子的人实际上就是同伙。从敦煌，经过酒泉、高台、张掖、永登，到兰州，兰州以后再到定西，一路都有经卷丢失，盗窃的人多采用类似的手法。
对敦煌卷子有兴趣有盗窃机会的人都是当地的上层人士，地方官宦、名士、乡绅，各有所得。敦煌卷子一时成为抢手货，敦煌为官者乃至甘肃的为官者，甚至于行伍出身的军人，也无不以得到敦煌经卷为快慰。实际上，多少人参与这一路的盗窃，有多少经卷流失，如今已成了永远的谜。
然而，最厉害的一关，要算主管此事的新疆巡抚何彦升。当运载写本的大车进了北京城后，押运官何彦升并没有马上移交学部，他竟让儿子何震彝把车子接进他家。由何震彝和他的岳丈李盛铎，以及刘廷琛、方尔谦等人一同把车上所有经卷写本翻了一遍，择其精好，悉数窃取出来。为了怕缺了件数，被人发现，竟将较长的卷子一撕为二来充数。然后才交给学部，入藏京师图书馆，总共约八千多件。
何家藏品后来卖给日本京都藤井氏有邻馆，李家藏品一部分归南京国立中央图书馆，今在台北，另一部分文书，后来以8万日元卖给了日本人。这便是敦煌文化悲剧中一个最黑暗、最丑恶的细节了！
就这样，这批敦煌遗书的劫数才算到头。在大车把这些劫后仅存运进京师图书馆时，总卷数为8697号。仅仅是它出土时的五分之一！而且绝大部分都是佛经，那些具有无限深广的社会经济意义与极其丰富的世俗生活内容的文书，差不多都被伯希和与斯坦因运走了。就连这些佛经也被清朝的官员们撕裂得首尾不全，伤痕累累，这是一个民族最为黑暗的一页，也是我们的耻辱史上自己写上的一笔。
在清政府运走藏经洞文物时，有专银支配，当时也答应给王道士一些银钱，作为修补佛窟之费，但是王道士迟迟没有等到这笔款子的到来，心中也一直挂念着此事，在等待没有希望的时候，于是决定上书朝廷催款，书有《催募经款草丹》。只可惜，他不知道1911年之后清政府早已下台，同时他可不知道当初给他的银两早已被腐败的官员们挥霍掉了，那有他的份。不过他的催款书也一直没有发出去，估计他也无处投寄，只好搁置书箱。上世纪四十年代国立敦煌艺术研究所时期，在三清宫下寺的一木箱子中发现了王道士当年的草丹，为梅红纸墨书，现藏敦煌研究院。全文如下：
湖北省麻城县人，现敦煌千佛洞住持王圆禄，敬叩，伏俯叩恳天恩活佛宝台座下。
敬禀者：兹有甘肃敦煌古郡迤郡东南方距城四十里，旧有千佛洞，古名皇庆寺。其洞在石山之侧，内有石佛石洞泥塑佛像，俱有万万之像。惟先朝唐宋重修，碑迹为证。至本朝光绪皇帝年内，因贫道游方至敦，参拜佛宇，近视洞像，破坏不堪。系先年贼匪烧损，贫道誓愿募化补修为念。至贰拾陆年伍月贰拾陆日清晨，忽有天炮响震，忽然山裂一缝，贫道同工人用锄挖之，折欣出闪佛洞一所，内有石碑一个，上刻大中五年国号，上载大德悟真名讳，系三教之尊大法师。内藏古经万卷，上注翻译经中《印度经》、《莲花经》、《涅槃经》、《多心经》，其经名种颇多。于叁拾三四年，有法国游历学士贝大人讳希和，又有阴国教育大臣司大人讳代诺二公至敦煌，亲至千佛洞，请去佛经万卷。异日覆蒙天恩赐银万两，近闻其名，而未得其款，以将佛工不能成就。区区小县，屡年募化，至今创修寺院，以及补塑佛像，重修楼殿等项费用，过银二万有余。缘为经款，叩请青天佛祖电鉴，特修草丹上达。
肃此 谨禀
（作者：沙武田）
参考文献：
《敦煌学大辞典》季羡林主编，上海辞书出版社，1998年。
《藏经洞之谜》刘进宝著，甘肃人民出版社，2003年。
《敦煌学新论》荣新江著，教育出版社，2003年。
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