杨廷和为首的士大夫曾在嘉靖初年力图通过清理正德时代的弊政和制约皇权，恢复官僚系统对于国家的管理权来实现中兴。

但他们在"大礼议"中失去权势，接继的中枢政治主持者无法继续中枢权力体制的变革，只能实行一些诸如裁抑宦官，清理庄田，降低宗禄等调整政策。

嘉靖二十一年（1542）严嵩父子把持朝政以后，专以迎合皇帝、贪渎倾轧为能事，致使大贵族官僚阶层对于社会的掠夺出现一个新的高潮。

这时北边蒙古不断扰乱明朝边地，东南倭患连延多年，军事开支巨大，国家财政为空。

由于中央政府权力倾轧频繁，缺乏行政效能与合理调整社会政策的举措，嘉靖中期至隆庆时期，地方官员以己意变通，局部地推行了一些改革。

其中包括应天巡抚欧阳铎在苏州推行旨在均平赋税的计亩均输的"征一法"，广东巡按潘季训在广东推行的里甲均平征银之法，浙江巡按庞尚鹏在浙江推行以合并田税、力役，简化赋税程序为主旨的"一条鞭"法，以及应天巡抚海瑞在应天裁抑豪强，兴修水利，继续"一条鞭”法的努力等。

直到张居正主持国政的万历（1573——1620）初年，以中枢官僚系统权力的集中为条件，以整顿国家机构效率，改革赋税制度，改善财政，巩固边防为主要内容的改革方得以比较有效地展开，使明朝的统治危机得到相当程度的缓和，也使社会经济政治秩序有所改善。

隆庆六年（1572），年仅10岁的朱翊钧即皇帝位，改次年为万历元年。此后的10年间，张居正主持国政。

张居正，湖广江陵人，嘉靖二十六年（1547）进士，曾任翰林院编修、国子监司业、翰林院侍讲学士等，并曾在隆庆皇帝为裕王时充任其讲读官。

其为人勇敢任事，深沉莫测。严嵩、徐阶、高拱倾轧不已，张居正坦然处于其间，得诸人敬重。隆庆元年（1567），以吏部左侍郎入为东阁大学士，不久晋为礼部尚书兼武英殿大学士加少保兼太子太保。

万历皇帝即位后，张居正联合太监冯保和万历皇帝嫡母、生母两宫皇太后，逐去高拱，成为内阁首辅，并得到宫中的倾心委任，独持政柄。

值此忧患四伏之际，张居正慨然以天下为己任，持正务实、权谋委曲、独断专行兼而有之，推行了一系列的整顿和改革。《明史》论云："居正为政，以尊主权、课吏职、信赏罚、一号令为主。"显见他的努力是以提高国家行政机关效能为中心的。

明代国家机关自洪武十三年（1380）废除丞相之后形成的体系性痼疾是缺乏一个管理庞大官僚系统的行政中枢。

这一弊端一方面导致国家机关的效率极度依赖于君主本人的勤政和明断，同时使官僚系统内部的相互制约和监督易于演为攻讦倾轧习气。

在这种体制下，遇到皇帝渊默、昏庸、怠惰、顽嘻的情况，则国事大坏。逐步建置起来的内阁，处皇帝与百官之间，职责在于草拟诏制，充备顾问，调护国体，对行政系统并无管理的行为权力。

随着明代政治社会问题的增多与复杂化，为行政监察而设的言官系统以弹劾议论为职，不免过于激切或者挟私钓誉，演为风气，则上下指责攻击多而实政反而难以举行。

嘉靖以后，内阁权力有所增加，但阁臣在权力斗争中用心多而无实现大振作的条件。

万历元年（1573），张居正从官吏考成制度开始他的整顿。明朝原设官吏考核规则但已经日久成为具文。张居正整理旧制，立法必行。其推行的考成法，以六科督察六部，以内阁督察六科，其法包括逐级考成与随事考成。

逐级考成主要针对各级行政官员，上级官员定期对属官加以评定，直至吏部。考核标准则注重实效，防止虚饰。随事考成主要针对中央因事派出抚按地方的御史。

张居正本来对言官恣纵论事不以为然，兼以这些官员被派出后往往倚仗京官威势欺凌地方，遂定依照行使道里远近，事情缓急，订立程期，置立卷宗，由各有关部院、六科和内阁查核，事毕销案。

如此则建言立案、遣使外出者和被派出者都需谨慎言行，务求首尾清楚。这些做法使明朝官僚系统顿为振作，史称“虽万里外，朝下而夕奉行......切不敢饰非，政体为肃”。

对作为官僚队伍来源的学校也加以整顿。严格生员进学条件，必择三场考试俱通的童生方可入府、州、县学校，宁缺毋滥。每年岁考也严加校阅，学无可称的生员即加黜退，不少姑息。儒学教官中衰老无行者黜革，学识不敷者送国子监深造。

明朝中央财政在嘉靖中期以后陷入严重困境。嘉靖后期仅需要发给北部边疆军队的饷银——“京运年例银”每年大约支出400余万两，仅此一项即相当于中央国库太仓每年收入白银数量的总额。

张居正柄政时期的有利条件是，东南倭患已靖，北边又已经实现了与蒙古俺达部的“封贡”和议，从而巨大的军事开支可以压缩，财政整顿可能获得实效。

张居正的做法包括：（1）节省皇室和政府开支，"一切无益之费，可省者省之；无功之赏，可罢者罢之；务使岁入之数，常多于所出"，并对冗余官员加以裁减。

（2）利用考成法清收田赋。对隆庆元年（1567）以前拖欠未交田赋一律蠲除，隆庆元年至四年间拖欠田赋免除3/10，其余7/10在万历二年以后每年以三分为率，与当年田赋一起交纳。官员征收赋税不及额者予以处分。

（3）行漕粮冬收春运之法。过去南方漕粮收聚于春，发运时节适逢发水泛滥或者干涸无水之时，漂没损失严重。这时改用冬季收兑粮食人仓，到年初全部北上的办法，大大减少了水患造成的漕粮损失。“行之久，太仓粟充盈，可支十年”。

（4）因与蒙古互市得马匹充足，遂改民间为太仆寺养马的力役为交银免役。太仆寺得以积累马价银400余万两。这些措施推行不数年间，财政已经大大好转，每年收支基本平衡或有盈余，而国库银粮储积颇丰。

为了在更根本的制度基础上稳定社会和国家财政，张居正主持对全国土地进行清查丈量，并在此基础上在全国范围推广了一条鞭法。

土地清查的主要原因是由于豪民大量兼并土地却往往将税粮额留给已经失去了土地的小农，造成“小民税存而产去，大户有田而无粮”，而无法交纳税粮的小农被迫逃亡隐匿，终至国家税收大量失额。

万历六年至万历九年（1578——1581）之间进行的全国土地重新丈量，得数为田地7013976顷。这个数字比弘治时期的数字多出300万顷，接近了洪武时期国家田土统计的最高数额。

其中包括地方官吏使用小弓丈量造成的一些虚数，但总体上有利于对于豪强兼并的遏制和国家赋税体系的运作。在清查土地的基础上，万历九年（1581）在全国推行一条鞭法。

明初以来田赋征收仿照唐代两税法，包括夏税、秋粮，以土地为依据征收。役法则包括里甲、均徭、杂泛，主要依据户等和丁力征用。另有任土作贡的方物采办等。

这种赋役制度在实行中发生了诸多问题，包括与豪民土地兼并相关的赋税不均、徭役签派中的营私舞弊、实物税收中的耗米与运费负担、吏胥勒索，以及货币经济关系普遍发展起来后本色折色征收无常规可循造成的困难等。

一条鞭法的大意是以州县为单位，以经过重新清丈的田土的等级和数量与人丁为基础，将该州县原额田赋、力役、贡办等应承担的各项赋役，除苏、松、常、嘉、湖地区供应京师食用的白粮以外，一概折合为白银征收。

这样使赋税负担重新和田产与丁口相应，多占田者多交税，一定程度上体现了赋税的公平合理。赋税基本官收官解，减轻了民间征收和运送的压力。

实物赋税和直接力役改为货币赋役，推动了农民与市场经济的结合，对于田少人多的地区尤其方便。项目简化归并，减少了吏胥上下其手的机会，从而实际减轻了人民负担。这项改革在张居正死后继续推行，到万历二十年（1592），已经在全国大部分府州县实施。

张居正执政虽不免严苛专断，但通识大体，知人善任。他主持任命潘季训为工部侍郎兼右都御史总理河漕，对黄河进行了有效的治理。黄河浊水含大量泥沙，易于淤淀。

过去以疏浚河道、堵围决口为治理之法，愈至后来，费工愈多而愈乏实效。万历六年（1578），黄河在桃园北的崔镇（在今山东邹平县）决口改道北流，形成大患。

潘季训受命后实地考察形势，提议放弃疏浚海口恢复故道的方案，改为归柬黄河依势入海，同时引淮河清水加强黄河水流使不致淤淀，复修筑堤防闸坝以防溃决。

至次年底，工程结束，此后数年，黄河不为大患。潘季训根据他的经验写作了《河防一览》和《宸断两河大工录》等著作，详细论证了他的"束水攻沙"和修筑各类堤坝的治河理论。

嘉靖二十九年（1550），蒙古俺达部内侵，构成“庚戌之变”以后，要求与明朝在宣府、大同、延绥、宁夏一线开立马市互相贸易，以牛羊骡马等与内地交换粮食、布帛和铁器。

开市以后，俺达所部未能停止侵扰，嘉靖皇帝遂于嘉靖三十一年（1552）断然停罢马市，由是北边兵连祸结，战争不断。

隆庆二年（1568），时张居正已经入内阁，明朝调戚继光以都督同知总理蓟州、昌平、保定练兵事，随后又以戚继光为总兵官镇守蓟州、永平、山海关等地。

隆庆四年（1570），再派兵部侍郎王崇古总督宣大山西军务，北边军务始有振作局面。这时俺达汗连年进行对瓦剌的战争，向西方扩展，希望与明朝息兵。

庆四年（1570），俺达汗嫡孙把汉那吉因为与俺达汗的家事矛盾投奔明朝，得到明朝优礼。俺达汗后悔之后，率军向明朝索要其孙。由王崇古建议并得到大学士李春芳、高拱和张居正的赞同，明朝与俺达汗谈判，把汉那吉被送归蒙古，俺达汗则将在蒙古控制下的河套一带役使汉人农奴耕种并怂恿蒙古内掠的赵全等汉人头目交解给明朝。

隆庆五年（1571），明朝封俺达汗为顺义王，贡市重开，边地汉、蒙人民得以安居乐业。俺达封贡之后，辽河流域的插汉（察哈尔）、泰宁、朵颜部仍为互市不通而屡屡侵扰。

张居正任李成梁镇守东北边，边境晏然。张居正任首辅期间，明朝还曾帮助介绍佛教到蒙古，后俺达汗所部皈依藏传佛教，并在万历三年（1575）于丰州地方建立佛教寺院和呼和浩特城，明朝赐城名为“归化”。万历六年（1578），三世达赖喇嘛索南加错致书张居正通好，得到万历皇帝封赏。

自15世纪中叶以来，张居正执政的10年是明朝国家行政系统最有效率、国家最为稳定的时期。

张居正的整顿与改革主要是根据当时的国家社会面临的问题而做出的，以恢复国家机关效能为主的反应性的努力，并非对社会体系的根本改造。

但是其内容，尤其是一条鞭法的推行，适应了商品货币关系普遍发展的历史趋势和人民对于社会稳定的要求，对于均平人民赋役负担，缓和社会矛盾，促进社会繁荣和发展是有积极意义的。

万历十年（1582），张居正病死，是年万历皇帝已经20岁，遂亲理朝政。随着年龄增长，这位皇帝对于张居正的专擅威福已经渐渐不满。

在张居正柄政时期受到压制的一些言官和实际利益因张居正时代的政策而受到伤害的豪民权贵也起而攻击张居正，其罪名包括贪滥僭奢、招权树党、结交宦官冯保、把持朝政、三子皆中高第等。

原被冯保斥逐的中官张诚又指称张居正聚敛财宝超过宫廷，万历皇帝为之心动，诏夺张居正上柱国太师等封号，张居正引进的朝臣也多被黜罢。

万历十二年（1584），张居正家产被抄。得黄金万两，银十余万两。查抄前，荆州地方官先行查录张家人口，封锁宅门。至开门查抄之日，已有十余人俄死。

张居正长子敬修不堪刑罚，自认有白银30万两寄放他人之处，随后自缢而死。申时行、潘季训等六卿大臣合疏请求缓治，万历皇帝诏命留空宅一所，田十顷，养张居正老母。

后又尽数追夺张居正所得官职、玺书、尚命，将其弟居易及子嗣修发配边远烟瘴之地，以罪状布告天下。终万历之世，朝中无人主张为张居正翻案。

至天启（1621——1627）、崇祯（1628——1644）时期，明朝风雨飘摇之际，朝臣论及张居正的功绩，声名礼遇方得渐渐恢复。

张居正为政追求效率而过于严苛，专权而不恤人怨，虽非贪渎为事但也不能两袖清风。但是在他死后对他的打击却主要基于政治权力斗争的背景，其罪名多出夸大事实乃至诬陷。