1959年四月的一天，病情日益严重的虚云法师，在真如寺主持和尚及三寮职事多人来探病时，交代了后事。而此时，距离他120岁整寿仅有不到五个月时间，距离他辞世仅有半年时间。
人说：得道高僧都会提前预知到自己的圆寂时间，虚云也早已算准了自己的死日。
虚云其实没有大病，他仅有噎膈慢性消化不良症，这种病的主要症状是吞咽困难，吞咽后呕吐；其病因往往是由于食管狭窄、食管干涩而引起。
食道狭窄、干涩，是老年人常会出现的症状，毕竟，人的食道下括约肌会随年龄增长而功能减弱,甚至出现萎缩。虚云已经过了119岁了，他已经到了人类寿命的极限，用一句通俗的话讲：他已经老到了极致。
生老病死对每个人都如此公平，历经一生修行的虚云也没能逃过病劫。
承受病劫的同时，晚年的虚云还因始终带病重修真如寺而面临繁杂琐事困扰，在琐事之外，他甚至还得承受流言蜚语。最近的一次流言，是云居山真如寺僧人直纯怀疑他贪污了上海化斋来的二百套衣服，此前，直纯还责备虚云不会用人，这主要是因为虚云手下的侍者觉民一有钱后就直接还俗了。
虚云当然不会贪污二百套衣服，至于觉民还俗，那确实是他始料未及，但虚云能理解他，毕竟觉民的老母亲尚在人世，尚需要他养老。
虚云后来将直纯对自己的误解写进了自述中，可见他对此事非常介意。直纯是真如寺毁于日军战火后仅存的四僧人之一，虚云第一次上云居山见到的四僧人中，就有直纯。而在更早以前，他还读到了直纯发表在《现代佛学》杂志上的文章《开垦云居山刍议》，而这，正是他发愿重建云居山真如寺的起因。
虚云以114岁高龄抵达云居山，并组织重建真如寺，多少与直纯这层缘分有关。
直纯后来当然明了虚云不会贪污那两百套衣服，因为在这之后不久，虚云派人将当年欲重修广东光孝寺所存的黄金二十八斤、白银三千元全部挖掘出，并交给政府，并嘱托政府将来务必代他重建光孝寺，后光孝寺于1974年重建。
可以说，虚云将重建光孝寺的重任交给政府之时，他就已经知道自己时日无多，他确信：自己最后能做到的，仅是重修真如寺。
重修真如寺期间，主持了云居山真如寺重建工作的虚云率僧众开荒垦地，躬耕陇亩，打地抛砖，重建寺庙，再塑佛像……如此繁重的工作，对普通青壮年尚有难度，何况他还是114岁的老僧。
亲自督导重建的同时，他还坚持每日准时准点在禅堂讲开示。开示后，他又会忙着拆阅各地的信件。因事情太多繁多，他经常一天只能睡两小时，有研究者统计过他晚年的作息，发现他在重建真如寺时的作息极其规律：
“深夜十二点左右休息，凌晨两点起床打坐，三点洗漱开始一天的常规。”
本应静养的老年，虚云却在超负荷运转，他的身体不断被透支。但有限的生命被用在重建和弘扬佛法上，在虚云看来，是幸事。
身体感觉越来越糟糕的虚云，曾对着主持和尚和三寮职事多人这样交代后事，他的原话如下：
“有累诸位，倘我死后，全身要穿黄色衣袍，一日后入龛，在此牛棚之西山旁，掘窑化身。火化之后，将吾骨灰，碾成细末，以油糖面粉，做成丸果，放之河中，以供水族结缘。满吾所愿，感谢不尽”。
这段话翻译成白话文便是：我死后，要穿上黄色衣袍，一天后行入龛仪式（将遗体放入供奉佛像或神位的小阁子中）。我的荼毗（火化）场地就在我现在住的牛棚的西山旁。火化之后，请将我的骨灰碾成细末，然后用油糖面粉搅拌，做成丸果，放入河中，让水中的鱼虾果腹。
听到虚云交代后事，众人皆感觉很难受，他们纷纷安慰他，安慰之语无非是“保重法体，久住人间”一类。
虚云听了后，作一偈语曰：
“虾恤蚁命不投水，吾慰水族身掷江；冀诸受我供养者，同证菩提度众生。”
意思是：鱼虾蝼蚁这些小生命也应该被爱重，我死后就让我的骨灰供养它们吧，希望受我供养的众生，都能证得菩提心。
交代后事前，虚云还对和他一起重建云居道场的众人表达了感激之情，他说：
“我们有缘，相聚一处。承诸位发大心，数年之间，复兴云居道场，辛劳可感。但苦于世缘将尽，不能为祖师作扫除隶。”
接着，虚云又给他们留下了两个偈句，其中一偈为：
“请各法侣，深思熟虑，生死循业，如蚕自缚。贪念不休，烦恼益苦，欲除此患，布施为首。净参三学，坚持四念，一旦豁然，方知露电。悟证真空，万法一体，无生有生，是波是水。”
这之后，虚云的身体依旧没有好转。虚云吃东西变得越来越困难，自1959年3月起，虚云就因为慢性消化不良症，而停止吃米饭、面食和一切杂粮了，他只中午吃一小碗粥糜而已。
省府的医生奉北京那边的命令，曾多次请求给虚云进行诊治，却都被他拒绝了。他每次都重复着那句话：“世缘将尽也！”
虚云交代完后事后四月，即当年8月，随着他的生辰的越来越近，国内外诸山长老及弟子等多人，都开始奔赴山西云居山的真如寺，他们一面是为庆祝他的生日，一面是来探望他的病情。
大概“人逢喜事精神爽”的缘故，虚云的精神竟比以前要好一些了。他的弟子宽慧也从香港赶来，并详细记叙了为师父贺寿的具体。
七月二十九日，是虚云法师一百二十岁诞辰，当天，前来为虚云祝寿者络绎不绝，他们都是被虚云法师德行感染之人。一直到很晚时，宽慧等人在确定虚云未入睡后，才得以见到虚云法师。
宽慧这样描述当时的情景：
“乃由航师询知老人未睡，于是我和宽定、宽航、知立各师及方宽丽五人一同进去，见他眠在榻上，我先送果仪供养老人，老人说：‘放在枕边吧。’”
随后，虚云告诉他们：明天自己不会客，他们可以进来找他。
从宽慧的描述可知，虚云生日前后极其忙碌，这样的忙碌，不断地消耗着他仅存的体力。宽慧等临走时，虚云曾将他们叫到跟前，并拿着禅板对他们说：“一个人做事的时候，就要认认真真做去，做好之后，就要像这块竹板一样，空无所有。”
接着，他又举着竹板问了几声：“你们看看这块竹板有没有东西？”宽慧的答案是：“请你老人家保重法体，久住世间，化度有情。”
虚云听到答案后批评宽慧等人道：“和你们讲了许多，你们还是说凡夫话。”他还说他们：“诸佛选道场，十方同聚会，个个学无为，心空及第归。”这段话里，有虚云对他们修行成果之不满，亦怀着他对弟子们的殷切期望。
宽慧等离去后，虚云每日依旧很忙碌。到了十月间，即虚云辞世当月，他的病情进一步加重，可他此时仍旧在做各种安置。
十月七日，本是一个寻常的日子，可在这天，虚云突然收到了北京传来的噩耗：李济深居士逝世了，享年74岁。
李济深对虚云而言是一位极其重要的人物，他是虚云的俗家弟子，和他有着深厚的师徒情谊。新中国成立后，李济深协助虚云恢复了中国佛教协会。在“云门事件”中，112岁的虚云因政治动荡遭受了囚禁且被进行了四轮毒打，他的数根肋骨被打断，脸上、身上也被打出了血。
关键时刻，他的侍者逃出云门寺北上找到李济深求助，最终是在李济深的帮助下，虚云和云门寺才渡过难关。
接到噩耗后，虚云长叹一声道：“任潮（李济深的字），你怎么先走？我也要去了。”一旁的侍者听到这话后，神情愕然。
五天后，即十二日午间，虚云突然让侍者将佛龛从居所撤出，移到其他的房间。侍者惊诧不已，他预感到这事是异常的。于是，他急忙向方丈和三寮职事禀报了相关。
当天晚上，他们一齐来到了虚云的房间，他们都已清楚：虚云要离开了。自然，他们免不了请求虚云法师长住。虚云见状道：“事到而今，还作俗态。请派人为我在大殿念佛。”
众人都感觉到虚云马上要离开了，便恳请他留下最后的开示和遗嘱，他道：
“身后事数日前已向众说，不必赘言。今问我最后语，只有‘勤修戒定慧，息灭贪嗔痴。’”
“勤修戒定慧，息灭贪嗔痴”，便是他留给世人的最后的话。过了一会儿，他又说：“正念正心，养出大无畏精神，度人度世。”“诸位辛苦，宜早休息。”
众人于是从他的房间依依不舍地退出，此时，已经到了半夜。
送走众人后，虚云静卧房间。当时已是深秋，寒风凄厉，万山木落，簌簌有声。虚云虽未睁眼，但世间一切皆在他心中，似与他融为一体。
十三日，即农历九月十二日早晨，两名侍者照常进入虚云的房中，他们看到虚云正和往常一样打坐。他们仔细观察，发现虚云除了双颊较平日更为红润外，没有任何异常，他们遂退出房间外守候着。
中午十二点，一直守在房外的侍者从窗户中看到虚云自己起床，自己取了水喝下了，随后又起立作礼佛状。两位侍者担心虚云久病之躯有闪失，赶忙推门进去。
虚云见他们二人进了房间，便坐下缓缓告诉他们说：“我做了一个梦，梦到一脚踏断了佛印桥石，又看到碧绿的溪水居然断了流。”说完后，他便闭上眼睛不再说话。侍者们便退下了。
十二点半，虚云将两位侍者一齐叫来，并慈祥地打量着他们。过了一会，他缓缓道：
“你等侍我有年，辛劳可感，从前的事不必说了。我近十年来，含辛茹苦，日在危疑震撼中，受谤受屈。我都甘心，只想为国内保存佛祖道场，为寺院守祖德清规，为一般出家人保存此一领大衣。即此一领大衣，我是拚命争回的。你各人今日皆为我入室弟子，是知道经过的。你们此后如有把茅盖头，或应住四方，须坚持保守此一领大衣，但如何能够永久保守呢？只有一字，曰‘戒’。”
说完后，他便合掌道了一声“珍重”！侍者们含泪退出了虚云的房间，来到了门外的屋檐下守候着。
一点四十五分，两侍者入房间查看，只见虚云已经朝右作吉祥卧，圆寂了。
侍者急忙报告主持和大众，他们一齐为他诵经送行，日夜轮流念经。
虚云法师的遗体于十八日，即他去世后的第五天封龛，第二天便是火化仪式。虚云的遗体被火化时，众人竟都感到香气四溢。火化结束后，开窑得了百余五色舍利子，其中小者无数，以白色为多，晶莹光洁。
虚云舍利塔
与虚云此前交代后事时所嘱托的“骨灰做丸果入河”不同的是，他的骨灰最终被奉安入了云居山海会塔中。
虚云圆寂后，被后世称为＂南天文佛＂，是为近代佛教界的泰斗级人物，近代第一高僧。佛教对他的普遍评价如下：
“虚云以慈悲为怀，以智慧为舟，以戒律为师，成为了佛教界的一面旗帜。”
可叹，他圆寂时留下的“戒”字，是他一百多年佛教思想的凝结，可后人中，却鲜有人能参透这个字中的深意！
