清顺治四年(1647)十二月初三日,大同总兵姜瓖密约山西各县举兵抗清。 姜瓖本大明朝旧将,明崇祯时期任宣化大同总兵。清军入关,姜投降清廷,仍为大同总兵。此次举兵反清,引起清朝上下的强烈不满,清政府恨之入骨,必欲置之死地而后快。姜瓖的反清约定得到左卫副将林世昌,助马参将李向尧响应。
同月二十一日,清政府命敬谨亲王尼堪、端重亲王博洛带兵征剿。顺治五年(1648)正月庚辰日,尼堪、博洛夹攻左卫,林世昌与战不利,退守卫城。
清军用红衣大炮日夜攻城,急切不能下。不久,博洛奉命驰援代州,军到马道头,博洛第三子名叫阿博逊,带领护卫4名先往吴家窑探察军情,途中被李自成部将张天琳(绰号过天星)的部下击杀。李自成起义失败后,部将张天琳率部分起义军辗转来到吴家窑一带,驻守偏岭村,坚持同清军游击作战。
博洛率大军至,怒而屠杀吴家窑居民 300 余人,号哭之声震动邻村。 军过,乡人聚尸埋于大庙前,后人称为“万人坑”。
大庙,又称明净寺,坐落在吴家窑南街窑沟出水洞南侧,坐西向东,建于明洪武年间,距今已有 600 余年历史。明净寺有深厚的历史渊源。明太祖朱元璋推翻元朝,将蒙古统治者赶出中原,以外长城为界,将大同一带收归明朝。为纪念扩土有功,在吴家窑建明净寺,以为明朝一方净土。此次清兵屠杀吴家窑居民于大庙前的“万人坑”一事说明,当时被清军屠杀的平民百姓至少千余人葬身于“万人坑”,清军的血腥屠杀,玷污了明净寺一方神圣净土,大庙是这段历史的见证者。
其后,清护军统领鳌拜也加入左云战事,李向尧全家殉难,林世昌战死。4月癸巳日城破,左卫城亦遭屠城之劫,元气大伤,虽清政府再建,终未能复原旧观。