首先关于违法建筑的认定主体

在常规情形下，不同种类的违法建筑会由不同部门进行认定与调查。

针对在乡村村庄内违法占用耕地建房的行为，通常由乡、镇人民政府依照法定流程开展调查、核实及认定工作。而对于在城市规划区内违法占用土地进行建设，或者未依照规划许可证规定进行建设的情形，一般由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门负责调查、认定与处理，自然资源主管部门同样具备相应职责。

换言之，乡、镇人民政府、城乡规划主管部门以及自然资源主管部门能够结合实际情况，依法对违法当事人作出行政处罚决定，或者对违法占用土地所建建筑予以拆除。

其次关于违法建筑的认定程序

违法建筑的认定并非简单的口头表述，而是需要严格遵循以下流程：

1. 立案、调查

当相关部门接到举报，或者发现存在违法乱占耕地建房的行为时，依据《行政处罚法》的相关规定，需组织两名以上执法人员前往现场，对违法行为展开调查与认定。在调查认定过程中，要详细记录违法占用土地建设的面积、结构以及修建时间等信息，并制作笔录。

同时，在此期间还需对违法建筑进行拍照、录像，并向当事人索取房屋产权证、土地使用权证以及其他能够证明房屋为合法建筑的相关材料。

2. 告知当事人违法事实、保障当事人陈述、申辩权

依据《行政处罚法》的规定，行政机关在作出行政处罚决定之前，应当向当事人告知拟作出的行政处罚内容、事实、理由及依据，并告知当事人依法享有的陈述、申辩、要求听证等权利。

也就是说，在完成调查、认定后，若确实存在未办理审批手续便违法占用土地建房的行为，相关部门在作出行政处罚决定之前，必须保障当事人依法享有的陈述、申辩权以及要求听证的权利。在此过程中，若当事人对调查结果存在异议，认为自家房屋不属于违法建筑，或者认为自己不存在违法占用土地建房的行为，那么当事人可以进行申辩，也可要求相关部门召开听证会。京坤。

若当事人能够提供证据证明房屋不属于违法建筑，或者当事人陈述的事实、理由成立，那么相关部门应当予以采纳。

3. 作出行政处罚决定

若当事人的陈述、申辩不成立，相关部门应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定，即向当事人下达责令限期拆除决定书，或限期改正通知书等文件。通常情况下，行政处罚决定书应包含以下内容：

（一）当事人的姓名或名称、地址；（二）违反法律、法规、规章的事实和证据；（三）行政处罚的种类和依据；（四）行政处罚的履行方式和期限；（五）申请行政复议、提起行政诉讼的途径和期限；（六）作出行政处罚决定的行政机关名称和作出决定的日期。

当事人收到行政处罚决定书后，可立即对决定书内容及作出程序进行审查，即查看相关部门是否履行了上述法定程序。若未履行法定程序便作出该文件，则该文件不合法。

4. 进行催告

在作出行政处罚决定书后，若当事人未按照决定书要求限期改正或拆除违法建筑，且未在法律规定的期限内针对行政处罚决定书提起行政诉讼，那么相关部门还需进行催告，此为法定程序，不可省略。

需要强调的是，催告必须以书面形式进行，不能口头传达。同时，还需再次告知当事人依法享有的陈述、申辩权，这是法律赋予当事人的权利。

5. 作出强制执行决定

经过催告后，若当事人仍未采取行动，未启动相应法律程序，那么相关部门可在救济期限届满后，针对当事人作出强制执行决定书。当事人收到强制执行决定书后，依然享有救济权，相关部门不能仅依据该文件就强制拆除当事人房屋，否则属于违法行为。