有限责任公司整体变更为股份有限公司时，除注册资本外的资本公积、盈余公积及未分配利润转增股本，按以下不同情况区别纳税：

1、个人所得税问题

根据《国家税务总局关于股份制企业转增股本和派发红股征免个人所得税的通知》（国税发[1997]第198号）规定，股份制企业用盈余公积金派发红股属于股息、红利性质的分配，对个人取得的红股数额，应作为个人所得征税；股份制企业用资本公积金转增股本不属于股息、红利性质的分配，对个人取得的转增股本数额，不作为个人所得，不征收个人所得税。上述的“资本公积金”是指股份制企业股票溢价发行收入所形成的资本公积金，将此转增股本由个人取得的数额不作为应税所得征收个人所得税。而与此不相符合的其他资本公积金分配个人所得部分，应当依法征收个人所得税。（国税函〔1998〕289号）

根据国家税务总局《关于股权奖励和转增股本个人所得税征管问题的公告》（[2015]第80号）规定，非上市的中小高新技术企业或未在全国中小企业股份转让系统挂牌的中小高新技术企业以未分配利润、盈余公积、资本公积向个人股东转增股本，并且个人股东一次缴纳个人所得税确有困难的，可以分期缴纳个人所得税，最长不超过5年。在某些地区，为了鼓励企业走向资本市场，地方税务机关给予部分企业参照上述非上市中小高新科技企业资本公积转增股本递延5年缴税的特殊优惠处理。

在实务操作中，由于对“有限责任公司”是否属于“股份有限公司”，其“资本溢价”是否可作为“股票溢价发行收入”形成，各地税务机关的实务操作口径尚未完全统一。因此，建议企业在实际操作之前与主管税务机关提前沟通，确定当地税务操作口径。

2、企业所得税问题

有限责任公司以资本公积、盈余公积和未分配利润转增股本，在法人股东为居民企业的情况下，不需缴纳企业所得税。

《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条规定，居民企业直接投资于其他居民企业取得的股息、红利等权益性投资收益，为免税收入。《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》（国税函[2010]79号）第四条规定，企业权益性投资取得股息、红利等收入，应以被投资企业股东会或股东大会作出利润分配或转股决定的日期，确定收入的实现。被投资企业将股权（票）溢价所形成的资本公积转为股本的，不作为投资方企业的股息、红利收入，投资方企业也不得增加该项长期投资的计税基础。驰誉律师，驰誉全国！