元熙二年，刘裕完成了逆袭，自从桓玄篡位以来一路高升的他以自己的能力为东晋续命16年，在完全消灭东晋其他军头之后，迫使晋恭帝禅位，自己建立刘宋政权，延续百年的东晋正式灭亡。

东晋最后一任皇帝是司马德文，他禅位之后，被降奉为零陵王，迁居到秣陵。刘裕已经65岁，英雄迟暮，当时他的儿子们都太小，虽然刘裕完全掌权，但是还是很不放心，担心自己死了，煮熟的鸭子都飞了。

而且，还害怕前车之鉴再次发生，16年轻，盘踞荆州的桓玄和他一样如出一辙，篡位建立楚国，但是当时仅仅把晋安帝迁居到浔阳，这一年是404年，随后次年，刘裕就以晋朝忠臣的身份攻打桓玄。

不管是因为桓玄处置失当还是当时晋安帝还有号召力，刘裕很快摧毁桓玄的势力，桓玄被杀，而后刘裕迎晋安帝复位，也藉此完成鲤鱼跃龙门的飞跃，从一个低阶将军变为晋朝权臣。

正因为这个事情，刘裕很怕在出现一个不安分的人打着晋朝天子的旗号来反对他，毕竟当时晋朝一百多年的国祚还是很有号召力的，所有，出身寒门的他抱着一不做二不休的态度，指使心腹对晋朝最后一任皇帝下手。

司马德文皇后的兄长褚秀之、褚淡之，当刘裕的走狗，一直在暗中监视司马德文，刘裕篡位第二年，褚皇后生下一个儿子，这让刘裕感觉很恐慌，于是之间让褚秀之两人把他外甥害死。

生怕东山再起的刘裕一直想找机会暗害司马德文，但是不能明着来，这就是所谓既想当婊子，又想立牌坊，曾经派人去暗杀他，但是派去的人半路自杀，司马德文也感觉到了危机，日夜惊恐。

不过，恐惧也没有用，落魄的凤凰不如鸡，这时候的司马氏早就是昨日黄花，任人宰割了，为了换取好处，褚秀之、褚淡之知道刘裕的目的，于是投其所好，在奉命看望司马德文的时候，刘裕派亲兵乘机杀死他。

至此，晋朝嫡系彻底断绝，因为司马德文和前任司马德宗一样都没有子嗣，这就最大成都的保护了刘裕的安全。

很多人说，刘裕杀光了司马氏，他把司马懿的后人都灭族，其实当时并没有，司马氏已经开枝散叶很多地方，乱杀偏远的宗室没有任何好处，而且也没办法杀光的。他只是诛杀了晋孝武帝之后的两位皇帝，分别是晋安帝和晋恭帝。

弑杀晋安帝是在419年，当时刘裕听到一个谶语说：“昌明之后有二帝”，昌明是孝武帝的名字，为了符合谶语，所以派遣亲信王韶之毒杀晋安帝，这位王韶之是王羲之的孙子。随后迎司马德文为皇帝。