1955年，李作鹏被授予中将衔，授衔之后他的发展还不错，后来他还担任过海军副司令、海军政委，其职务甚至高过一些上将，可惜他走上错误道路，参与阴谋活动，1971年9月的时候被隔离审查。

当时与李作鹏一起被审查的还有邱会作、吴法宪和黄永胜，1981年1月，经过审判李作鹏被判处有期徒刑17年，此时李作鹏已有67岁，考虑他的身体原因，同年夏他就被批准保外就医安置。

李作鹏被安置在山西太原生活，他的妻子董其采也到了太原和他一起生活，组织上为李作鹏解决了住房问题，每个月还给他一定的生活补助，足以满足李作鹏在太原享受晚年生活，毕竟他当年流过血立过功。

当年的李作鹏称得上是一员猛将，在抗战中他的一只眼睛失明了，于是他就戴上墨镜遮挡，后来戴墨镜就成了李作鹏的标配，无论是见下属还是见领导，他都是戴着墨镜，在人群之中很是“显眼”。

不过晚年的李作鹏摘下了墨镜，他不想在人群中被人发现，只希望过低调的晚年生活，然而仍旧有一些好事者找上门想要采访他，每次他都装聋作哑搪塞过去，有人就故意批评四野老首长，李作鹏闻言当即反驳。

李作鹏平时很少出门，他在家中练习书法和写回忆录，日子过得很是清闲，后来年纪大了，他就请示到北京跟孩子们一起生活，方便得到照顾，组织上批准了他的请求，1999年3月，李作鹏和妻子到了北京生活。

在北京的几年时间里，李作鹏享受到了天伦之乐，可惜好景不长，2005年2月的一天，李作鹏的妻子董其采病逝了，老伴的去世对李作鹏打击很大，他的身体状况也差了很多，生活也变得孤独了。

2007年10月，一天李作鹏独自在家中的时候不慎摔倒了，送医院后检查发现是骨折，同时医生还发现李作鹏患有肝癌，不过孩子们没有告诉他真实情况，只是骗他需要住院治疗骨折。

之后的日子里，李作鹏几乎都是在医院度过的，2008年的春节，李作鹏仅回家住了几天就回到了医院，李作鹏的身体状况也越来越不好。2008年4月22日，这天是李作鹏95岁的生日，当天许多亲友来医院看望他。

其中有老战友的儿子，如邱会作的儿子邱光路和黄永胜的儿子黄春光，还有老上司的女儿林豆豆，病床上的李作鹏很是高兴，他的生日是在一片热闹的氛围中度过的，亲友们还与他合影留念。

过了几天之后，林豆豆又去了一趟医院看望李作鹏，她带去了一件迟到的生日礼物，李作鹏在病床上打开了礼物，是一座小型的林豆豆父亲的水晶半身像，刹那间往事涌上心头，李作鹏哭了起来。

李作鹏握住手掌大小的水晶雕像，老泪纵横，一旁的林豆豆安慰他不要哭泣，可是无济于事，李作鹏哭了许久才逐渐平复感情，他忍不住和林豆豆说起了许多过往的事，可见他是十分怀念老首长的。

在之后的几个月里，李作鹏时常昏迷，勉强支撑到了2009年元旦过后，1月3日这天，李作鹏在医院病逝了，享年95岁。李作鹏的追悼会很简单，在遗体火化当天，仍有不少人来送别他最后一程。