1976年10月初期，中央着手展开针对“四人帮”成员的拘捕行动，姚文元成为最后一名被锁定的目标。当时计划以召开会议为由，诱捕姚文元。鉴于他并非常委成员，便告知他需负责会议的文字记录工作，以此作为拘捕的契机。

最终确定的逮捕行动安排在10月6日夜晚。姚文元对此毫无察觉，据其妻金英所述，姚文元离家时显得颇为急促，甚至忘了佩戴帽子，未曾料到那是他参加的最后一次聚会。当晚，姚文元按时到达，整个逮捕过程进行得相当顺畅。

在“四人帮”成员中，姚文元被称作“文字工作者”。身为文化领域的从业者，他在被捕时表现得相对顺从，没有展现出明显的抵抗情绪，这与王洪文的态度形成鲜明对比。由于姚文元在组织中的职位相对较低，他所涉及的罪行也相对较轻。

姚文元在某种程度上可被视为“幸运儿”，在“四人帮”成员中，其法律后果相对较轻。中央对其展现了相当的宽宥。1981年，最高法院特别法庭作出裁决，姚文元被判处20年有期徒刑，这一刑期自其被隔离审查之日起计算。

1996年10月，姚文元完成服刑，告别了长达20年的囚禁岁月，重获自由。然而，不幸的是，他的妻子金英已于同年8月离世，即他获释前两个月。获释后，姚文元被安排回到故乡湖州居住。

姚文元曾先行前往上海，目的并非其他，而是为了给妻子金英建造坟墓。1997年间，他完成了妻子的墓地建设，并同时为自己预留了一个位置。

根据姚文元配偶金英生前的叙述，在姚文元被捕的那天，他外出时竟忘了佩戴帽子，待他转身取帽欲追赶时，姚文元已乘车离去。直至姚文元的审判程序结束后，夫妻俩才得以重逢。

随后，姚文元向上级提出请求，意在出版个人回忆录。不久后，中央相关部门给予了批准，但前提条件是需要先通过审核流程。

姚文元的回忆录涵盖了1956年至1976年10月这一时间段，全书共计42万字。然而，当他将这部回忆录提交审核后，却长时间未收到任何反馈。

之后，相关部门为他提供了生活援助，每月发放4000元作为养老补贴，并安排了一名警卫人员，该警卫同时也负责他的日常起居。到了2002年，他表达了想要撰写个人经历的意愿，为此，相关部门又增派了一名资料协助人员给他。

他花费了八个月的时间，完成了五万字的著作《历程与思考》，在其中对诸多历史事件进行了回顾与梳理。

2005年12月23日，姚文元因病离世，享年74岁，病因是糖尿病。逝世后，他被安葬于上海青浦区福寿园，与配偶金英共用一个墓穴。

然而令人不解的是，姚文元的名字并未出现在墓碑之上，仅有其妻子金英的相关信息被镌刻。在墓碑的背面，却意外发现了一首姚文元专为妻子所作的词。

据传，姚文元选择低调处理其安息之地，主要目的是避免外界知晓其墓葬位置，以免给后代带来无谓的困扰。