元代江西夏税直至元贞二年（1296）仍旧减免，这是因为江西秋粮的征收涉及到宋文思院斛与元省斛的问题。
元中书省颁布的省斛通行于全国，在元灭南宋之后亦进入江南境内。而宋文思院颁布的文思院斛在元朝统一之后仍有沿用，至元二十年（1283）就规定“颁行宋文思院小口斛”，直至元中期之后文思院斛才从史料中消失。
文思院斛与省斛的同时存在带来了两者的折算问题，关于宋代文思院斛与元省斛的换算的史料有两处，一是《至顺镇江志》中言为宋文思院斛“每一斗五升准今一斗”，即宋3斗为元代2斗；二是《上虞县五乡水利本末》中“假如文思院斛米一斗，展省斛米六升八合五勺”，即宋1斗为元0.685斗。
三者中宋元斗制的换算分别为10:7、10:6.66、10:6.85，虽换算有別但差别较小，或是计算精确度不同的缘故，大体上元省斛较宋文思院斛大一半。江西直至元贞二年仍旧免征夏税，概因江西秋粮仍然沿用宋代税额，但使用较宋代文思院斛为大的省斛征收，实收数额较南宋时多了一半，故可减免夏税征收。
湖广的夏税元贞二年（1296）定征江南夏税之制，“独湖广则异于是”，湖广夏税应单独探讨。夏税虽免，但要以各户缴纳的形式征收门摊，较夏税更重。元贞二年（1296）定夏税之制，湖广夏税与浙东、福建同，以南宋旧例征收例：“浙东、福建、湖广百姓每夏税，依亡宋体例交纳呵，怎生？奏呵。”
元贞二年所定夏税之制“自元贞三年为始”，但到次年即为大德元年（1297），规定免除新科江南夏税：“江南新科江南夏税，今年尽行倚免，已纳在官者，准备来年夏税”。再一年，“大德二年，宣尉张国纪请科夏税，于是湖、湘重罹其害。俄诏罢之”，湖广夏税至此并未征收，但门摊未废，负担仍重。
直至大德三年（1299），门摊并入夏税之中一并征收：“三年，又改门摊为夏税而并征之。每石计三贯四钱之上，视江浙、江西为差重云。”湖广夏税之制从此再未更改。湖广夏税实际征收较晚，但一直有门摊压力，且门摊并未在并入夏税后宣告终结，大德三年之后常有因旱涝而减免湖广门摊的记载，如大德五年（1301）“江陵、常德、澧州皆旱，并免其门摊酒醋课”，门摊、夏税并行，湖广负担在江南为重。
江南的科差制度元代赋税之中，税粮和科差最为重要。科差一项，大概是科取差发之意，原本于宋。宋之科差，大部分来自于役钱。元代科差列为户税，“故元之科差，《续通考》虽列于《职役》门中，时或称为差税。”科差在北有丝料和包银两项，征收输官和输封君的丝料与按户征收的包银。
在南方曾推行江南包银之制，但很快废除。又有针对回回、也里可温、答失蛮户口的回回包银，在全国征收。于江南一地，科差有江南包银、回回包银。另有江南户钞，虽不向百姓征收，但作为江南科差制度的临时措施不能不加以讨论。
江南包银江南包银面向“开张解库、铺席、行船、做买卖、有营运殷实户计”征收，解库为当铺，开张铺席为开店经营，行船为经营水运，营运泛指做买卖，概况来说，江南包银针对江南从事商业、运输业和典当业的人口，每户纳银二两。
诏令既下，江南各地迅速确定应纳人户，虽“除与人作佃、庸作、赁房居住、日趁生理单身贫下小户不科外”征收，但催征急迫，仅有少数循吏可以按照户等从富户征收，如杭州路“包银令下，人骇于创见。
公（路总管于九思——引按）为程其物力，定为等级，民不病而事以集”。只征富户还会给地方官吏赋薄之责：“至治中，包银令下，帅阃以庆元赋委君（丘世良——引按）定之。君分户为九等，止科其上者而已。行省使者以赋薄峻责之，君曰：‘民困赋役，今又科包银，如是亦足矣。吾以一身为一郡民请命，其亦可也’。卒不增。”按照户等征收如此难得，扩大应当人户应是常见现象，包银对贫民的负担是可以想见的。
江南包银刚一开征就遭到抵制，延祐七年（1320）四月始征江南包银，同年十二月就诏“减天下租税二分，包银五分”，再一年，至治二年（1322）“江淮创科包银全免之”，免除当年包银。
至治三年（1323）十二月，泰定帝即位，宣布“豁免创科包银三年”，但临时性的包银减免并不能遏制朝野的反对之声。最终于泰定二年（1325）“除江淮创科包银”，江南包银在开征之后短短五年宣告废除，其中真正征收包银的只在延祐七年和至治二年，延祐七年还只征半数。江南所征科差项目以江南包银为主，伴随着泰定二年（1325）江南包银的废止，科差在江南基本宣告结束。
回回包银与江南包银创制同时，官府向全国回回、也里可温、竹忽、答失蛮人户征收包银，称为回回包银，回回包银向全国回回等色目人户征收，除僧侣外，所有色目人户每户纳包银二两。在江南回回包银见于镇江和湖州两地地方志，其中《至顺镇江志》中为至顺年间（1330-1332）的记录，可见回回包银并未受到泰定二年（1325）废除江南包银的影响，一直进行征收。
江南户钞元定江南后，按照习俗将部分人户分封给宗室，共有八十万户江南户口成为投下封户。江南的投下封户不征丝料，征收户钞：“及世祖平江南，又各益以民户，时科差未定，每户折支中统钞五钱，至成宗复加支二贯。”
因江南未曾实行科差，为了给投下收益，官府决定从税粮之中抽取部分收益，每一万户出钞百锭：“敕诸王、公主、驸马得江南分地者，于一万户田租中输钞百锭，准中原五户丝数。”江南户钞出于田税，并未增加投下封户的负担。
江南户钞为临时措施，概因江南“不着差发，其间却科取阿合探马儿，不宜”，本是准备“已后定体了呵，那时分您要者”，但是江南科差一直未定，户钞就此延续。成宗即位后，大肆笼络王公亲王，除赏赐之外，增加的户钞从国库支取，并未增加民众赋税。江南户钞是北方科差的南方替代，故应列入科差之中。然与北方不同，江南户钞并未从民间征收，而是出于田税、国库，并非是向百姓征收的正式赋税类目。
