1958年，身为总后勤部政委的余秋里，被调任石油部担任部长，与李聚奎对调职务。一个是军队三总部之一的政治主官，一个是国务院下辖的重要部委，从职务的份量上都不轻。

我们知道余秋里是正军级中将，而李聚奎虽然1955年授军衔前离开部队，可此前已经被评为副兵团级，回到部队补授上将。中将与上将职务对调，在五十年代还是不多见的。也从侧面反应出，余秋里的能力不一般。

战争年代的余秋里曾经在任弼时身边工作过，红2军团与红6军团会师后，因2军团急需政工干部被调去。总之在土地革命、抗日战争和解放战争时期一直从事政治工作。在战争年代的职务也不算很高，新中国成立前还只是一野1军副政委。

他能力很突出，1947年底到1948年春，全军展开新式整军运动就与他有很大关系。

1947年，西北野战军两次攻打榆林未果后，西野展开整军运动，各纵队展开军事和思想整顿。余秋里作为1纵358旅政委，在得知714团2营取得诉苦教育后，从根本上提高战斗意志。他就深入基层，将714团2营诉苦和715团三差做法经他加以总结，推广到全旅，引起纵队首长和野司的重视。此后纵队推广到全纵队，野司也将其推广到西野。

毛主席得知后，甚至利用晚上办公时间多次与他交谈。在加以总结后，完善出来一套新式整军运动，向全军推广。

余秋里做政治工作很有特点，善于抓典型，运用典型推动工作。不仅仅是这次诉苦、三查运动，就是此后很多工作也是这样干的。

1949年底，他病休结束后，被贺老总调去西南军区工作，抓征粮工作。因为二野部队以及18兵团，还有大批起义官兵都需要吃饭，而在此之前粮食征收遇到阻力，一些反动地主和土匪特务勾结。他到任后，先调查了解情况，发现不少问题，如负担不合理，有轻有重；减免面太大；第三地主富农搞破坏，对征粮工作进行调整，讲了征粮工作的重要意义，问题很快就步入正轨，完成征粮任务。

此后负责改造起义旧军官，使得1万多人经过学习后，安排到合适的岗位上工作。

在西南地区工作4年多，成绩非常突出，后被调任总财务部副部长，因部长身体情况，很多工作都由他具体负责。后来总财务部与总后勤部合并，他担任总后勤部政委。可担任不到一年，就被调去干石油工作。

石油部在1955年成立，该部在新中国成立后的很长期间内发挥的作用巨大，因为国家经济建设以及军队建设都离不开石油，这是一个迫在眉睫的工作。而当时石油需求量很大，不能完全依赖进口或者合成油，地下有没有油，经过地质学家的勘探后表示有，石油部成立后，在李聚奎的带领下投入工作，取得不小胜利，如开采克拉玛依油田。

随着大跃进到来，能不能“高产”，也是很多人关心的问题，毕竟石油是最急需的能源，而且还没有摆脱贫油的帽子。在这样情况下，上级安排一位年富力强的干部，接替李聚奎，看中余秋里后，毛主席和周总理先后找他谈话，认为他有能力，而且年轻，余秋里带着学习的态度上任。

在他的带领下，石油勘探重点放在内地，这样节省运输成本，先后在四川和东北、华北进行勘探，最终在松辽盆地发现石油，调来将要转业的部队进行石油大会战。如此情况下，再度发挥政治能力，抓典型，树立模范，王进喜就是这时候成为全国劳模。

在石油战线工作多年后，到六十年中期被调去干财经工作，到七十年代晋升为副总理。在开国将领中，能成为副总理的寥寥无几。

到1982年，军队换届，他事隔25年重返军队，担任军委副秘书长兼总政部主任。一开始让他担任政法工作，考虑到对政法不熟悉，对军队还是了解的，因此给上级反映情况，最终同意。

此后，他与副秘书长兼总长杨得志，副秘书长兼国防部长张爱萍，副秘书长兼总后勤部长洪学智一起协助秘书长处理军队工作。其他三位都是开国上将，1987年一届期满后，他退居二线了。