清乾隆十三年（1748年），皇帝大规模扩建碧云寺，增建金刚宝座塔、罗汉堂及行宫院，
使之成为皇家行宫，乾隆曾多次驻跸并题写碑文，行宫格局融合汉藏佛教艺术，尤以砖雕闻名。
清净心亭坐落于行宫西侧，为八柱单檐攒尖顶方亭，其名取自佛家“清净无染”之意，传闻乾隆常在此品茶观景，亭内曾有他亲题“激滟似展严陵钓，清泠真饶隐士心”诗句。
有趣的是，民间传说工匠建亭时故意将西侧台阶设计为九级，暗合“九五之尊”，而其他三面台阶仅为七级，
形成隐秘的皇家象征，虽无正史记载，却成为游人口耳相传的轶事。寺内孙中山衣冠冢1925年暂厝所选的普明妙觉殿，亦与行宫建筑群相邻，更添历史层积感。
在清净心亭旁边竟然还有一个小的庙宇，龙王殿，不知道是不是清朝皇帝在此游览的时候不忘记祭祀一下龙王祈求风调雨顺的意思。
