1965年11月10日，姚文元在上海《文汇报》发表了题为《评新编历史剧〈海瑞罢官〉》的文章。这篇文章虽然是在江青的授意下写出来的，但实际上已经得到了毛主席的支持。

当然，文章发表后的真实目的，周总理等其他领导人是不知道的，时任北京市市长兼第一书记的彭真自然也不知情。

所以，姚文元的这篇文章发表后，彭真对此是感到愤怒的。一方面是因为姚文元没有就批评北京副市长吴晗的文章提前打招呼，另一方面，在彭真看来，吴晗是我党的好同志，姚文元此举明显另有目的。

于是，彭真十分直白地支持吴晗写的《海瑞罢官》，直言“毒害没有那么大”。新华社等一些报社也认为姚文元在文章最后联系到“单干风”、“翻案风”很勉强。

就这样，种种因素作用下，北京等地区的报纸都没有转载姚文元的这篇文章。这让毛主席越发认为彭真主持的北京市委是个“独立王国”。

11月24日，因北京等地区始终没有转载姚文元的文章，毛主席特意下令“出小册子”。然而，北京新华书店虽被迫同意征订小册子，但并没有立即发行。

江青、张春桥等人时刻关注着北京的情况，他们一边等待着形势的发展，一边继续策划，煽动舆论。

就在形势陷入僵持之际，为了改变毛主席对彭真的误会，保护彭真，正处于两难之中的周总理出面了。很快，彭真在北京市委召开的会议上同意了转载姚文元的文章，但同时他也提出北京各报只能相继转载。彭真之所以选择让步，其实也想通过这种方式保护吴晗。

北京各报刊相继转载了姚文元的文章后，彭真仍然努力将这场讨论限制在学术范围里，一些报纸上还刊登了批评姚文元文章的内容。

但很显然，这样做违背了毛主席想要以此为切入点掀开政治运动的意愿。因此，彭真成为了当时特殊时代背景下的第一个“牺牲品”。

1978年底，彭真全家乘飞机回到北京，飞机刚抵首都机场，就受到了热烈欢迎，300多人聚集在机场。此后半个月里，许多老部下、老朋友纷纷登门看望他。尽管过去十多年里，他经历许多磨难和坎坷，但他的乐观和豁达却最让人印象深刻。

1979年3月，中共中央正式发出通知为彭真同志平反，恢复他在党内的组织生活，并参加工作。

至此，自离开北京13年后，已经77岁的彭真终于沉冤得雪。

同年4月22日，彭真在参加中央工作会议东北组的讨论中，提出的第一个问题便是“如何看待毛泽东同志和毛泽东思想？”尽管这是他回京后第一次出席中央会议，但却一针见血地指出了当时在党内外最受关注、最为突出的一个问题。

对于这个问题，彭真态度鲜明地指出：

“毛主席的历史功绩不容否定，毛泽东思想永远是我党工作的指针。”

对于自己过去遭遇的不公平对待，他则回应称：

“我想，共产党、毛主席总有一天会再来找我的，这些事历史上都有，错了的又给平反嘛！”

简单一句话，便将自己过去13年来的磨难一概而过，足见他的胸襟。

1980年初，彭真在与秘书的谈话中，又一次提到了对毛主席的个人崇拜，他认为“党内之所以会产生对毛主席的个人崇拜，是因为在党的历史上，几次生死关头，毛主席的意见一开始受到了大多数人的反对，但后来的事实都证明了他是正确的，这样下来，也就形成了对毛主席的个人崇拜。”

说到这里，他突然话锋一转，提到了一个谁都没有想到的点，他指出：“虽然毛主席晚年犯了大错，但这也有一个好处，就是打破了对他的个人崇拜。这对全党、全国人民解放思想产生了重要而深远的影响。”