摄关时代的日本，可以说是藤原氏的天下，为了更好地掌控朝政，藤原氏利用上皇制度，频立幼帝、多行禅让，上皇的权力进一步被藤原氏所蚕食，但此时上皇的力量还难以与藤原氏对抗。

发生在嵯峨朝初期的“平城太上天皇之变”，改变了上皇与天皇的力量对比，嵯峨帝退位后主动放弃了执政权，并接受淳和天皇的上皇宣下，此后上皇不再具有与天皇等同的政治权利且退位帝需要天皇授予才能拥有“太上天皇”尊号，上皇可以享受皇族家长的尊荣，但不可过多参与政事。在上皇政治地位持续走低的情况下，藤原氏外戚势力开始抬头。

随着858年清和天皇的即位，藤原氏外戚势力开始逐步侵蚀原属于上皇的辅政权。清和天皇是日本进入封建社会以来的第一位儿童天皇，他得以即位得益于其外祖父藤原良房的支持，由于此时没有上皇辅政，藤原良房遂以母系尊长的身份辅佐清和天皇。史称“初清和帝生育于良房第，及登极，念其旧恩，亲任尊宠，始终不渝，摄行万机，前后十五年，位极人臣，权归其家，子孙相继为摄关，藤氏之昌大，实基于此”。

对于年幼的天皇而言，父系的近亲，如叔伯兄弟等人在一定程度上都是其潜在的皇位竞争对手；而不具有继位可能性的外戚却可以和天皇组成利益共同体，因此依靠外戚是他天然的选择。但年幼的天皇也很容易被外戚势力所掌控，导致权力的下移。

贞观八年（866）闰三月十日夜间，太极殿前的应天门突然起火，连两侧的栖凤楼和翔鸾楼也一并被烧毁。大纳言伴善男向来与源信不和，意欲借机除掉源信，便告发左大臣源信和中纳言源融纵火。于是右大臣藤原良相命左中将藤原基经包围源信府邸并将其逮捕。藤原基经将此事告知养父良房。

在良房父子的力保下，源信未被治罪然而同年八月，有朝臣告发伴善男、伴中庸父子才是真正的纵火犯，朝野内外极为震惊。年轻的清和天皇无法应对这复杂的局势，便任命外祖父藤原良房为摄政“摄行天下之政”。良房遂判决伴善男、伴中庸等人流放。

藤原良房利用应天门之变将政敌伴氏及与伴氏结盟的纪氏等氏姓贵族排挤出权力中心，藤原良相及源信等人的政治威信也颇受影响。自此在朝堂之上，再无人能与藤原良房比肩，也再无哪个氏族能超越藤原北家的势力。藤原良房只有明子一个后代，便收兄长之子基经为养子，清和天皇即位后良房又将基经之妹高子送入清和天皇后宫。清和天皇时年九岁，藤原高子十八岁，二人并不般配的年龄差说明这是一场纯粹的政治婚姻，基经和高子的父亲已去世，兄妹二人倚靠良房并为良房所用，形成关系紧密的政治阵营，清和天皇就这样从小生活在藤原氏的包围之中。

藤原良房殁后，养子基经就任右大臣，继续总揽朝纲。一直处于藤原氏父子摄政下的清和天皇在四年后以“热病频发、御体疲弱、不堪听朝政”为理由禅位给高子所生的贞明亲王，即阳成天皇。清和帝退位时只有27岁，继任的阳成天皇仅有9岁，清和上皇诏令藤原基经“少主（乃）未亲万机之间（波），摄政行事”。基经上表推辞称：

“太上天皇在世，未闻臣下摄政；幼主即位之时，或有太后临朝。陛下若宝重社稷，忧思幼主，臣顾公政之可惊视听者，将闻敕于陛下；庶事之无妨施行者，又请令于皇母”。

从“臣顾公政之可惊视听者”等内容可以看出，藤原基经并不是真的想要放弃摄政，他提出的所谓的“上皇闻政”及“太后临朝”只是徒有其表，对于政务紧要程度的判断标准还是属于藤原基经的，起主导作用的仍是基经本人。依靠藤原氏即位，且从小就被藤原氏包围着的清和上皇缺少能够支持他亲政的亲信，更由于自嵯峨上皇以来，退位帝不预政事已成为常态，因此清和上皇仍坚持让基经摄政。

由此，藤原氏堂而皇之地以母系长辈的身份侵占了上皇为年幼天皇摄政的权力。随着权势的增长，藤原氏甚至能操纵天皇的废立。884年，藤原基经迫使阳成帝退位。随后基经拥立明仁天皇三子时康亲王为帝，即光孝天皇。光孝天皇是阳成天皇的叔祖，即位时已经55岁，在古代足以算作老年人。基经扶植他成为天皇，一方面是由于光孝的年纪与辈分都是皇族中比较高的，可以服众。

另一方面则是因为光孝天皇即位前在政治地位及物质经济等方面颇为潦倒，加之其年纪老迈，又没有太大的政治影响力，不会对基经的权力产生过多影响；与此同时光孝与基经还有一层表兄弟的亲缘关系，所以在当时的政治形势下光孝帝就成了非常合适的天皇人选。光孝天皇即位之时完全可以独立行政，时任上皇的阳成帝只是个17岁的少年，所以既不需要上皇辅政也不需要臣下摄政。

然而光孝天皇清楚地认识到自己的傀儡地位，下诏令藤原基经仍旧为太政大臣：

“万政领行，入辅朕躬，出总百官，应奏之事，应下之事，必先咨禀，朕将垂拱而仰。”

由此朝堂政事唯基经马首是瞻，光孝天皇则“垂拱而治”，在一定程度上赋予了藤原基经类似于后世的关白之权。

藤原基经对天皇的肆意废立意味着藤原氏开始有实力操纵皇室，皇室则逐渐开始依附于藤原氏；藤原氏总览政事的范围不仅局限于幼帝，更扩大到有独立执政能力的成年天皇。自此上皇的权力基本转移到藤原氏摄政与关白的手中。