黄巢恨百姓向自己扔瓦砾石块，大开杀戒。数万长安百姓惨遭屠戮。史称“洗城”。公元882年的四月，唐军与黄巢军队展开了对长安的激烈争夺。其过程曲折离奇、出人意料，不由得让人是目瞪口呆。但是在此过程之中，最可怜的却是长安百姓。

占领长安之后，由于黄巢坐享胜利成果没有乘胜追击，大唐政府也逐渐缓过气来。龙尾陂一战大败。郑畋整合河中各地的军队开始向长安进军。广明二年四月，各路军马进了长安城。郑畋千叮咛万嘱咐不要着急，统一行动听指挥。

然而泾源节度使程宗楚、前朔方节度使唐弘夫不听指挥，擅自出兵了。唐弘夫率领大唐胜利之师，再次大破尚让军队。黄巢见唐军士气正盛，无心恋战，决定避其锋芒，率众退出长安，屯军灞上。唐军程宗楚布、唐弘夫部、王处存部争相从延秋门入城。半年以来的长安百姓一直生活在黄巢的残暴统治之下，早就恨之入骨了。这时候见唐军入城，忍不住兴高采烈地走出家门，拾起地上的羽箭送给唐军，或者是干脆捡起瓦砾石块，直接追打黄巢溃兵。

可是接下来，让人瞠目结舌的一幕出现了。唐军赶走了黄巢军，马上脸色一变，兽性大发，奸淫掳掠，大肆开抢，无恶不作。看见官军抢得如此肆无忌惮，长安城里的地痞流氓也跟着化妆成官军加入抢掠队伍，把长安城是翻了个底朝天。王处存的士兵服装杂乱。为了和其他队伍区分，入城的时候只是简单地命令，每个士兵的头上都系一条白布作为标识。大街小巷上，全都是头系白布的人。其身份真假难辨了。

黄巢在灞上探知唐军的形式之后，知道唐军人数不足10万，而且并无什么后续部队。这便放下心来挥军反攻唐军。由于抢劫的财物太多了，入城的唐军强撑着和齐军交战，不一会就被打得落花流水。王处存跑得快侥幸捡了一条小命。程宗楚、唐弘夫却双双死于乱军之中，横尸街头。

王重荣、拓跋思恭等人起初并不知道王处存等人进入长安城。等他们知道了，正准备拔营跟入，突然却见王处存的披头散发，像鬼一样逃出来。后来了解，知道黄巢已经回来了，于是大家赶紧往武功方向逃走。

黄巢入城之后自然不会放过对城内老百姓的报复。黄巢恨百姓向自己扔瓦砾石块，命令尚让大开杀戒。于是长安城内的百姓又遭受了新一轮的疯狂屠戮。历史记载，此次死于屠戮的百姓共8万人，谓之“洗城”。

程宗楚、唐弘夫这次的军事行动，勉强算是官军收复长安的第一次军事行动。虽然两个人战败身亡，但是从中可以看出黄巢虽然占领了长安，但实际控制的范围并不大。号令所及也就是长安附近的几个州县。而这次军事行动的失败，让郑畋十分郁闷。程宗楚、唐弘夫二人战败，直接导致郑畋辛苦建立的合围长安之势顷刻间土崩瓦解。郑畋在不久之后被迫将军权交出，离开了关中。

中和二年正月，宰相王铎兼任诸道行营都统，统领各路唐军将黄巢困于长安城。至此双方在关中相持了将近两年时间，不断在长安周围展开拉锯战。面对官军打造的新一轮的包围，黄巢首先采取了以攻为守的战术。中和二年五月，黄巢派尚让向西北方向进军，攻打坊州的宜军寨。时值严寒天气，由于尚让为士兵们准备的御寒衣物不足，导致大量士兵冻死，结果被官军击败。七月，黄巢军虽然在涝水击败李昌言，接着又攻打武功迫使官军稍稍后撤。但总的来说黄巢以攻为守的战术未能实现，依旧处于被动防御的状态。

长安作为国都，由于人口密集，本来就是一个粮食供应比较紧张的地区。唐朝向来是依靠漕运山东和江南的粮食来维持庞大的粮食供应。而黄巢数十万大军占领长安及其附近地区的狭小之地，处于官军的包围之中。而且遇到严寒天气，很快便陷入严重缺粮的困境。当时，长安城中一石米的价格高达3万钱。

转眼之间到了9月份，突然一个晴天霹雳般的消息传到了黄巢这里：黄巢手下大将同州防御使朱温投降朝廷了。这究竟是人性的扭曲，还是道德的沦丧？朱温为什么会反水？

这事说来话长。镇守同州的朱温当时让河中节度使打败了，无奈之下接二连三地向黄巢求救。可困守长安的黄巢自顾不暇，加上亲信孟凯素与朱温不和，早想就把他置于死地了。同州发来的求救信，基本上石沉大海根本到不了黄巢的手中。不明真相的黄巢偏听偏信，认为朱温拥兵自重，故意不战。再往后，接二连三的惨败和部将反水，黄巢开始向朱温问罪。

朱温眼见自己难以支撑，黄巢不出兵救援也不派发粮草。部队随时有被全歼的风险。向来精明的朱温已经意识到黄巢气数将近。部下胡真、谢瞳主动劝说朱温尽早投降，以免夜长梦多。朱温见手下也如此支持，于是斩杀了黄巢派来的监军严实，对外宣称归顺大唐。