李某在某互联网公司工作，他按照公司的要求累计申请了120个小时的加班，但公司却以员工手册的规定为由，拒绝支付他加班费差额。该公司员工手册规定：“工作日每天晚上9点之后起算加班时间，另加班需由员工提出申请，部门负责人审批。”李某对此表示不满，遂申请劳动仲裁，请求裁决公司支付其加班费差额。公司对仲裁裁决不服，进而向人民法院提起诉讼。

本案的争议焦点在于：以规章制度形式否认李某的加班事实是否具有法律效力。尽管用人单位可以在员工手册中规定加班申请审批制度，并在劳动者明知此规定的情况下将其作为确定双方权利义务的依据，但这并不意味着该规定可以违反法律规定或具备不合理性。公司必须向员工明确告知并得到员工的确认，同时承担条款合理性的举证责任。当公司不能证明其条款的合理性时，该条款将被视为无效，并由用人单位承担举证不能的不利后果。因此，公司以规章制度中的加班时间规定来否认员工的加班事实是违法的，且不具备制定的合理性。具体到本案的情况，该公司要求员工从晚上9点才开始计算工作日延时加班显然是不合理的。即使用人单位不履行加班审批，否认劳动者加班事实，劳动者的加班事实依然存在并应被认定。从该公司办公系统的申请情况来看，平时延时加班申请从晚上9点开始。互联网公司主张晚上6点到9点之间的时间为员工的晚餐和休息时间，但未提供证据证明其已向员工明示告知关于加班时间起算的规定，且此主张明显缺乏合理性。因此，法院对互联网公司的主张不予采信。法院根据考勤记录和公司办公系统的申请记录，扣除了李某合理的用餐休息时间，核算出他的平时延时加班时间。综上所述，结合考勤记录、集群考勤表及公司办公的系统记录，法院对李某的加班事实进行了审查，并酌情认定互联网公司应支付李某加班工资。一审判决互联网公司支付李某工资、加班工资及赔偿金，二审维持原判。