东晋政权存在的百余年间，危机频现，多次濒临覆亡，又多次起死回生，可谓一波多折，令人深思。
晋元帝司马睿在骠骑大将军王导为其摆平南方及北方流亡士族的基础上，称帝建国不久，发现朝中的王氏势力太大，影响了他的执政。于是，司马睿就着手削弱王氏的力量。他在有意疏远辅政大臣王导的同时，重用善于献媚逢迎的御史中丞刘隗、时常酗酒放肆的左仆射刁协，以之为心腹。
司马睿分别将刘隗、刁协的职位提升为侍中、尚书令等职，并逐步让他们掌握一定的军权，暗中进行必要的军事部署，以应对反对势力的回击。
许多朝臣见了，都同情劳苦功高的王导，不满意司马睿过河拆桥的做法，并且蓄意孤立得宠的刘隗、刁协。
驻守武昌的、王导的从兄王敦得知了朝中的这一变化后，打算以清除刘隗、刁协等“扰乱朝政的佞臣”，替王导鸣不平为借口，篡夺司马氏的帝位。
永昌元年（322年），王敦统帅大军，长驱直入，杀向东晋都城建康。司马睿接到奏报后，命刘隗等人立即组织建康防御战，迎击王敦，但失败了，刘隗、刁协也都仓皇逃离了京城。
王导
王敦攻入建康，杀逐刘隗、刁协后，欲趁机废黜司马睿，自立为帝，但王导不同意，并义正言辞地说：“宁为忠臣而死，不为无赖而生。”如此一来，王敦只好罢手，率领大军退回武昌。
司马睿崇信刘隗、刁协，这是王氏势力，乃至其他士族势力所不能容忍的。刘隗、刁协被杀逐后，皇室的势力退缩了回去。于是，东晋的朝政转危为安，又稳定了下来。
太宁元年（323年），晋元帝司马睿在忧愤中驾崩后，晋明帝、晋成帝相继为帝时，王导继续辅政。
晋成帝承继大统后，拥有了决断朝政之权的庾太后之兄外戚庾亮，企图打压掌权的士族，提振皇室。于是，他排斥王导，疑忌荆州刺史陶侃等重臣，而且随意杀逐不依从他的宗室、朝臣，这引起了朝中各方势力的不安。
咸和二年（327年），历阳（安徽和县）守将苏峻、寿春（安徽寿县）守将祖约得知了朝中的混乱形势后，就以诛杀庾亮为名，相率大军攻入建康。
建康陷落后，庾亮外逃。值此危难之际，荆州刺史陶侃、江州刺史温峤联合起兵抗击苏峻、祖约，救援京师。
陶侃
咸和四年（329年），陶侃、温峤联军击破苏峻、祖约，平定了动乱，成功地保卫了东晋政权。
之后，庾亮出镇豫州；王导继续打理朝政，直至咸康五年（339年）病逝。这样，东晋王朝又转危为安，挣脱劫难。
庾亮于咸康六年（340年）去世后，他的弟弟庾翼被任命为安西将军、荆州刺史，并代替兄长庾亮镇守武昌。
永和元年（345年），庾翼病危。临终前，他让次子庾爰之接替自己，出任荆州刺史，开了东晋藩镇世袭的恶例。
东晋朝廷不同意庾翼的做法，并利用晋明帝的女婿桓温的力量去解决庾氏的“违规操作”问题。不料，前门驱狼，后门进虎。桓温豪放洒脱，英武不凡，堪称当时最有才干的野心家。他替代庾氏做了荆州刺史以后，积极对外发展。永和三年（347年），桓温消灭成汉政权，收复了蜀地，威震朝野。
为了遏制迅速发展起来的桓温，在王氏、谢氏等士族势力的主张下，东晋朝廷招录学识超群、长于清谈的殷浩参与朝政，以抗衡时任大司马的桓温。
桓温
桓温在殷浩北伐失败，将其参倒后，为了进一步增强自己的影响力，谋取更大的政治利益，率军北上，讨伐前秦、前燕。可惜的是，桓温的两次北伐行动也都失败了，并导致桓温的实力大损、威望锐降，令他不敢轻易妄行不轨之举。最终，在王、谢两大家族的联合抵制下，桓温篡位自立的目的没能达到。
宁康元年（373年），随着桓温的病逝，东晋王朝又摆脱了被颠覆的危机。
桓温死后，辅佐朝政的谢安完全遵循了王导力求豪强大族间势力平衡的做法——“镇之以和静”，使得东晋王朝出现了前所未有的和睦气象。
在这一良好的社会、政治背景下，东晋大军于太元八年（383年）大破来犯的前秦军队，取得了淝水之战的胜利。
接着，谢安派谢石、谢玄等率军北伐。太元九年（384年）收复徐州、兖州、青州、司州、豫州、梁州等六州。太元十年（385年），猛将刘牢之攻占河北重镇邺城。这是东晋开国以来，最大的军事辉煌，最为丰硕的战果！
随着谢氏家族赫赫战功的出现，东晋王朝的平和状态开始变化。被晋孝武帝委以重任的会稽王司马道子及其儿子司马元显，伙同一批奸诈之徒，合力打压谢安。
谢安
太元十年（385年），谢安在抑郁不安中病逝，司马道子、司马元显父子掌控了整个朝政后，东晋王朝逐步败坏到了无以复加的地步。
隆安二年（398年），京口（江苏丹徒）守将王恭与藩镇殷仲堪、桓玄、庾楷等，结成了以江州刺史桓玄为盟主的联盟，起兵反抗腐朽的东晋皇室，并很快占据了建康以西的州郡。
正当东晋朝廷全力镇压孙恩起义的时候，桓玄又趁机吞并了长江上游的各藩镇，拥有了东晋近三分之二的国土。
这时，桓玄认为，完成父亲桓温未竟的事业，灭晋称帝的机会到了！元兴元年（402年），桓玄击败司马元显派出的进攻他的军队，并乘胜而进，攻入建康，杀死了司马道子、司马元显父子，执掌朝政。元兴三年（404年），桓玄把晋安帝赶下皇位，自立为帝，国号楚，史称“桓楚”。如此一来，东晋政权暂时中断了。
刘裕
桓玄刚登上帝位几个月，原东晋北府军的将领刘裕在京口纠集力量，讨伐桓玄。不久，桓玄兵败身亡，晋安帝又在刘裕的拥戴下，恢复了东晋帝王的身份。之后，苟延残喘的东晋王朝进入了刘裕总揽军政大权的时代。元熙二年（420年），在各方面条件都已成熟时，刘裕断然废掉了晋恭帝司马德文，建立了刘宋王朝。至此，东晋凄凄惶惶、动乱不断的一生被彻底终结了！
综上所述可知，依靠南北方大士族立身的东晋统治集团，内部最主要的矛盾是皇室和几个强大士族之间的矛盾。如果皇室安享尊荣，不干涉、不抑制这些强大士族，那么，各种势力就相对均衡、安定，政治上就呈现正常的局面。反之，如果皇室企图增强自己的势力，就会引起豪强大族的不满。这时，野心家们便乘机而起，图谋司马氏的帝位，导致东晋王朝时安时危！
