奴儿干都司在明朝的东北边疆管理中具有一定的优势。奴儿干都司由奴儿干、儿臣和屯田兵等组成，他们在东北地区进行边防和军事防御，起到了一定的稳定边境、保护民众的作用。奴儿干具有游牧民族的特点，擅长骑射和马战，对抗游牧民族的入侵具有一定的优势。此外，他们还负责管理屯田和经济发展，以维持边境地区的稳定和人民的生活。

奴儿干都司在一定程度上控制了东北地区的藩镇势力。明朝时期，东北地区曾经存在许多藩镇，这些地方势力相对独立，对中央政权具有一定的挑战。奴儿干都司的设立可以说是明朝对东北藩镇势力的一种整合和控制手段，使得中央政府对东北地区的统治更加有效和稳定。

奴儿干都司在东北地区管理中也面临一些挑战和限制。首先，奴儿干都司的人员构成主要是奴儿干、儿臣和屯田兵，这些人员并非汉族的正规官员，他们的政治素质和管理能力相对较低。这使得奴儿干都司在治理东北地区时可能存在管理不善、贪污腐败等问题，影响到地方治理的有效性。

奴儿干都司对于东北地区的统治并非完全无阻。东北地区广袤辽阔，人口众多，地理环境复杂，加上当时的军事技术和交通条件的限制，使得奴儿干都司难以完全控制整个东北地区。游牧民族的活动和游击战术也给奴儿干都司的治理带来了一定的困难。此外，东北地区的民族多样性和地方特色，使得中央政权往往需要采取一定的灵活性和包容。

为了应对奴儿干都司在东北地区管理中的挑战和限制，明朝采取了一系列措施来加强对东北地区的统治和管理。首先，明朝加强了对奴儿干都司的监督和管理。中央政府设立了都司使和官员，派遣正规军队和官员到东北地区，加强对奴儿干都司的指导和监察，以确保其遵守中央政策和法令。

明朝通过屯田政策和经济发展来稳定东北地区。中央政府鼓励屯田和农业发展，以提供粮食和物资支持奴儿干都司的运作。同时，明朝还鼓励商业和贸易，促进经济繁荣，以提高地方居民的生活水平，增强对明朝统治的认同感。

明朝还采取了一系列外交手段来稳定东北边境。与奴儿干都司的军事行动并行的是外交交涉，明朝与周边游牧民族建立了一定的友好关系，通过婚姻联姻、贡品交换等手段来缓和边境紧张局势，维护边疆的和平稳定。

尽管明朝采取了上述措施，但奴儿干都司在东北地区的管理仍然面临一定的困难和挑战。东北地区的地理条件和民族多样性使得治理工作复杂且耗费人力物力。此外，明朝内部的政治和军事问题，以及其他外部因素如军事冲突、自然灾害等，也对奴儿干都司的管理带来了一定的干扰。