1949年9月25日、26日，在我党的政策感召和大军压境的形势下，时任国民党军新疆警备总司令陶峙岳、新疆省政府主席包尔汉率领所部七万余人通电起义，新疆遂宣告和平解放。

同年12月下旬，起义部队被改编为中国人民解放军第二十二兵团，陶峙岳任司令员，第一野战军第一兵团司令员王震兼任该兵团政治委员。

然而，尽管陶峙岳和包尔汉已经通电起义，但由于其部队成分复杂、驻地分散，加之又有特务分子从中捣乱，所以在新疆和平解放之初，南疆地区的叛乱事件时有发生，给人民群众的生产生活带来了极大的危害。

比如新疆和平解放后仅一个月，驻哈密的国民党第178旅中的部分官兵在个别反动军官的策动下，先后制造了抢劫银行、纵火等事件，给哈密人民造成了巨大的损失，同时也极大影响了哈密的社会秩序。

为了平定叛乱，王震派出了自己的两员得力干将——时任第二军军长郭鹏和政治委员王恩茂前往。

郭、王二人领受任务后，当即派兵赶至哈密，一方面进行灭火救灾，解救受困群众，发放救济粮；另一方面则严惩叛乱分子，加强对起义部队的政治教育。

最后，在二人的不懈努力下，仅用了很短的时间，就恢复了哈密的社会秩序。

紧接着，郭鹏和王恩茂又率部相继平定了鄯善、和田、库尔勒等地的叛乱，一举解放了南疆地区。

不久后，以第二军党委为基础组建的“南疆区党委”正式挂牌成立了，王恩茂任书记，郭鹏任副书记。而也正是从这个时候起，王恩茂与新疆结下了不解之缘。

为了更好地建设南疆地区，王恩茂根据组织上的要求，发动了新疆历史上最大规模的“屯垦戍边”大会战。

在这场伟大的战役中，王恩茂既是坐镇指挥的首长，也是冲锋在前的战士，他与战士们同吃、同住、同劳动，每天开荒达16个小时，手被磨出了血泡，好了成茧后又继续干。

在王恩茂的带领下，当年开荒播种面积达80多万亩，收获粮食近7000万斤。短短3年后，即1952年，开荒面积就翻了10倍，并建成了95个半机械化和马拉犁农场，共收获粮食7.5亿斤，比首次开荒种粮时翻了整整10倍。

如此巨大的丰收，不仅满足了部队的需要，同时也在极大程度上缓解了新疆各族人民的粮食困难。

然而，作为领导，王恩茂的工作更为繁忙，他白天要与官兵们共同开荒种粮，晚上回来也全然顾不上休息，经常走街串户地去做调查，帮助人民群众解决实际困难，深受新疆各族人民的爱戴。

1952年，王恩茂因工作突出，调任新疆分局第一书记、新疆军区代政委。而后又任新疆党委第一书记、新疆军区司令员兼政委，正式开始主政新疆。

在这之后，王恩茂又领导打响了第二次大会战——实行农村土地改革。

在他的努力下，仅用了不到一年的时间，新疆地区的200多万各族贫困农民就变成了730多万亩土地的新主人。在王恩茂的悉心治理下，新疆地区的经济得到了很好地发展，各族人民生活幸福。

然而，就是这样一个功勋卓著的人才，在1966年后却遭到了严重的冲击，被迫离开奋斗了近20年的新疆，而他一心倡导的农村“五好”建设（好的条田、好的林带、好的道路、好的渠道、好的居民点）也受到了严重的影响。

但即便如此，王恩茂也始终关注着新疆地区的发展，但可惜的是，他此后一直未能回去，1977年后还担任吉林省委书记。直到1981年10月，王恩茂才得以返回新疆，并担任自治区党委第一书记，再次主政新疆。

而王恩茂回到新疆的第一件事，就是坚持领导农村的“五好”建设，大力发展农村经济。据相关数据记载：

从1978年至1995年的17年间，新疆地区的粮食作物亩产由107公斤增加到了3055公斤，棉花亩产由25公斤增加至83.9公斤，增产的效应中，王恩茂所倡导的“五好”建设所占份额达3%-50%，土地利用率高达85%左右。

王恩茂重返新疆的时候，正值新疆的多事之秋，扰乱社会安定的事件层出不穷，比如在王恩茂回到新疆后的第六天，就发生了喀什“10.30”事件。

经调查，这起事件是由于人民内部矛盾引起的刑事案件，实际并不复杂，也很容易解决，但由于坏人的煽动，导致问题复杂化了。

对此，王恩茂当即决定：一方面派少数民族干部去做解释工作，消除民众的疑虑；另一方面则对背后的组织煽动者进行坚决的清理打击。

后来，王恩茂的讲话在事发广场进行广播，群众听后纷纷说道：老书记回来了，我们都听他的，不闹了……最后，在一位维吾尔族老大娘的指认下，组织煽动闹事者很快就被绳之以法。

尽管当时各种事件层出不穷，但王恩茂上任后，很快就把这些事件给平定了。而王恩茂之所以能如此快速解决这些事情，除了其强硬的手腕外，更重要的还是他在新疆各族人民心中的威望。

王恩茂将军不仅心系新疆的建设与发展，他也经常教育孩子们要扎根新疆，为新疆人民做贡献。然而，这里毕竟条件有些艰苦，孩子们还是想到别的地方去看一看。

比如当时正在新疆部队工作的将军三子王北会，就曾想通过父亲的关系调离新疆，结果受到了父亲的批评：我们要求别人要扎根新疆，但如果我们不带头，怎么能说服教育别人呢？在父亲的批评教育下，王北会当即便放弃了调动工作的念头。

后来，王北会的儿子从军校毕业后，原本是可以留在北京工作的，结果王恩茂当即便给孙子打去了电话，让他回新疆工作。

1985年10月，王恩茂从一线领导岗位上退了下来，担任自治区顾委主任。但即便已经退居二线，但他仍表示将继续留在“第二故乡”——新疆，继续与新疆人民在一起。

1986年4月，时年73岁的王恩茂当选为全国政协副主席，成为了党和国家的领导人之一。

当时，为了表彰他的功勋，总后勤部曾提出在北京给他盖一间大点的房子，但被他婉言拒绝了。不仅如此，王恩茂将军甚至都没有将自己的供给关系转到条件更好的北京。

王恩茂将军在新疆工作、生活了40年之久，期间曾两次主政新疆，担任省区党委一把手长达25年，这在同级别的汉族领导干部中算是非常罕见的。对于这片土地，王恩茂将军有着特殊的感情，他曾深情地说：

“我热爱新疆，热爱新疆各族人民，新疆是我的第二故乡。将来我死后，就埋在天山脚下。”

2001年4月12日，王恩茂将军病逝，享年88岁。遵照老将军的遗言，他的骨灰安放在天山脚下，这片令他魂牵梦绕的土地上。