1938年10月武汉大撤退前，周恩来同志前往衡山途中，碰上白崇禧的车抛锚，日军离他们已不远，周恩来让白崇禧上了自己的车，一起离开危险区。在车上，周恩来提出要在桂林设立八路军办事处，白崇禧同意了，白崇禧为此派自己的机要秘书谢和赓回桂林，与桂系第三号人物、广西省长黄旭初打招呼，要求黄旭初对八路军办事处以礼相待，保证办事处人员的安全。

11月下旬，八路军在桂林设立办事处。该办事处得到了白崇禧的关照，工作开展得非常顺利。办事处为八路军和新四军筹措了大量紧缺军用物资，也为延安输送了大批爱国青年。李克农还特别注意团结国民党民主派和桂系内部的进步人士，主动与他们联系，他和李济深、李任仁等人，建立了很深的友情。

李济深是国民党元老，他利用自己职务的便利，为办事处做了不少事。李克农在桂林时，广西大学学生闹学潮，反对蒋介石的独裁统治。广西当局逮捕了20多名学生，其中不少是中共地下党员。李克农请李济深帮忙营救学生，李济深让秘书找到他在保定军校时教过的学生黄旭初，黄旭初把学生全部释放。

1941年国民党掀起反共高潮，1月初制造震惊中外的“皖南事变”。国民党特务要对广西的八路军办事处人员和一些进步民主人士下手，李克农得到情报，特务要对夏衍下手，他通知夏衍马上离开桂林。一天早上，李克农接到要李济深送来的一张小纸条，上面只有四个字“克农快走”。李克农知道，国民党方面要对八路军桂林办事处动手了。

李克农当机立断，下令销毁了一些机密文件，1月21日带领办事处的其他工作人员分别乘轿车和卡车，带着物资向重庆撤离。在数位国民党元老的压力之下，特务不敢造次，桂系当局执行的是“礼送出境”政策，所以他们很快便离开广西，经贵州、重庆，最后到达延安。