在广州革命政府内部，最先推动北伐的不是蒋介石，而是“粤桂二李”的李济深和李宗仁，彼时的蒋介石刚刚搞掉胡汉民、许崇智和汪精卫等政治对手，屁股还没有完全坐稳，地位也并不稳固，迫切需要时间整理内部和扩大实力。然而李济深和李宗仁的提议得到了湘军元老谭延闿的大力支持，这三人的分量在当时的“国民革命军”中举足轻重，加之吴佩孚和张作霖正联手攻击冯玉祥的国民军，北伐遂成为大势所趋。

国民革命军遂于民国十五年（1926年）9月誓师北伐，其作战序列内最初有八个军的编制，其中湘军最多占三个军（第2军、第6军和第8军），粤军次之有第4军和第5军（闽粤混杂），另有滇军第3军和新桂系第7军，而真正属于“黄埔党军”的只有个第1军。彼时的第1军也只辖有三个师，在整个北伐军中的占比并不高。而多达2600余人的黄埔四期毕业生，是民国十五年（1926年）10月才毕业分配到各军的，所发挥的作用在北伐初期并不明显。

由于唐生智已经宣布效忠广州政府，因此北伐军得以顺利进入湖南，再以长沙为前进基地，分兵攻向长江中下游地区。到民国十六年（1927年）1月，北伐军已经发展壮大到18个军，其中纯粹黄埔系的部队仍然只有一个第1军，尽管其编制和兵员比较充实，但总兵力亦不超过北伐军全部的十分之一，所以把北伐初期的巨大胜利过多归于黄埔系如何善战，是不够客观的。

1、西路军

总指挥为唐生智，下辖第3军（滇军）朱培德部、第4军（粤军）张发奎部、第8军（湘军）李品仙部、第9军（黔军）彭汉章部、第11军（粤军）陈枢铭部，以及唐生智自己扩充起来的第18军、第35军和第36军。也就是说，整个西路军的八个军中干脆就没有黄埔系部队，占绝大多数的是湘军和粤军。

西路军从长沙出动一路攻向湖北，贺胜桥战役是他们打的，汀泗桥战役也是他们打的，一直到包围和攻克武汉，击破了直系军阀吴佩孚的主力。期间唐生智和张发奎的势力也迅速膨胀，具备了与蒋介石分庭抗礼的资本，是不久以后“宁汉分裂”时期武汉政府的主要军事支柱。

何应钦

2、东路军

总指挥是何应钦，下辖第1军（黄埔系）、第14军（赣军）赖世璜部、第17军（闽军）曹万顺部、第19军（浙军）陈仪部、第26军（浙军）周凤岐部，可以发现，其中除第1军外都是归顺的闽浙赣地方军阀部队，

因此除第1军外，其他五个军的部队中干脆就没有什么黄埔生，并且兼第1军军长的何应钦多次接战不力，从福建进入浙江后遭到孙传芳手下悍将孟昭月的强力反击，大败于桐庐，蒋介石只好派白崇禧前往东路军担任前敌总指挥，这才挽回了些局面。

3、中路军

总指挥由北伐军总司令兼任，又分为江左和江右两个作战纵队，其中“江左军”的总指挥为桂系李宗仁，目标是沿长江左岸，由安庆出合肥进攻蚌埠，进而谋图徐州，该路下辖第7军（桂军）、第10军（黔军）王天培部、第15军（桂军），所以这一路基本以桂系军队为主，没有黄埔系什么事。

而“江右军”的总指挥为湘军元老程潜，目标是沿赣北和皖南山地挺进，下芜湖直取南京，该路下辖第2军（程潜兼）和第6军（鲁涤平），这一路完全彻底都是湘军，因此在中路军的五个军中，也没有成建制的黄埔系军队。

第一次北伐初期，黄埔一、二、三期生（约2000余人，东征期间还有损失）大多担任团长以下职务，并不能在战役中起主导作用，在湘军、粤军中虽有一些黄埔毕业生，比如张发奎第4军及其下属的叶挺独立团等部队，但是比例真不大。

真正让这些部队具备较强战斗力的关键因素，是国共合作时期的政工制度，即不仅仅是第1军，其他无论粤军还是湘军，都建立了“党代表”和“指导员”制度，使这些部队具有了一定“为谁而战”的革命思想，其凝聚力和战斗意志普遍超过军阀部队，即便是吃败仗的时候，也绝不会一哄而散，投降者更是寥寥。

在这方面吴佩孚和孙传芳的部队以及闽浙赣的地方军阀武装就差多了，虽然兵力上占据优势，但是在势如破竹的北伐军面前，作战意志极不坚决，许多将领还未等接战，就已经私下跟北伐军暗通款曲，一旦战事不利，就全军倒戈。比如第曹万顺17军、陈仪第19军、周凤岐第26军等部，都处在“东路军”的进攻路线上，因此第1军除了在南昌、浙西有两场恶仗外，基本都是顺风顺水，一路挺进上海。

而西路军的粤军和湘军，也颇有“革命军”风范，纪律相对严明，不杀俘虏，分子遣散或者收编，遂得到了广大民众的支持，所以吴佩孚所部虽然善战，仍然被基本打垮，这是新式军队对旧式武装的胜利，黄埔生虽然起到了一定作用，但是在北伐初期却并非决定性因素。黄埔生最大的亮点，其实是比较抱团和忠诚，这一优势是在稍后的新军阀混战中表露出来的，成为蒋介石打垮其他军阀的重要因素。

民国十三年（1924年）11月，黄埔军校以第一期毕业生为基干组建了第一个教导团，军官以黄埔生充任，士兵则从浙江等地招募而来，全团不过3000余人。军校总教官何应钦只能屈就团长职务，而其他钱大均、刘峙、顾祝同等教官则只能先当营长，但谁也不曾料想，这个教导团会成为未来几百万黄埔系中央军的鼻祖。

第一次东征胜利后，两个教导团扩编为党军第一旅，平定杨希闵、刘震寰叛乱后升格为党军第一师，到第二次东征结束时已经扩编为下辖三个师的第一军。北伐开始时第一军下辖第1、第2、第3、第14和第20师，而民国十六年（1927年）的龙潭战役之后，第一军已经下辖整整九个师，复职以后的蒋介石自己都感觉有点过分了，遂拆分为第1军、第9军和第32军。

胡宗南

这是民国十六年（1927年）秋天的事情，距离黄埔建军连三年都不到，但是黄埔系军队已经从一个团3000余人膨胀到三个军九个师十多万人，粗略估算一下至少增加30倍以上。而黄埔一期生也因此水涨船高以惊人的速度晋升：刚刚毕业时胡宗南任军校教导第一团第3营8连少尉见习排长、关麟征任教导第一团第2营5连少尉排长、杜聿明则仅仅是教导第一团第1营3连的见习军官兼军需上士。

然而仅仅三年时间，胡宗南已经成为第1师代理师长、关麟征晋升警卫第2团团长，在和平年代这个时间连晋衔一级都略显“停年”不足。除此之外，黄埔系将领还利用所谓的正统身份，大肆吞并甚至武装收编杂牌军，由于北伐战争进展顺利，原北洋各省的地方部队纷纷投诚，战后整编的原则是各省只保留一个师的番号，而其他部队均被黄埔系吞并或者改造。

比如陈诚在这方面的表现就最为“出色”，先后吞并甚至缴械了闽军第11师、鄂军的13师、孙传芳的第43师等等，还有安徽、湖南以及直鲁联军的许多部队，也被黄埔系吞并和改编。而所谓的“改编”，当然是士兵基本不动只动军官，于是原来的军官纷纷被黄埔生所取代，这一期间黄埔生多数都得到晋升，原来的连长肯定成为营长、营长大多提了团长，而只有一支部队的骨干和基层军官多数换成黄埔生，才真正算是“中央化”改造完成。

总体而言，北伐战争其实给黄埔系军队提供了一个舞台和一次机遇，尽管蒋介石起初对北伐并不积极，然而在战争中意外地出现了势如破竹的军事形势，黄埔系部队硬仗打得不多，收编和扩充的部队却是不少。进而在占领南京以后，蒋介石依仗其掌握的军权，开始挑战党权和政权，于是有了宁汉分裂和最终的宁汉合流。