长白山自然保护区区内植物属长白山植物区系，其生态系统比较完整，植物资源十分丰富。区内植被主要以红松阔叶林、针叶林、针阔混交林、岳桦林、高山苔原等组成，并从下到上依次形成五个植被分布带，具有明显的垂直分布规律。例如针叶林带位于海拔1100米~1700米的倾斜玄武岩高原上。而红松阔叶林带则处于海拔1100米以下的玄武岩台地上。自然保护区不但是中国著名树种红松的故乡，还是珍禽异兽生存的天堂，在我国同纬度带上动植物资源最为丰富，是最具有代表性的典型自然综合体，是世界少有的“物种基因库”。作为一个生物物种资源极为丰富、生态系统比较完整、具有典型特色的自然综合体的野生动植物资源，此为发展长白山区域经济的潜在保障。这里不仅植物类型复杂多样，而且种类十分丰富。
首先，野生动植物种类繁多，资源丰富。目前，在长白山自然保护区区内已知野生动植物有1225种，分属于73目219科。其中，森林昆虫害虫6目48科387种；森林昆虫天敌7目29科94种；圆口类1目1科3种；鱼类2目4科8种；两栖类2目6科13种；爬行类1目3科11种；鸟类18目48科277种；哺乳类6目19科58种；脊椎动物30目61科370种。
在1225种野生动物中，属国家重点保护动物有50种。其中，国家一级保护动物有东北虎、金钱豹、梅花鹿、紫貂、黑鹳、金雕、白肩雕、中华秋沙鸭等；国家二级保护动物有豺、麝、黑熊、棕熊、水獭、猞猁、马鹿、青羊（斑羚）、鹗、鸢、峰鹰、苍鹰、雀鹰、花尾榛鸡等。在这些动物中，药用类15种，食用类14种，毛皮类2种，观赏类1种。目前，已知有野生植物2277种，分属于73目246科。在2277种野生植物中，有国家重点保护植物25种。其中，野生人参被定为国家一级保护植物。
其次，由于长白山区复杂的地质条件，形成了丰富的矿藏。据记载，截至2000年底，吉林省有探明储量的矿产增加到98种（全国为152种），仅长白山区就有80种，固体矿产地368处，水气矿产地132处，这些矿种划分为9个工业类别。
一是能源矿产：煤、油页岩、铀；二是黑色金属矿产：铁、锰、钛、钒；三是有色金属矿产：铜、铅、锌、镍、钴、镁、钨、钼、汞、锑；四是贵金属矿产：金、银；五是稀有矿产：稀土、分散元素矿产锆、重稀土氧化物、磷钇矿、独居石、镓、镉、硒、碲；六是冶金辅助原料非金属矿产：蓝晶石、红柱石、萤石、熔剂用灰岩、白云岩、石英岩、脉石英、耐火黏土；七是化工原料非金属矿产：硫（硫铁矿、伴生硫）、电石石灰岩、砷、硼、磷、明矾石、泥炭；八是建筑材料及其他非金属矿产：石墨、压电水晶、熔炼水晶、硅灰石、滑石、石棉、云母、长石、石榴子石、透辉石、沸石、石膏、冰洲石、宝石（橄榄石）、水泥用灰岩、制灰用灰岩、饰面用灰岩、泥灰岩（松花石）、玻璃用砂岩、硅藻土、高岭土、陶瓷土、伊利石黏土、膨润土、水泥配料用黏土、霞石正长岩、饰面用辉长岩、饰面用闪长岩、饰面用玄武岩、饰面用花岗岩、建筑用安山岩、浮石、火山渣、饰面用大理岩、水泥用大理岩；九是水气矿产：地下水、矿泉水。
第三，长白山自然保护区区内的土壤构成也十分独特。长白山自然保护区区内的土壤系随着气候、地势、海拔高度的不同而不同，海拔从低到高垂直分布着4种类型的土壤：海拔700米~1600米属于暗棕色森林土，1100米~1700米分布着棕色针叶土（山地棕色森林土）；1700米~2000米为山地草甸森林土、2000米以上为山地苔原土。暗棕色森林土其地貌为熔岩台地，植被以阔叶红松林为主以及白桦、椴木等；棕色针叶林土其地貌属倾斜熔岩高原，受河流的切割，河谷多呈“U”型隘谷。山地植被多以云杉、冷杉和鱼鳞松为主，土层厚度达30cm~40cm。
由于自然保护区气候属于受季风影响的大陆山地气候，受地势高低影响大，冬季漫长寒冷，夏季十分短暂且温暖湿润；区内年平均温度3℃~7℃，日照时间2300小时/年，无霜期一般在100天左右（在海拔较高的地方仅60天）；这里降水量丰富，年平均降水量在700毫米~1400毫米之间，其中60%~70%集中在6月~9月份，在海拔较高的山峰，降水主要以雪花飘飞漫舞的形式存在，使这里的夏季温暖而潮湿，是中国东北雨量最丰沛的地区之一；到了冬季降雪的厚度平均50厘米以上，最厚的地方可超过70厘米，使这里的冬季天气变得异常地严寒酷冷而漫长，是亚洲东部大陆上唯一具有高山冻原的山地。长白山的自然生态至今一直处于原始状态，其垂直自然景观和动植物区系典型的欧亚大陆北半部的自然综合体，在全世界享有天然的“自然博物馆”之美誉……
总而言之，长白山自然保护区是我们人类生存的这个地球北半球同纬度带上，动植物资源最为丰富的地域之一，是北温带难得的物种基因库和天然博物馆，长白山植被垂直景观及火山地貌景观已经被确定为“中国首批国家自然遗产地”。
长白山自然保护区的建立，在全球生物多样性保护方面具有极其重要的意义。为更好地对长白山自然保护区进行现代化的科学管理，根据长白山保护开发管理的需要，对不同区域于已经采取了不同措施，侧重点和侧重面也均有所不同，保护区规划部门将长白山自然保护区划分成三个区域：分别是规划指导区、规划管理区和自然保护区。
规划指导区，是根据吉林省规定，为实现长白山的生态环境保护需要进行规划指导的区域。规划指导区包括自然保护区196465公顷，和龙林业局面积170489公顷，白河林业局面积190470公顷，露水河林业局面积121295公顷，泉阳林业局面积106287公顷，松江河林业局面积158568公顷，临江林业局面积171549公顷，长白县林业局面积140699公顷，长白森林经营局面积92056公顷。总面积约13478.78平方公里，实施协调管理。规划指导区划定的目的就是为了有效保护长白山的生态环境，因此，在规划指导区内的人类活动，必须与保护长白山的生态环境目标相一致，从而实现长白山区域生态环境的良性发展。
而规划管理区则是根据有关文件规定，包括自然保护区、环长白山旅游公路以内及外侧1公里；规划三坡旅游环路以内及外侧1公里；规划指导区内旅游公路两侧各1公里；三坡旅游服务基地、主题功能区和按规划需要统一管理的其他区域，总面积3278平方公里。规划管理区是实施直接管理的区域。
池北经济管理区与池西经济管理区以原安图县和抚松县界线为界，包括原二道白河镇区、和平旅游度假主题功能区、参花健身休闲主题功能区、旅游公路两侧各1000米用地和环长白山旅游公路池北经济管理区段内部及外侧1000米用地。总面积约1162平方公里，其中自然保护区以外用地面积约292平方公里。
池西经济管理区与池北经济管理区以原抚松县和原安图县界线为界，与池南经济管理区以原东岗镇和原漫江镇界线为界，包括原东岗镇区、卧龙国际会议主题功能区、池西交通枢纽主题功能区、原东岗镇区向东南扩展的30平方公里用地、西坡上行公路和下行公路以内及外侧各1000米用地和环长白山旅游公路池西经济管理区段以内及外侧各1000米用地。总面积约739平方公里，其中自然保护区以外用地面积约473平方公里。
池南经济管理区与池西经济管理区以原漫江镇和原东岗镇界线为界，包括望天鹅冰雪旅游主题功能区、环长白山旅游公路池南经济管理区段以内及外侧各1000米用地以及按规划需要统一管理的区域。总面积约1377平方公里，其中自然保护区以外用地面积约548平方公里。
为了加大对长白山自然保护区的保护力度，培育吉林省生态旅游产业，实现对长白山的统一规划、统一管理、统一保护和统一开发的“四统一”发展战略目标，2006年，吉林省成立了吉林省长白山保护开发管理委员会（以保护区为主）对长白山实施统一管理与保护开发。并对自然保护区因地制宜地进行管理的项目和主要产业有森工、种植、养殖、采集、畜牧、化工、建材及各种加工业。与此同时，还向长白山国家级自然保护区派驻了中国人民武装警察部队（森警）长白山大队与松江河大队和武警边防工作站。此外，还先后设立了中国科学院长白山森林生态系统定位研究站，长白山火山监测站，中国长白山高山冰雪基地等14个单位……
长白山自然保护区自从加入“国际人与生物圈保护区网络”以来，始终坚持积极开展工作。并于1994年8月15日，举办了“第二次东北亚地区国际生物圈保护区研讨会暨长白山生物圈保护区评估会”，来自联合国教科文组织与日本、朝鲜、韩国、蒙古等国家的有关专家、学者参加了会议。1997年7月21日至26日，由中国人与生物圈国家委员会组织的实施《塞维利亚生物圈保护区纲要》研讨会在长白山自然保护区召开，全国12个“国际生物圈保护区网络成员”参加会议。此外，长白山自然保护区还参加了中国生物圈保护区网络于盐城、武夷山、梵净山、锡林郭勒、五大连池召开的二、三、四、五次网络大会，进一步加强了与国内外自然保护区的交流与合作，使长白山自然保护区的知名度日益提高，影响更加广泛。
长白山自然保护区建区50多年来，区内生态建设水平不断提高，特别是长白山管委会成立以后，对长白山旅游景区实行封闭式管理。同时，增加环保车辆400余台；先后实施了长白山松花江大峡谷综合整治、植被恢复工程、饮用水源地污染治理等生态保护项目56项；启动国家一期、二期自然保护区建设项目，实现连续50年无重大森林火灾事故。同时,长白山保护者的工作条件也在不断地得到改善,从依靠“铁脚板、活地图”步行巡护，到建成巡护路325公里，运兵车、指挥车、宣传车、GPS定位系统等现代化巡护装备基本配备齐全；区内保护站从1个发展到了9个，瞭望塔从零起步建设到13座；人员队伍壮大到430余人。
尤其是近20余年来，已有中科院、东北师范大学等100余所科研单位和30余所大专院校来长白山自然保护区区内进行保护式教学实习。现在，在自然保护区周围分布着31个乡镇村屯，居民住户有汉族、朝鲜族，满族、蒙古族、回族等五个民族，总人口达25万余人，区内除家属宿舍住宅区外，再无固定居民区。全区各有关部门通力合作，充分利用广播、电视、图片、标本和实物等对广大职工、区内外群众及游人进行直观的科普宣传教育，从而激发了人们热爱祖国、热爱大自然的情怀，提高了环境保护意识。
2013年9月6日，在第九届中国东北亚博览会上，吉林长白山与台湾阿里山签署了《长白山与阿里山合作交流协议》，成功缔结为“兄弟山”。吉林长白山和台湾阿里山、日月潭合作交流协议签约仪式的成功举行，开创了吉-台两地共同利用双方各具特色的旅游资源的先河，两地以携手发挥区域旅游龙头作用和旅游资源优势，以互动互赢互补为原则，建立了双方积极参与的营销合作、资源共享、互访交流、市场互动等机制，进一步加强了双方在资源保护、旅游管理、产业发展、人才培养和宣传营销等方面的合作，尤其是双方联手在整合旅游资源，加快旅游产品开发和旅游线路推介、旅行社互惠等方面深度合作，对两地旅游市场互动、产品互推、客源互送、信息互通、交流互访，有效促进了两地旅游市场，促进了两地旅游、经贸、文化等各个方面的共同发展。
吉林省的长白山是闻名世界的“生态博物馆”和“物种基因库”，保存着欧亚大陆北半部最具代表性的自然生态系统，是代表吉林文化的标志性符号，是中国北方民族的发祥地和“关东文化”的根基地；台湾省的阿里山是中国宝岛台湾的著名旅游景区，生态资源丰富、自然风光秀美，历史文化悠久、民族风俗多彩，是人们休闲度假的理想去处，歌曲《阿里山的姑娘》更是情牵华夏儿女、唱遍了大江南北。
用台湾省嘉义县观光协会理事长、嘉义县议会副议长张明达先生的话来说，台湾阿里山和吉林长白山都拥有相似的高海拔风景，两地都是游客向往的风景区；长白山与阿里山自然风光、民俗风情虽然不尽相同，但是在生态文明建设、旅游资源开发方面可以相互借鉴、共同推进。两岸联姻共同开展全方位的经济、文化和旅游交流必将进一步实现资源共享、推动互惠共赢，有力提升吉-台两地旅游产业的品牌竞争力，将为两地的旅游产业、文化交流带来良好的发展机遇。
