1955年，郭化若调任南京军区副司令，司令员是大名鼎鼎的战将许世友。

郭化若是儒将，在土地革命和抗日战争时期长期干军事教育工作，解放战争时才到华东前线打仗。相比之下，战斗经验并不算丰富。

自1949年上海战役后，郭化若一直在上海任职，担任职务不少，如华东防空司令部司令兼政委、华东公安部队司令、淞沪警备区司令员兼政治委员等职，确保上海地区的安防问题。

1955年，南京军区成立后，他被调去加强军事领导，负责军事训练工作，这是一项非常重要的分工，在副职中排名非常靠前。

在郭化若的回忆录里对土地革命时期、抗战时期、解放战争，以及在上海的工作经历介绍的非常详细，都是长篇大幅去描述。可在担任军区副司令员后，他只记录两件事，第一件事抓军区干部射击水平，使得下辖部队整体射击水平提升；第二组织领导编写战史工作，而且是几笔带过，似乎有些话想说，却不能说。

他的分工从重到轻，节点在1959年。

当时的背景下反教条主义，不仅仅南京军事学院和训练总监部被推到风口浪尖，其他军事教育学院，以及各大战区分管训练工作的干部，多少都收到一些影响。他也不例外，在1959年工作分工转变，上级调王必成分管军事训练工作。

一般来说，主管军事训练工作的副司令，与司令员应该有密切的配合，但在郭化若的回忆录里，就找不到对方的名字，甚至都没有提到军区主要负责人。

1960年，副参谋长王德转业地方，写到军区有的领导执意把他转地方，他为对方说几句公道话，希望把他留在军队，没被理睬。

这个“有的领导”或许是许司令，因为一锤定音的也只能是他。在王德回忆录记录，他给许司令贴大字报，在会上讲对方的一些不是，弄得下不来台。当然，也给政委提尖锐的意见，相比给司令员的意见，那就是小巫见大巫，说司令狭隘等。

他在编写战史时，提到陈毅、粟裕、谭震林、张云逸、邓子恢等关系和指导，向他们汇报、请示，依然没有提到军区主要负责人。不仅仅是司令，还有政委。

1966年，他说自己被排挤，批判并被安排到合肥“休养”。这个“休养”是带着双引号，也是有所指的，只是没有具体指什么。作为副司令，资格老，谁会批判和排挤他呢，屈指可数，至于因为什么不得而知，也或许是对方一面之词吧。

总之，从到南京军区工作，就觉得不顺手，不痛快。有些话在回忆录“遮遮掩掩”，并没有公开说明。也透露着自己的不公和委屈吧。

1973年，他曾经申诉过自己的苦衷，希望继续工作，得到批准。