经过噶尔丹的双亲的允许，僧侣便把噶尔丹送到了西藏。噶尔丹从小就很聪明，而且对佛教典籍的研究也很深。噶尔丹在20来岁的时候已经去过很多次新疆，并且成为某些地方的最有权势的僧人。

到了这个时候，已经没有人再将他当做老大的小儿子来看待了，所有人都将他当做了一个真正的“活佛”，就连他的舅舅、祖父辈的人，也都争先恐后地跪在他的面前，请求他的抚摸和祝福。但噶尔丹的几个哥哥却各有各的命运，噶尔丹的五哥“僧格”在其父死后接替了准噶尔酋长之职。不过，噶尔丹的几个哥哥都成了自己的部下，拒绝臣服于僧格，于是，他们的部下发生了内讧。

一六七○年，沙迦自相残杀，沙迦的弟弟们也都参加了叛乱，沙迦的第六个弟弟噶尔丹就成了沙迦的救世主。而其他的部落首领，则是被噶尔丹的佛门所吸引，纷纷加入了噶尔丹的麾下，短短数年的时间，噶尔丹的势力就壮大了起来。经过五年多的调兵遣将，噶尔丹终于在一六七六年，平息了三次叛乱。一六八八年，噶尔丹以不敬喀尔喀喇嘛的名义，向喀尔喀部落的酋长们宣战。他带着三万大军，向外喀尔喀部落发动了大规模的进攻。喀尔喀部落被噶尔丹打得一败涂地，噶尔丹的军队分成三股，横扫外蒙，喀尔喀部落的贵族们开始往南部的内蒙古方向逃去，并向清廷求援。

这个时候，噶尔丹还指望着满清能够重蹈大明覆辙，不管蒙古诸族之间的纷争，他还亲自去找了一位前往中俄边境交涉的满清官员。对他说：“这是咱们蒙古族内部的事情，战争不会波及到内陆，还请清政府不要插手。”最终，这些亡命天涯的王公大臣聚集在了内蒙古，他们一致同意向大清投降，成为了大清的附庸，而不是联盟。成为大清王朝的附庸，为大清王朝效力，希望大清王朝能够帮助他们击退噶尔丹。

一六九○年，清国将领“阿喇尼”以为噶尔丹如今已是穷途末路，便以贪婪之心，率两万清国军队于“乌儿会”发起对噶尔丹大军的攻击。清军中，虽然有不少菜鸟士兵，但也不是没有伤亡的，更何况，他们还准备了一门火炮，用来轰击驼城。毫无疑问，噶尔丹战死，死伤无数，只剩下了几千人。噶尔丹脸色铁青，迫着众僧众到清军中来讲和。他们只能硬着头皮来到清军营地，向他们求和，并向他们保证，噶尔丹绝不会再得罪皇上，福全将军以为噶尔丹信奉佛祖，他们一定是害怕了，才派他们来求和，这才罢手。不过这些人都是噶尔丹抛弃的，噶尔丹让他们前往清军，自己则是立刻带着剩下的数千人逃离了清军。

一六九六年，康熙陛下为了汲取前次噶尔丹逃脱的经验，命令调集九万大军，分为三个方向，以求一举歼灭噶尔丹。东线九千铁骑来自兴安岭，西线四万六千铁骑来自蒙古，即呼和浩特，宁夏，直取漠北。康熙亲自统帅三万四千名步兵，自河北出发，向克鲁伦河（蒙古国）进发。噶尔丹听说康熙三路大军包围，惶恐不安，但噶尔丹却一针见血，认为康熙亲自率领的这支军队肯定是为了表演。只要让这条路走不到，他就有了一线生机。噶尔丹也是心急如焚，他知道就算自己击败了两个集团军也没有用，而且自己的军队实在是太弱了，根本无法承受这样的损失，唯一的办法就是击溃中间的集团军。如果让自己的军队在半路上筑起一座“驼城”作为自己的防线，那么还能勉强抵挡一下，但是噶尔丹每一次下达命令，自己的军队都会四散奔逃，让自己的军队无法抵挡。

噶尔丹意识到自己的败局已定，便整装出兵，打算趁西路上的清军尚未切断他的退路，返回科布多重做旗鼓。说来也是巧合，西路的军队不知疲倦地先一步抵达了昭莫多，并且严阵以待，噶尔丹孤注一掷，率领剩下的五千人，向西线发起了进攻。

一开始，清军佯装落败，把噶尔丹的余部引到了密林深处，让噶尔丹的弓箭手没有机会施展出自己的长矛。

另外一支清军则乘着这个机会，带着自己的骑兵去包围了噶尔丹军队身后的那些老人和妇女，在一片混乱之中，噶尔丹的老婆也被清兵杀死了。

噶尔丹只有十几个人，在这十几个人的带领下，一路狂奔而去，在这十几个人之中，还在继续招揽其他蒙古头目，最终聚集到了五千多人。

看到噶尔丹如此狼狈，所有人都想要逃跑，在接下来的旅途中，越来越多的人逃跑，噶尔丹绝望了，他也没有办法，只好带领着仅存的几个忠诚的手下，在科布多周围打猎。

一六九七年，一向身体硬朗的噶尔丹突然病倒，卧床不起，众僧侣在帐篷外面诵读祷告，噶尔丹却是一声一声的呢喃。就在这个时候，噶尔丹突然发现自己的面前有一道五颜六色的光芒，他隐约的看见自己的师父，五代大喇嘛，驾祥云而来。一位野心勃勃的大人物噶尔丹，就这样悄然无声的逝去，而他身边的几位僧人，则是将他的尸体焚毁，送到了自己的家乡。而策妄却把噶尔丹的灰烬，当作与清朝议和的条件，向康熙进贡。一代枭雄，就这么悄无声息的离去了，对于噶尔丹来说，他是一个值得尊敬的人物，他的战斗风格，给后人带来了无数的故事和启发。