然而，这仅是整体事件的一个片段。两个更为关键的信息点值得关注：一方面，日军残余的航空兵力被派遣至乌利西环礁与霍兰迪亚的洪堡湾执行侦察任务；另一方面，洪堡湾此时已不见美军踪迹。日军在侦察过程中，未能发现美军入侵舰队，也未察觉到莱特湾正在进行的登陆行动。直至10月17日清晨，美军在轻巡洋舰“丹佛”号的火力支援下成功登陆苏禄安岛，日军才意识到美军的逼近。

事实上，日军已对美军的战略意图有所警觉，并准确识别出美军在莱特岛的进攻目标。但在各特遣舰队奔赴莱特岛进行反击的关键时刻，美军亦洞察到日军的盲点与误判：日军沉浸在击溃美军航母的虚幻胜利之中。尽管日军内部有清醒者可能对官方声明产生疑虑，但部署于菲律宾的大部分陆军与海军官兵仍对即将到来的危机一无所知。

这些清醒的日军个体，对于迟到的美军舰艇报告，存在两种解读：一是认为这是最后一支在风暴中幸存的美军舰队残部，在战败后寻求庇护；二是认为美军在遭受重创后，仍决心对菲律宾发动进攻。若后者为真，则日军将迎来发动致命反击的绝佳契机。无论日军如何筹划，在战略与战术层面，日军对美军的突然到来表示震惊，并显得措手不及。以往，日军未曾利用潜艇对美军锚地进行侦察，也未在美军可能航行的线路上设置警戒线以监视其动态。但是，10月17日发生的一系列事件并未改变日军的既定作战目标。在苏禄安岛上，一支由32人组成的日军支队驻扎于灯塔与据点之中。在遭受攻击后，该支队迅速向上级指挥部发出电报，谎称其遭到了由2艘战列舰、2艘航母及6艘驱逐舰组成的庞大美军舰队的攻击。此种夸大其词的行为，似乎成为了日军在困境中寻求心理慰藉的一种手段。就实际参与行动的兵力而言，仅有2艘轻巡洋舰、4艘驱逐舰及8艘高速运输舰投入了战斗。并非所有日军均表现出慌乱，执行莱特湾侦察任务的飞机反馈的信息显示，并未发现美军战列舰的任何踪迹。由于天气恶劣，风暴强劲，日军完全无法准确追踪美军部队的动向。对于日本海军而言，此阶段的侦察行动毫无收获，是一个不利的开端。尽管如此，仍有不少海军高层官员抱有希望，认为通过一场“决战”能够扭转过去两年的不利局势。此前，在讨论日军宣称战斗胜利时提及了“五件值得一提的事”，但当时仅详细阐述了其中三件。现在，将就剩下的两件事为这段讨论做出圆满的总结。这一安排并非事后才发现遗漏，而是经过深思熟虑后的特意安排。第四件值得一提的事，源于小泽治三郎的建议。鉴于10月17日航母编队所遭受的重大损失，小泽治三郎提议对捷号作战计划进行修订，最终确定了日军的作战方案。该建议的提出，是基于第三和第四航空战队，即“瑞鹤”号、“千岁”号、“千代田”号、“瑞凤”号以及“隼鹰”号、“龙凤”号航空母舰的实际情况。航空战列舰“日向”号与“伊势”号在历次战役中遭受重创，其战斗力大幅削弱。原本计划投入的300架战机已折损过半，剩余数量难以支撑起一个完整的第三航空战队。同时，第四航空战队的作战单位亦因性能不佳，已不适合执行前线任务，且其舰载航空兵的实际参战人数已不再被纳入统计范畴。“隼鹰”号航空母舰在菲律宾海海战中受损，自1944年6月至9月期间一直在进行修复工作。而“龙凤”号虽同样参与了该战役，但因其飞行甲板面积有限，更多时间被用于在日本近海进行军事训练，几乎成为其主要任务。因此，这两艘航母实际上被日本海军改作运输舰使用，其中“龙凤”号还负责搭载舰载机。10月25日，“隼鹰”号从佐世保出发，目的地为东番岛；而10月30日，另一艘舰艇自新加坡启程，穿越文莱湾，向马尼拉前进。在此期间，“日向”号与“伊势”号因日本海军对舰载航空兵力量的重新评估而暂留原地。但是，在航母建造的关键时期，这两艘航空战列舰仍具有不可替代的战略地位，并被赋予支援小泽治三郎航母编队的重要使命。

回顾至10月17日，日军高层经慎重考虑后，向四艘在役航空母舰及“日向”号、“伊势”号发出指令，要求其前往日本内海德山进行燃油补给。补给完成后，这些航母继续向大分空军基地进发。尽管航母上已装载舰载机，但鉴于飞行员技术水平等因素，这些飞机并未立即部署至航母上。至于航母编队能否协同执行多项任务，仍需进一步评估。截至10月20日，飞机装载作业已圆满落幕。共计52架战斗机、28架战斗轰炸机、29架鱼雷轰炸机及7架俯冲轰炸机均已被安全吊装至航空母舰之上。此外，还有两架紫云式水上侦察机被部署于轻巡洋舰“大淀”号，与前述116架飞机共同编队航行。依据上述数据，可清晰计算出航母编队的战机承载量：“瑞鹤”号航母能搭载72架战机，“瑞凤”号则为27架。另外两艘航母的搭载能力亦接近30架。加之“瑞鹤”号和“瑞凤”号分别预留的12架和3架战机作为预备力量，四艘航母在理论上可装载174架战机，其中159架可直接投入战斗。可是，实际情况并非如此乐观。整个航母编队仅装载了约四分之三的战机数量，而轻型航空母舰的装载量更是仅达到满载的一半左右。鉴于此，小泽治三郎于10月17日提议对当前海军作战方案进行重新规划。他着重指出三点：首先，日军原计划通过诱敌舰队将美军航母编队从菲律宾调离的策略，其有效性需重新评估。面对日军的航母舰载机攻势，现有防御力量显得捉襟见肘。一旦航空兵受损，原先为航母编队设定的任务将无法继续，这将导致在北方海域活动的游击部队失去战略价值。针对此情况，小泽治三郎提出一项策略：让航母编队担任诱敌角色，作出必要的牺牲，而无需参与此任务的舰艇则脱离原有舰队，加入南方部队以增强该区域的力量。在整个战争期间，“日向”号和“伊势”号实际上充当着备选角色，随时准备填补战力空缺。日方在决定将这两艘战舰纳入小泽治三郎舰队的同时，亦指令志摩清英率领包含3艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰及数艘驱逐舰的舰队南下。值得注意的是，日军并未规划让这些舰队与其他部队协同作战，尽管理论上他们应保持一致行动。另外，由于航母作战任务的变更，原拟定穿越米沙鄢群岛、攻击莱特岛与萨马岛附近美军航母编队的打击舰队，将无法获得航母编队的直接或间接增援。这一决策直接导致了两个部队间的协同作战被取消，它们在相距约4000英里的两个战场上各自独立作战。同时，作战计划的变化导致打击舰队在机动和接敌过程中，仅能依赖陆基航空兵提供空中支援的关键点易被忽视。当10月18日联合舰队司令部正式下达实施捷一号作战的命令时，原计划的陆基航空兵支援并未到位。事实上，10月17日，第一航空舰队在菲律宾的战机数量已骤减至98架，至10月20日更是减少至不足40架。因此，实际上并未有陆基航空兵为日方打击舰队提供支援。但从后续战事发展及日方打击舰队穿越米沙鄢群岛发出的信号来看，他们似乎并未意识到这一点。关于栗田健男司令部是否知晓缺少陆基航空兵支援的情况，难以确切判断。战局的频繁变动不仅影响了日军的作战策略，还引发了一系列连锁反应，而海军作战计划的新构想中，最后一个环节与此紧密相关：日军在莱特湾的所有军事行动，均源于陆基航空兵与舰载航空兵的毁灭性损失。菲律宾海海战后，日军海军内部兴起了一股新思潮，即由传统的进攻方式转向推崇“特攻”战术。该战术的首次有意运用发生在10月15日下午，由海军少将有马正文亲自指挥。显然，这是由于日军已意识到过去五天内，其航空力量遭受了重大损失。美军航母编队目前保持完好无损的状态。从理论上而言，此次“特攻”行动具备在30秒内摧毁并致使一艘航母沉没的可能性。

遗憾的是，日军的“特攻”战斗机始终未能成功突破美军的空中巡逻防御体系。鉴于常规战术手段的乏力，日军似乎将“神风”敢死队视作扭转战局的最后手段。但实质上，这更多反映了指挥官们未能正视自身所处绝望境地的现实。双方之间的实力对比极为悬殊。具体而言，10月18日，日军在菲律宾的编队仅派遣了17架次战机以对抗莱特湾的美军舰艇编队，而同期美军则投入了685架战机参与进攻行动，且这一数字仅代表进攻行动的规模。