苏联解体后，俄罗斯与波罗的海三国均不同程度地存在着领土之争。但总体来看，双方并没有因此在这些争议地区发生摩擦，双方政府在领土问题上仍保持着克制态度，坚持通过谈判解决这一历史遗留问题。通过国家间的磋商和谈判，俄罗斯与拉脱维亚、立陶宛已成功签约划界，与爱沙尼亚之间的领土问题有待进一步解决。
1.与拉脱维亚边界问题
苏联解体后，拉脱维亚与俄罗斯在边界问题上的分歧，主要集中在俄罗斯普斯科夫州佩塔洛沃地区（拉方称阿布列涅)的归属问题上。根据1920年签署的《里加和约》，佩塔洛沃地区划入拉脱维亚版图。后来，拉脱维亚将佩塔洛沃改名为阿布列涅。
俄立两国边界的划定过程较俄罗斯同拉脱维亚和爱沙尼亚的划界过程要平缓得多。1940年，拉脱维亚成为苏联的加盟共和国之一。四年之后，苏联颁布法令，宣布在俄罗斯联邦共和国内成立普斯科夫州，阿布列涅划归普斯科夫州并恢复其历史名称佩塔洛沃。
苏联解体后，俄罗斯与拉脱维亚在佩塔洛沃地区的归属问题上争执不休。拉脱维亚当局认为，1920年的《里加条约》即使是在拉脱维亚加入苏联之后仍具有法律效力。因此，拉脱维亚与俄罗斯的边界应根据上述和约的有关内容来划分。俄罗斯政府认为，随着拉脱维亚1940年加入苏联，1920年的和约就已经失效。因此，拉脱维亚是在向俄罗斯提出“领土要求”。
1992年1月22日，拉脱维亚议会通过《关于不承认俄对阿布列涅市和阿布列涅县6个乡被兼并的决定》，坚持1920年与苏俄签订的条约所规定的边界。俄罗斯对此作出强烈反应，俄罗斯国家杜马于3月11日对此发表声明说，无论从历史角度还是从法律角度，拉脱维亚对俄罗斯的“领土要求”都是没有根据的。拉脱维亚议会的决定违背了俄罗斯和拉脱维亚国家关系准则的条约。这一决定企图从政治上破坏两国间关系，破坏欧洲现有边界不可侵犯的原则。
1992年4月12日，拉脱维亚议长戈尔布诺夫在接受莫斯科电视台采访时，又一次强调拉脱维亚与俄罗斯的领土分歧问题。他说，拉脱维亚和俄罗斯的边界是根据1920年《里加条约》划定的，在1940年时被俄单方面修改过，有几个乡镇被划归俄罗斯。4月17日，拉脱维亚国家出版社出版并出售的拉脱维亚地图把俄罗斯普斯科夫州的佩塔洛沃标为拉脱维亚领土。俄罗斯官方就此发表声明说，拉脱维亚修改地图的做法是绝对没有根据的，是破坏俄罗斯领土完整的一种行为。俄罗斯政府对此予以坚决抵制。
1997年8月7日，俄罗斯与拉脱维亚草签了一个边界条约，并计划于2005年5月10日正式签订边界条约。但在4月26日，拉脱维亚政府单方面发表条约附加声明，称拉脱维亚现行宪法是以1922年2月15日通过的《拉脱维亚共和国宪法》为蓝本并在恢复独立后重新颁布的。宪法规定，拉脱维亚边界根据《里加条约》来划定，表示对阿布列涅归属问题保留异议。俄方随即发表声明称，《里加条约》随着1940年8月5日拉脱维亚并入苏联已失去了法律意义。俄方还指出，按照1975年8月1日《欧洲安全与合作会议最后文件》，欧洲各国边界根据第二次世界大战结束时的边界状况自然划分。俄罗斯与拉脱维亚在边界条约问题中的立场分歧严重，双方一直僵持不下。
到了2007年，形势大为改观。2007年伊始，拉脱维亚当局似乎准备作出让步，主动放弃间接提出争议领土归属的单方面声明，尽快签署拉俄边界条约。1月10日，拉脱维亚总理卡尔维季斯在接受国家电视台采访时宣布：“拉脱维亚民主延续性问题可以通过其他方式解决，完全不必写入与俄罗斯的边界条约。”
拉脱维亚政治评论家认为，这一声明意味着拉政府准备尽快签署让俄罗斯满意的边界条约。2月8日，拉脱维亚议会通过了授权政府代表拉脱维亚签署拉俄边界条约的法案，该法案放弃了对佩塔洛沃归属问题的异议。随后，拉脱维亚总统签字批准该法案，并授权拉脱维亚总理同俄罗斯方面签署该条约。3月27日，俄罗斯和拉脱维亚两国总理在莫斯科签署了边界条约。条约明确规定，普斯科夫州佩塔洛沃地区是俄罗斯联邦的组成部分。随后该条约分别获得俄罗斯国家杜马和拉脱维亚议会批准，从而解决了俄拉两国关系中一个久拖不决的重大问题。欧盟和北约分别发表声明，对拉脱维亚与俄罗斯签署边界条约表示欢迎。12月18日，俄罗斯与拉脱维亚两国外长在里加交换了有关俄拉边界条约的签字文本，标志着拉俄边界条约的正式生效。
2.与爱沙尼亚边界问题
爱沙尼亚与俄罗斯山水相依，互为邻居。自爱沙尼亚宣布独立以来，爱沙尼亚与俄罗斯政府一直就两国间部分领土归属问题争论不止，虽经多次磋商，但爱俄边界问题一直拖而未决。爱沙尼亚与俄罗斯在下列地区存在领土分歧：
其一，纳尔瓦河东岸的领土即列宁格勒州纳尔瓦区，面积为800平方公里，1944年被并入列宁格勒州；
其二，普斯科夫州的伯朝拉地区，面积为1500平方公里，1944年成为普斯科夫州的一部分。爱沙尼亚政府认为，根据1920年2月2日爱沙尼亚与苏俄政府签订的《塔尔图和约》，上述分歧地区应属爱沙尼亚领土。
俄罗斯当局则认为：其一，随着1940年爱沙尼亚加入苏联，1920年的和约就已经失去法律效力了：其二，根据第二次世界大战后苏联各个共和国的行政区划，这部分领土应归俄罗斯所有，不应改变已定边界；其三，在1992年1月俄罗斯同爱沙尼亚签署的国家间关系基础条约中已明确指出：“根据欧洲安全与合作会议的原则协议，双方互相尊重领土完整”。
1992年，爱沙尼亚和俄罗斯就为解决两国领土问题进行了初步尝试。在谈判中，俄爱双方起初商定，两国边界应按照苏联时期各共和国间的行政边界进行划分。但稍晚，由于受到各种政治因素的影响，俄爱两国关于边界的谈判陷入僵局。俄罗斯要求解决讲俄语的居民的权利问题。爱沙尼亚政府则根据1920年《塔尔图和约》向俄罗斯提出领土要求，还把《塔尔图和约》的有关内容写进了本国1992年宪法。
爱沙尼亚当局给在俄爱边界地区的本国居民签发了数千个护照。俄罗斯怀疑其目的是要在该地区建立一个爱沙尼亚人的中坚力量，为召集人民投票表决并因此兼并这块领土奠定法律依据。俄罗斯当局认为，爱沙尼亚的边界要求对俄罗斯不公平，爱沙尼亚绘制出的地图表明一些俄罗斯的领土在爱沙尼亚的管辖之内。俄罗斯与爱沙尼亚之间的边界问题变得日益复杂。
1994年6月21日，俄罗斯总统叶利钦签署单方面标定俄罗斯与爱沙尼亚边界的命令。而爱沙尼亚竭力向欧洲安全合作组织提出这个问题，但没有引起其他国家对此的特别关注。因此，爱沙尼亚的绝大多数政党已经开始倾向于在边界问题上向俄罗斯妥协。
1994年底，爱沙尼亚总理塔兰德表示，如果俄罗斯至少承认《塔尔图和约》是两国间关系的基础的话，爱沙尼亚准备就边界问题作出让步。1995年4月1日，爱沙尼亚新政府提出通过谈判解决边界领土的建议和主张，主要一点是仍坚持以1920年爱俄《塔尔图和约》为依据。
1995年10月，俄爱两国代表在普斯科夫举行了会谈。在会谈纪要中确认了纳尔瓦河口为两国海域分界线的起点，这为俄爱双方确定海上边界创造了条件。1995年11月，俄爱双方达成关于直接穿行边界线的原则性协议。1996年1月，爱沙尼亚正式取消根据1920年和约所提出的要求。自此，俄罗斯和爱沙尼亚两国开始进行勘界和绘图等工作，边界谈判中的大部分分歧消除，但未签订边界条约。
但1996年7月22日，爱沙尼亚总统梅里在同德国《世界报》记者谈话时，仍强调爱沙尼亚坚持《塔尔图和约》的立场。他说，爱沙尼亚作为一个小国，只有以国际法为依据才能立国。1920年的《塔尔图和约》是爱沙尼亚国家地位的基石。爱沙尼亚当时捍卫了自己的自决权，缔结了符合爱沙尼亚建立自己国家愿望的和约。现今，爱沙尼亚的一切建设都是以这一和约为依托的。
目前，1920年《塔尔图和约》的有效性问题乃是爱俄领土问题的核心问题。1999年，爱沙尼亚与俄罗斯政府就两国边界条约“商定了初步协议”。
2005年1月，爱沙尼亚政府重申准备签署该协议。俄方起初建议在5月10日庆祝反法西斯胜利60周年活动之际签字，但后来改在5月举行。5月18日，俄罗斯和爱沙尼亚两国外长在莫斯科签署了“俄罗斯与爱沙尼亚边界条约和俄罗斯与爱沙尼亚划分纳尔瓦湾和芬兰湾海域条约”。6月20日和22日，爱沙尼亚议会和总统分别批准和签署了这一条约。但6月27日，俄罗斯外交部“指责爱沙尼亚议会在批准俄爱边界条约的法案中增加了‘苏联对国家的占领’等内容，宣布拒绝接受爱沙尼亚单方面对条约的修改，同时也不将这一有附加内容的条约提交俄国家杜马审议。俄罗斯当局认为，包括爱沙尼亚、拉脱维亚和立陶宛在内的波罗的海三国当年是自愿加入苏联的”。
爱沙尼亚政府坚持要在同俄罗斯签署的边界条约中附加声明，提及1920年的《塔尔图和约》，该和约规定现属俄罗斯领土的普斯科夫州和列宁格勒州的一些地区并入爱沙尼亚版图。《俄罗斯报》称，如果爱沙尼亚最终想与俄罗斯划定两国边界，就必须与俄方重新举行谈判，并起草新的边界条约。俄罗斯媒体指出，爱沙尼亚加紧反俄，限制俄文学校学生，将来会对领土问题提出过分要求。
2006年1月20日，爱沙尼亚驻俄罗斯大使馆新闻秘书表示，我们不会重新开始和莫斯科的谈判，因为国家议会已经批准了边界条约。2007年4月底，爱沙尼亚搬迁苏军解放塔林纪念碑的行动又给爱俄关系的发展蒙上了阴影。
至今，俄罗斯与爱沙尼亚的边界条约对话也未能取得令人满意的结果，后者不准备放弃边界条约中提及《塔尔图和约》的前言，以此间接提出领土要求和苏联侵略问题。俄罗斯当局认为，双方近期签署边界条约的可能性不大。至此，俄罗斯与爱沙尼亚两国边界问题仍未有定论。
3.与立陶宛边界问题
俄罗斯与立陶宛之间也存在领土问题，集中在维什特涅茨湖、涅曼河（内穆纳斯河）三角洲和加里宁格勒州的海上划界方面。俄立两国进行了长达三年的谈判，剩下未调整的边界是“维季季湖、尼亚穆纳斯河及库尔斯沙嘴礁湖地带”。双方争论的焦点就是维季季湖39公顷水域问题，俄方想平均划分该湖泊，建议按立陶宛沿岸划界，立陶宛政府坚持要得到这片在第二次世界大战前就属于本国的水域。值得一提的是，苏联解体后的加里宁格勒州成为了俄罗斯联邦的一块飞地。这块飞地与苏联加盟共和国中最早独立出来的国家之一——立陶宛有着303公里的共同边界。
立陶宛宣布，从历史上说这块地方应该属于它。俄罗斯则称，决不放弃这个地区。1997年10月24日，俄立两国签署了《双边边界条约及划分波罗的海经济专属区和大陆架条约》。
1999年10月19日，立陶宛议会批准了这个条约，而俄罗斯国家杜马却迟迟未批准该条约。很多研究者和政治家们将俄罗斯延迟批准该条约的时间与波罗的海国家欲加入欧盟、北约联系起来。
对于俄罗斯而言，俄立关系的稳定对俄罗斯具有很大的意义。因为立陶宛既是俄罗斯通向欧洲国家的一个重要渠道，又是俄罗斯军事人员和军用物资运往加里宁格勒州的运输走廊，并且立陶宛对加里宁格勒州的俄罗斯公民实行免签证制度。俄罗斯希望通过发展同立陶宛的关系来长期确保加里宁格勒州的过境通道。若立陶宛加入欧盟，则俄立边界就成了俄与欧盟的边界。
而按照欧盟《申根协定》，俄罗斯人必须持有过境签证才能进入欧盟成员国的领土。也就是说，俄罗斯居民要穿越波兰或立陶宛前往加里宁格勒，必须办理过境签证，这对俄罗斯显然不利。立陶宛则希望通过俄立关系的改善，使俄国家杜马尽快批准此前签订的两国边界条约，以尽快加入北约和欧盟，因为加入欧盟、北约的一个重要条件就是与邻国没有边界纠纷。俄罗斯、立陶宛与欧盟之间就加里宁格勒问题进行了长时间的磋商与谈判，终于在2003年4月18日“就俄公民在立过境问题达成了协议”。
协议规定，往返于俄罗斯主要领土和加里宁格勒州之间的俄罗斯公民乘火车过境立陶宛领土时，只需办理简单的过境证和乘车证。同时，欧盟也向立陶宛拨款1200万欧元，专门用于实施新过境办法所需的各项开支。2003年是俄罗斯与立陶宛两国关系最好的一年，两国政府先后批准了之前两国签订的边界条约。
2005年，俄罗斯和立陶宛建立了边界委员会。该委员会的职责是，根据1997年双方签订的边界条约解决俄立边界在哪里划分和怎样进行划分的问题，并负责制定俄立边界划线意向书和一系列相关文件等。
2005年底，俄罗斯、瑞典、立陶宛三国在立陶宛首都维尔纽斯签署了关于在波罗的海的经济特区连接点与三国大陆架交界地的政府间协议。俄罗斯外交部称，该条约加上1997年俄罗斯与立陶宛签订的边界条约，意味着“俄罗斯-立陶宛的国家边界在地图上有了标记”。至此，俄罗斯与立陶宛两国之间的边界终于确定下来。
加里宁格勒问题也引起了德国和波罗的海国家的广泛关注。苏联解体后，加里宁格勒成为一块飞地。一些德国政治家认为该地区可建立德国自治区，以阻止进一步从俄罗斯移民到德国。德国的一些极端主义集团甚至要求俄罗斯归还这个地区。尽管德国官方并不支持这些建议，但这已引起莫斯科的紧张。波罗的海三国和波兰十分关注加里宁格勒的俄罗斯军事力量。波罗的海国家和波兰反复提议该地区非军事化，三国议会机构曾在1994年11月提议使该地区非军事化。
俄罗斯方面认为此举干涉了俄罗斯国家的内部事务。俄方强调，俄罗斯将永远不会和任何一方讨论加里宁格勒地区及其未来地位问题。俄罗斯的政策是促进加里宁格勒和德国以及波罗的海三国之间的经济文化交流，阻止大量德国人移入加里宁格勒这一俄罗斯战略上的重要地区。总之，俄罗斯之所以如此看重加里宁格勒问题，是因为加里宁格勒是俄罗斯在波罗的海地区的一个重要军事前哨，对俄罗斯具有极其重要的战略意义。
