中唐以后，中原与“伊斯兰世界”地缘上的接触一度隔绝，但取道海路的经济、文化交流仍十分频繁，大批阿拉伯海商寄居于东南沿海各口岸，其中娶妻生子，世居中土，乃至入仕为官者不在少数，他们自然也将其宗教信仰引入中国，于其聚居处兴建礼拜寺、公共墓地等，公开进行宗教活动，伊斯兰教遂广为中国士人所知。

秉持“子不语怪力乱神”的态度，主流儒家知识分子对各种外来宗教总体来说兴趣不大，故无意深究其理，而率与佛教等其他外来宗教视为同类。时至元朝，中亚、西亚乃至东欧之色目人随蒙古征服者入中原者多至数十万，而元廷宠信之色目重臣多为穆斯林，故伊斯兰教借其势始盛行于中华。

明王朝建立后，由于迁来中原的中亚穆斯林多以高等民族自居，专恃元廷宠信，屡有骄横跋扈，轻辱士人之举，以致汉族士大夫阶层对伊斯兰教之观感于隔膜外更添敌意，故而明政府有意对蒙古、色目等前统治民族加以限制，广大穆斯林为免于祸患，亦“多隐灭其为外侨之痕迹。其子孙虽繁殖日众，然除信仰之不同外，一切均已与中国之非教徒无异。”

在对外政策方面，明朝则继承了元朝的传统，与中亚的各个伊斯兰政权一直维持着官方往来，在明初时还与当时的中亚霸主帖木儿帝国有过一段相互间频繁遣使互访的历史。

在明朝的官方记载中，这种往来无一例外被描述成藩属国的朝贡，但对方显然并不是如此认为，明帝心中可能也很清楚他的权威远不能影响到中亚腹地。

无论如何，这些交往并没有对中亚局势产生什么实质性的影响，明王朝无力也无意干预中亚”伊斯兰世界”，甚至连反对吐鲁番政权侵占其保护下的哈密都缺乏决心，以致最终为其所并。

而中亚的征服者帖木儿大帝虽有入侵明朝的计划，却在远征的初始阶段病逝，其继承人随之恢复了与明朝的友好局面。明朝后期，来自北方蒙古各部和东北满洲女真的威胁日益严重，明政府更无心发展与中亚国家的关系，然而此时”伊斯兰世界”却通过民间交往的渠道深刻地影响了中国社会。

以胡登洲为代表的一批曾赴西亚游学、前往麦加朝圣的中国回民学者，发起了以提倡寺院教育为主要内容的宗教复兴运动，使得“明末清初以后，回民的传统教育内容与清真寺的社会功能获得了密切结合”，在明朝一度受到压抑的伊斯兰教又活跃起来。

换言之，已纯粹为一中国人之回教徒，在各种宗教之仪式上，均显然与一般之中国人不同。此种由宗教信仰与仪式之差异促使回教徒与非教徒之隔膜，是为造成清代历次回汉冲突之祸根。”

与内地的伊斯兰教始终不能摆脱被边缘化的命运形成鲜明对照的是，在西域，自从喀喇汗朝统治者于公元十世纪皈依了伊斯兰教，便以“圣战“为号召大肆向东扩张，于公元十一世纪攻灭了信奉佛教的于阗王朝，与同样信奉佛教的高昌回鹘展开长期战争，每到一处均以武力强迫当地人民改宗，使其征服活动同时也成为伊斯兰教的“武力传教”过程。

十二世纪，分裂成东西两部的喀喇汗朝被西辽王朝的创立者耶律大石征服，西辽奉行宗教信仰自由政策，摩尼教、景教、佛教等此前被伊斯兰教压制的宗教又重新活跃起来。西辽末年，蒙古贵族屈出律攫取了统治权之后一度残酷迫害穆斯林，但很快就被成吉思汗消灭。

在蒙古帝国对中亚、西亚广大地区进行统治的初期，为了笼络众多被征服民族的民众，一般并不干涉宗教信仰，然而随着蒙古帝国的分裂，各个汗国的统治者出于政治需要，逐渐在宗教上都各有所归。

十四世纪，统治回疆地区的东察合台汗国秃黑鲁.帖木尔汗皈依伊斯兰教，不久便再次向佛教徒等“异教徒”举起屠刀，终于将早在伊斯兰教诞生前数百年就已经传播、发展于西域地区的佛教文化彻底毁灭，当时大规模屠杀和破坏的痕迹至今在回疆地区仍历历在目。

秃黑鲁.帖木尔汗的继任者继续推行其残暴的宗教政策，如在其孙马哈麻汗时期。伊斯兰教就这样在无数“异教徒”的尸骸之上终于确立了其自身在包括回疆在内的中亚地区的独尊地位，并一直维持到1759年清朝统一回疆，消灭大小和卓神权政权。