1955年，防空部队改编为防空军，作为五大军种之一。

作为防空部队司令员的周士第，却没有担任防空军司令，而是改为杨成武兼任。至于他为何被调离，上级对他有新工作安排，调去训练总监部副部长兼军外训练部部长。

在当时，八大总部与五大军种，以及兵种、大军区等都是大军区正职单位。

如果作为防空军司令，他是举足轻重的地位；如果作为训练总监部副部长，只是6位副部长中的一位。从重要程度来说，不言而喻。

上级为何调他离开防空军呢？

因为身体原因吗？抗战后期，他就因为身体长期休养，肺结核并不是很好医治的病情，从1944年到1946年6月，前后2年时间。如果不是他再三要求到前线，或许错过解放战争。

解放后，身体依然不好，也是一边治疗一边工作。1959年，因身体不适不得不离开领导岗位。

另一个原因，或许防空军不仅拱卫国家领土，北京军区司令杨成武兼任或许可以更好调动力量，协同军区一起拱卫京师。在当时，一个副总长兼大军区司令，还兼任军种司令，是极为少见的任职现象，而且是实权。

周士第到训练总监部任职，部长叶帅兼任，下辖6位副部长都是上将。随着军队精简改革，1958年训练总监部撤销，6位副部长分别调去其他单位。他因身体原因，没有给安排新职务，休养3年多后，在1962年到中央监委任委员。

相比其他上将来说，他在解放后工作时间不长，主要是年龄大，身体不好。相比大多数上将来说，他比最小的上将年长16岁。