1851年，洪秀全在广西金田村打响了反清朝战争的第一枪，也由此揭开了太平天国运动的序幕。然而，这场运动不仅仅是一场农民起义，它对清朝的直接打击和间接影响都深远得多，甚至改写了整个清朝的命运。

从1840年代到1860年代，太平天国运动爆发并席卷中国南方，在江浙、福建等地引起了社会的巨大动荡。然而，这一运动给清朝带来的影响不仅仅是表面的对战，更深刻的是它对清朝政治、经济和军事根基的猛烈冲击。在那时，满清传统军队的战斗力大幅度减弱，太平军两次攻破清军江北大营、两次攻破清军江南大营，摧毁了清朝最为精锐的部队，使得华东和中南地区再无听命于清朝的有效军队。由此，清朝不得不把主要希望寄托于汉族团练武装湘军、淮军等，这成为清朝军事力量结构的巨大转变。

不仅如此，太平天国运动的政治宣传也在全社会广泛传播，讨清檄文成为动摇满清统治重要的政治武器。这种文字上的反抗，类似于现代战争中的信息战，通过传播信息来动摇政府。这种宣传动摇了清朝的统治基础，使得满清特权阶级的社会秩序受到前所未有的挑战。太平军占领区的社会秩序彻底颠覆，许多满城在太平军的攻势下消失殆尽，地方署衙也遭到严重破坏。

经济上的冲击同样不可忽视。太平军在战争中长期控制江浙这些富庶地区，使得清朝一度失去了这些重要的财政来源。为了应对战争和巨额赔款，清朝加重了其他地区的税收，加剧了社会矛盾。此外，清廷在财政上不得不允许地方自主筹措军饷和征税，导致中央政府的财政和行政权力被迫下放，这一政策最终使得地方实力派逐渐壮大。

地方性武装力量的崛起是太平天国运动的另一个重要后果。咸丰年间，清廷为了对抗太平天国，不得不放松对地方的控制，允许地方办团练武装，形成了如湘军、淮军、楚军等汉族地主士绅为首的地方武装。这些地方团练虽然名义上隶属于清政府，但事实上，地方政府不出钱、不出武器，军器粮饷都需地方自筹。如此一来，地方汉族地主士绅借此拥有了属于自己的军队，成为了地方武装的头目。

这种情况直接导致了湘军、淮军、楚军等地方武装力量的崛起，例如著名的曾国藩、李鸿章、左宗棠等人的军队。这些力量在镇压太平天国的过程中发挥了巨大的主要作用，但也使得清廷对地方的掌控变得越来越弱。随着镇压太平天国的结束，这些地方武装难以完全解散，满清掌控国家机器的能力进一步削弱，必须通过封官许愿、拉拢汉族大员来维持政局，最终导致地方督抚势力越来越大。

这一点在清末的“东南互保”事件中也有体现。1900年，当八国联军入侵我国并攻陷北京时，全国上下弥漫着恐慌气氛。两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章等地方大员，联合起来与其他国家秘密签订了《东南保护约款》，明确表示不与外国为敌，保证东南地区的稳定。这次事件标志着地方督抚势力已经开始公然对抗清政府，国家政权逐步分裂。