完美云绘图，科研云助手。小编将继续为大家介绍GSEA富集分析的使用说明。

传统的富集分析只能定位到功能，而不能考虑到基因表达量的变化趋势，GSEA充分考虑了来自两组样品的全基因表达谱的数据，通过使用合适的度量手段，基于基因表达和组别之间的相关性来对基因进行排序。

本期也是干货满满，赶紧收藏起来~

工具使用简介

步骤一：检索小工具

1、登录元莘生物云平台官网：http://cloud.origin-gene.com/（推荐谷歌浏览器打开链接），检索GSEA富集分析。

（云工具界面）

2、点击对应小工具进入工具分析界面。分析界面内容如下图所示，左边是参数设置，可以上传文件，设置参数基础参数；右边是任务结果和查看帮助界面，任务结果区域用于展示生成的结果图，点击查看帮助，弹出帮助说明界面，初次使用建议先仔细阅读帮助文档。

（GSEA富集分析界面）

步骤二：输入文件准备

1、根据设置的参数，准备对应的输入文件。可根据帮助文档中的输入文件说明或示例文件格式进行准备。文件要求如下图所示：基因表达倍数表、基因注释文件和基因集描述文件，txt文档格式。

2、文件准备好之后，接下来是上传文件。云平台提供两种上传文件方式，一种是从“文件中心”上传，另一种是通过“云工具参数-选择文件”上传。在这里，我们选择通过“文件中心”上传文件进行演示。具体操作步骤如下：1、点击文件中心，找到个人文件夹；2、在个人文件夹目录下点击新建文件夹，弹出“输入文件夹名称”（注意，这里的文件名只包含数字、字母、下划线），然后点击提交即可。另一个需要注意的是，这里不能直接选择新建文件夹。

3、继上一步新建文件夹后，开始上传文件。具体操作如下：点击文件夹→点击上传文件→选择对应的文件→点击开始上传即可。

步骤三：使用小工具

1、首先输入任务名（编辑便于自己查找的任务名，例如20240118-GSEA富集分析），然后上传数据文件。具体操作如下：点击“选择文件”，找到对应的文件夹，从文件夹中选择对应的数据文件（不同的基因集文件），点击“选择”即上传成功。数据文件上传完成之后，接下来是设置基因集的范围。参数设置完成后，点击提交，界面跳转至“分析中心”，等待运行即可。

（Venn图绘制操作界面）

到这里，我们的小工具运行操作就结束啦，接下来就是等待任务分析结果生成。

那如何查看分析结果？请接着往下看哦~

结果查看

继上一步说到提交后的界面会跳转到“分析中心”。没错，分析中心是任务进度的体现，主要展示了任务名称、工具名称、任务时间、任务状态等信息。其中，点击查看，界面跳转文件中心，小工具分析所产生的所有文件都储存在对应的文件夹中，同时还提供结果下载；状态栏，显示任务完成与否；“眼睛”按钮，点击之后界面跳转到任务结果展示界面，可实时查看任务结果图（这里主要指的是该小工具会产生结果图），并提供两种结果图的下载方式；“删除”按钮，选择是否删除该任务。若您当前参数生成的结果图不满意，还可以在工具名称栏，点击小工具名称，即可重新输入文件、调整参数运行小工具。

结果说明

gsea.plotgsea图pdf格式和png格式

gene_match.stat.txt  gsea匹配基因数统计

gsea.xls   gsea图对应的xls表格文件

注：TermID数据集的id；Description数据集的描述；setSize基因集包含的基因数量；enrichmentScore富集分数；NES标准富集得分；P_value名义P值；P_adjust多重校验后的P值；rank富集分析中基因数；leading_edge关键基因子集的参数（tags表示核心基因占该通路基因集的百分比、list表示核心基因占所有基因的百分比、signal将前两项统计值结合在一起计算出的富集信号强度）；core_enrichment 基因集中富集的核心基因列表。

本期关于Gsea图绘制的分享到这里就结束了，后期我们也会给大家分享更多其他小工具的精彩内容，下期再会~