汉元帝十分器重萧望之，想倚重他并任命为丞相。萧望之学识渊博，性格耿直，曾是汉宣帝指定的辅佐汉元帝的顾命大臣，在朝中地位极高，深受汉元帝倚重。

然而，元帝时期的朝堂并不平静。石显、弘恭等宦官、佞臣与萧望之等大臣之间存在着复杂的政治斗争。石显心胸狭窄，他因萧望之的劝谏而对其怀恨在心。石显陷害萧望之，是从萧望之反对汉元帝宠信石显开始的。汉元帝即位后，十分宠信石显，萧望之认为此举不妥，便上书劝谏汉元帝。石显知道后，便对萧望之怀恨在心，挖空心思地想置萧望之于死地。

石显知道萧望之得罪了很多外戚，其中有一个叫郑朋的人，为了从萧望之这里弄个官做，就上表攻击许、史两家外戚专权，想讨好萧望之。萧望之给了郑朋一个待诏的小官，后来郑朋知道萧望之是个小人，不再提拔他，郑朋也视萧望之为仇人。不久，郑朋投靠了与萧望之不和的史、许两家外戚，并把自己曾经上表攻击他们的事说成是受萧望之指使的，从而使他们仇视萧望之。同时，郑朋还不断找机会结交石显，石显得知此事后，心想这次有机会收拾萧望之了。

于是，石显找来郑朋和一个仇视萧望之的待诏，叫他们向皇帝上书，劾奏萧望之离间皇帝与外戚之间的关系。然后，石显趁着萧望之休假不在，叫郑朋等人上奏章。汉元帝看过奏章后，叫太监弘恭负责处理此事。弘恭是石显的同伙，他询问萧望之，萧望之如实以答，承认了想整治外戚的事实。弘恭、石显向汉元帝上报奏章，诬告萧望之结党营私，企图独揽大权。汉元帝信以为真，批准了奏章。

后来，汉元帝明白过来“谒者召致廷尉”就是逮捕入狱，虽马上释放了萧望之，但为顾及颜面，将错就错罢免了萧望之前将军的职位。汉元帝后悔后，又重新升了萧望之的职位，这让石显等人又恨又闹，一起商议对策。石显下面的一位朋党借萧望之的儿子上书为父申冤来做发挥，他们上书元帝，诬陷萧望之指使儿子跟朝廷对抗。还强调说，萧望之以皇上师傅自居，今又教子上书，归恶皇上，实该重惩。汉元帝再次批准，遂让人去传召萧望之，又派宫中车骑包围萧望之的府第，做出杀气腾腾的假象。萧望之再遭此变，不再申辩，不再抗争，在狱中含恨而死。