同治元年（1862）9月25日，李秀成与李世贤合兵猛攻在天京城下挖壕筑垒的曾国荃湘军，双方旋即展开激战。湘军依靠坚固工事，且加紧在高墙内挖掘一道深壕，待太平军冲至阵前方枪炮齐发，大举反击，重创太平军攻兵，致使太平军死伤惨重，阵前尸积如山，血流成渠，李秀成不惜血本，督军轮番冲击 ，仍无法攻破湘军壕垒。这波猛攻使太平军损失很大，仅9月26日那次进攻，太平军便付出伤亡7、8000人的惨烈代价，而湘军则阵亡30余人，伤200多，损失比集群攻坚的太平军轻微得多。

李秀成、李世贤毕竟人多势众，太平军虽然战损颇重，但依然前仆后继，死战不退。这次攻守战战况异常激烈，曾国荃的吉字大营处境也很悬危 。正如曾国藩在写给友人黄冕的信中所说：

“金陵危险之症，在闰月二十一、二、三日伪忠王初到之时，昼夜围扑，粮路几绝。其次则九月初三、四日伪侍王（李世贤）初到之时，贼之攻扑太猛，官军劳伤过甚，岌岌有不可支之势” 。

曾国荃吉字营官兵死守雨花台大营，虽伤亡不少，但还没到伤筋动骨的地步， 要命的是军中又闹起了瘟疫，致使——

“每新营中此时真能出力者不满八十人，老营不过百六七十人”《湘乡曾氏文献·曾国荃复伯兄（指曾国潢）》。

因疾疫流行，曾国荃军染疫者众多，各营能提枪作战者不足一半，加上粮道被断，作战物资得不到接济，形势岌岌可危。就在兵力捉襟见肘时，王可升、杨新纯等率援军5000余人陆续赶至，还带来了大量粮饷、枪弹，极大地缓解了兵力严重不足的窘况，且具备了重新组织反击的能力。

这样，双方鏖战至10月初，李秀成终于意识到再继续围攻下去只是损耗精锐，且徒劳无功，无补大局，遂于10月4日下令撤围，停止进攻，但仍留部分精兵强将固守秣陵关、六郎桥等要隘，以拱卫、策应天京 。

当年3月，屯兵皖南的鲍超霆军大举东进， 欲与曾国荃军相互配合， 相继攻占了石埭、泾县。5月初又进围宁国府（今宣城 ） ，经反复争夺，剽悍的霆军屡次挫败辅王杨辅清部太平军，终于在6月中旬攻破宁国府城。（铁马冰河wu）鲍超进占宁国府城后，因疾疫肆虐，兵勇、民夫染疫者多达万余人，每日运出城外埋葬的死者达几十人，致使霆军大量减员，无力继续东进，只能据城自守。

闰八月，辅王杨辅清、堵王黄文金、护王陈坤书等部，按照忠王李秀成在苏州军事会议上的部署， 合兵大举反攻金柱关、宁国府城等失地，鲍超督霆军逐次抵抗，却因所部减员严重而屡遭挫败，太平军很快进围宁国府城，并于9月攻夺宁国县城。陈坤书军约有数万之众，在东坝一带的江面上还有数百艘小型战船助攻，水陆俱进，大举反攻金柱关、芜湖等地。

就在霆军不支溃败时，杨载福、彭玉麟率湘军水师大举开至，利用战船火力优势猛轰太平军，在彭、杨指挥下，湘军水陆两军拼死抵御，接连获胜，双方战至9月底，陈坤书等因战损过大，被迫暂时停止进攻。

黄文金等军在10月间虽然仍然在围攻宁国府城，并在河西击败鲍超军，但因宁国守军顽强抵抗，太平军无法破城。 太平军虽然在局部取得小胜，但于李秀成拟定三路进攻之大局，不可能产生大的影响。（铁马冰河wu）李秀成在苏州会议上制定的三路反攻，重点打击曾国荃军的作战计划，虽然给湘军造成了很大压力， 情势也很紧张，正如曾国藩之子曾纪泽所说 :

“金陵官军危迫之时，大人（指其父）昕夕忧勤，见客稀少，人心惶惶，莫能安枕”《湘乡曾氏文献·曾纪泽信札》。

面对兵单势弱、瘟疫流行、伤病满营，曾国荃吉字营将士最终很是坚持了下来，并在南京城下牢牢地站稳了脚跟。毕竟谁都不愿意放弃近在眼前的太平天国老巢天京，谁都不愿意放弃看似唾手可得的泼天富贵......