同治四年（1865 ）九月至十二年，因湘、淮军大肆围追堵截，已经进至山东曹州、定陶一带的捻军赖文光、任柱等分路驰往徐州、济宁、丰县等地，与紧追不舍的张树珊、李昭庆、潘鼎新等部淮军展开激战，连遭挫败后，又合军折回河南 ，一入豫境又遭到驻军归德、周家口的淮军刘铭传、周盛波部的截击。几乎与此同时，久攻南阳而不下的张宗禹，撤围南下新野，旋即进入湖北，攻枣阳而不克，欲北进洛阳又受阻，遂东下与赖文光等会师。随后，捻军又分路经新野、光州、信阳南入湖北。

就在捻军威逼湖北时，驻麻城的湘军成大吉部因闹饷而哗变，赖文光等趁敌内乱迅速进入湖北，索饷不成的湘军叛卒纷纷加入，军势更壮。同治五年（1866）正月间，赖文光、任化帮等督众先破黄陂。二月间，赖文光等又在黄冈阶埠歼灭驻湖北的湘军梁洪胜部， 击毙提督梁洪胜。

几乎与此同时，张宗禹虽然也一度率军进入湖北，但途中遇阻，旋即折回河南，接着往东北方向迂回，在大运河以东的苏、鲁、豫三省交界地区兜圈子，与湘、淮军周旋。赖文光等西入河南后，曾国藩为了加强机动兵力，令湖北绿营派军进扎周家口，将器械精良、训练有素的淮军刘铭传部“铭军”改为游击之师，即用为机动兵力。

赖文光挥军攻克黄陂后不久，尾随而至的刘铭传军即发起攻城，捻军稍事抵抗即主动撤出，掉头北归河南，随后转战于河南、安徽毗邻地区。

清廷见捻军欲图湖北，遂于正月间任命曾国荃为湖北巡抚。曾国荃打南京立下不赏之功，麾下将士也跟着升官发财，他们大多将金帛女子运回老家，准备下半辈子好好享受人生， 因此多数人都不愿重披战袍与捻军厮杀了。（铁马冰河wu）譬如老搭档萧孚泗因抢劫天王府大发横财，他就屡拒曾国荃邀请，说啥也不愿出山征战了。朝廷催促甚急，曾国荃无奈，只得接任，一面裁汰旧勇，一面令彭毓橘等先后招募13000余新勇，日夜训练。曾国藩又奏调鲍超霆军12000人开赴湖北，另派人到张家口购买马匹，增募骑兵12营，约3000余人。再加上刘松山、易开俊部6000人、曾国藩的亲兵队3000 人，曾氏兄弟直接统辖的湘军主力已接近4万人马。

曾国藩见捻军大股集中于山东、河南，欲渡运河而东，决心在运河一些挖筑壕墙、木栅，修葺堡垒，以加固运河防线。经曾国藩、阎敬铭等人的努力，逐渐形成了东以运河、西以沙河、南以淮河、北以黄河的四道防线，并以济宁、徐州、临淮、周家口、开封等军事重镇为四道防线的重要支撑点。

面对清军布下的天罗地网，捻军既不能东渡运河，又接连受挫，中间虽曾一度强行突进安徽亳州、怀远等捻党老根据地，但因当地大批同情者、支持者在曾国藩的“清圩”运动中被抓被杀，民众不敢与其往来，致使捻军失去了支持，更无法获得补给。这就迫使捻军不得不于当年夏季再次重返河南西南部。彼时的捻军，已成一群“困兽”，前途未卜，人心散乱。

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