克伦威尔认为，要达到政令和法令的统一，海军行政体系改革显然非常必要。1649年3月，新成立的国务会议建立了，由海军财务官领导的新一届海军小组委员会，由独立派德高望重的亨利• 韦恩爵士担任该职位。韦恩可能是在英国内战中，最有能力的议会领导人之一。

韦恩自1642年就担任海军财务官，在克伦威尔时代作为国会的一员，甚至在实践中拥有极大的政策决定权。隶属于议会的海军委员会，则由克伦威尔和他的女婿——亨利•艾尔顿所领导。但鉴于其成员也有部分来自上述海军小组委员会，两个委员会便在职能上存在着重叠。

这样复杂的委员会指挥系统，果然在后来的实践中被证明是不令人满意的，尤其以后来的英荷战争，表现出来了很多问题。

我们可以从海军将领波帕姆，对担任海军委员会秘书一职的罗伯特•考伊姆的评论可以看出：“分不清冬夏对考伊姆先生来说显然是再正常不过的”但是，这也正是考伊姆代表国会，对海军进行监管的表现。

考伊姆对海军的执掌同时也伴随着相应的批评，他因为反对发动英荷战争而在1652年去职。而他的离开显然对提高海军行政系统的效率没有任何帮助，而舰队于同年11月邓杰尼斯海战的失败，直接导致了海军行政系统的重组。

议会解除了海军委员会的权力，不久就将资金投给了新建立的海军调查委员会——由6个平民和上文提到的3个海军将领组成。而该机构再次由亨利• 韦恩爵士担任，他在接下来的改革中起了主导作用，在运作过程极大的排出了海军小组委员会的干扰。

韦恩因克伦威尔1653年成为护国公而再次离开，其位置由克伦威尔的连襟,号称“冷酷巨人”的约翰•德兹保罗威所代替。但在实践中，大多数的行政工作却有海军调查委员会专员来完成。

实际上，这些专员是政权过渡期遗留下来的高效率、领工资的常设官员。这些专员不过才5人，却承担了与海军运转有关的大部分日常工作、英荷战争期间武装和管理英格兰举国之力征召起来的舰队。

在战争高峰期，他们为海军船坞雇佣了超过2000人为国家服务，在1649年到1654年间仅在海军船坞，就造了18艘还有超过36艘按合同在建。

正所谓“近水楼台先得月”，大部分专员都与造船业有千丝万缕的联系，他们也是充分利用其国会，所赋予的财政便利将造船合同，转给他们自己或者他们的亲戚和生意上的伙伴。但不管怎样，在面临英荷战争高峰期的需求，他们在履行他们的职责上还是展现了极高的效率。

海军建设必然离不开当政者和资金的支持，政府主要采取了提高税率，将关税的全部收益划归海军，以及将获自出卖天主教的土地所得的部分收益，划拨海军等措施支援海军建设。

在内战期间，议会提高了三种基础税税率：关税、消费税和财产税，并将关税全额划拨给海军。英荷战争期间，1652年政府计划在具备偿付能力的条件下，在海军方面花费535000英镑，残余议会实际安排了600000镑给海军，1654年其收益核算委员会，每年平均向海军划拨269750英镑。

早前的海军实际上与私掠船，并没有什么本质上的区别，英国自伊丽莎白时代起就有私掠船，参加国家海军的传统。但随着时代的发展，专门化的作战舰船最终在克伦威尔时代出现。

而由政府主导明晰战舰功能，不仅能够影响海军整体作战效果，而且对造船业也是一种革新。海军战舰与商船的区别在于：海军对于航速、吨位数、火炮配置要求极高，而商船只要满足载货量和适当的防卫即可。

对于海军舰队内部而言，如陆军步兵、骑兵和炮兵的平衡、规模、装备和整体布局影响战斗力一样，故宏观上合理增减战舰和巡洋舰的比例，调整不同用途舰船的规模，细微处配置单船的武器装备，以及随机改变海战中的整体布局，与海军的战斗力息息相关。而保证海权战略的落实，需要达到法令和政令的统一，显然只有国家层面能够做到。

另一方面，也如朱利安•科贝特爵士所指出的那样，“构成舰队的不同级别的舰艇，是而且应当是特定时期占主导地位的战略和战术思想的物质表现。”根据过往海军的经验和战舰的不同用途，海军机构及其将领将战舰一共划分为5个等级。

要加强战斗力，忠诚度和纪律显然非常重要，普通海军人员被要求对共和国宣誓效忠。海军上将被要求注意约束自己的手下，强化其带领的海军官兵的忠诚度。同时，加强对英国海军中由雇佣武装商船，转化而来的舰队成员的管控。

无论是邓杰尼斯战役还是其他海战，这些人都表现得缺乏献身精神。除了感性上对保皇派的同情外，更要命的是因为舰长和船主一般都是同一人，对于个人财产在战争的损失是极不愿意看到的。