公元402年，荆州门阀大佬桓玄决定篡取东晋皇权，他领军从长江顺流而下，打败东晋执政会稽王父子，进入建康。他起事不到三年就入主建康，这速度已大大超过了乃父桓温。而且当年桓温入京已是风烛暮年，而桓玄这年才不过34岁而已，真可谓天之骄子。然而，一个人成功太早其实并不是一件好事，特别是对一个没有经历过什么挫折的高门贵公子来说，这种根基不稳的成功几乎就是毒药。
其实，桓玄接手的建康朝廷虽然是个烂摊子，但从反面来说，大乱之后，人心思定，只要他能够做出一点成绩出来，哪怕就是比会稽王父子好那么一点点，人心都会倾向他的。所以桓玄面临的是挑战，同时也是机遇。然而，正由于这位桓公子的成功来得太轻松，他一得高位就飘啦，不仅在姑孰“大筑城府，台馆山池莫不壮丽”，而且“奢豪纵逸，政令无常”，“游猎无度，以夜继昼”，“朋党互起，陵侮朝廷”，皇家御用的车马轿乘、供奉的食品用具等，都被他随意裁减，甚至连晋安帝也不免挨冻受饿。那老百姓就更不用说了，几个月前爆发的三吴饥荒仍在继续，到处都是逃难的灾民。桓玄下令赈灾，并勒令各地流民回家。这本是善政，但桓玄相当小气，调拨的米粮少的要死，又被官吏层层克扣，被召返乡的灾民无粮可食，十之八九都倒毙路旁。而三吴的那些士族子弟们虽然家财万贯，但由于多年腐化堕落，就连掘食草根、迁徙避难的能力都没有，只能一个个穿着绫罗绸缎，抱着金玉宝物，闭门相守饿死。而桓玄的党羽们却照样在建康花天酒地，他的谋主丹阳尹（注1）卞范之“盛营馆第……以富贵骄人，子弟慠慢，众咸畏嫉之”，他的参军同时也是他姐夫殷仲文“舆马器服，穷极绮丽，后房伎妾数十，丝竹不绝音。性贪吝，多纳货贿，家累千金，常若不足”。于是朝野间对桓氏失望透顶，民间怨言纷起（注2）。
溃烂的时代正在坍塌，桓玄集团却担负不起扶大厦于将倾的重任，反而从后面加推了一把。
在三吴各地的饥荒中，最严重的地方就是临海、永嘉二郡。据史书记载，当时三吴户口减半，会稽郡减十之三四，而“临海、永嘉殆尽”。为什么这两个郡最惨呢？因为这里又产生了新的战祸，孙恩虽已死，但天师道军余部卢循又在此崛起了。
卢循，字于先，小名元龙，出自北方甲族范阳卢氏。东汉末年的大儒卢植就是卢循的远祖。卢植在东汉曾官居侍中，做过刘备和公孙瓒的老师，并曾率军平定黄巾起义，可以说文武双全，威望甚著。卢植之后，卢家数代皆为魏晋高官：卢植之子卢毓，官至曹魏司空；卢毓之子卢珽，官至西晋卫尉卿、尚书；卢珽之子卢志，官至西晋中书监；卢志之子卢谌，西晋司空从事中郎，在后赵官至中书监。而卢循就是卢谌的曾孙。
论门第，卢谌还是颇高的，更是当时的文学、书法名士，但他毕竟曾出仕过“伪朝”，政治上有了污点，后来又在北方战乱中被杀，其子孙流落东晋，其门第自然也就一落千丈了。卢谌之子卢勖，卢勖之子卢嘏，在东晋都是布衣，而卢嘏之子卢循自然也是布衣，不过由于家学渊源，卢循的文化水平还是很高的，史载其“神采清秀，雅有材艺”，“善草隶弈棋之艺”，《论书表》亦谓“卢循素善尺牍，尤珍名法”。据田余庆《东晋门阀政治》推测，南渡卢氏似乎放弃了仕途，而主要在南方从事宗教活动，主要学道，同时与佛教人士也有一定的交往（注3）。比如中国佛教净土宗的始祖慧远大师，就跟卢嘏、卢循父子大有渊源（注4）。卢循少时，慧远和尚还曾品评他说：“君虽体涉风素，而志存不轨，如何？”
总之，孙恩、卢循都是属于因祖先站错队而门户中衰的破落士族，故而两家学道并结亲，卢循娶了孙恩的妹妹，并在孙恩死后掌管了他的余部。卢循掌权后，对这次道教起义的性质还是稍有改变的，卢氏毕竟是书香世家，不仅懂道术，也懂政治懂文化，当年孙恩好多次滥杀无辜，都幸得卢循劝止，有不少人因此获救。这些行为让卢循颇得民心。而桓玄此时刚刚入主建康，力求稳定局势，遂任命卢循为永嘉太守。卢循虽然去上任了，但面对永嘉郡严重的饥荒，他也没有什么好办法，想来想去，大家还是得干老本行，抢掠！
隆安六年（402）五月，东晋永嘉太守卢循入寇临海，发现这里饥荒比永嘉还严重，于是又向西转寇东阳郡（治今浙江金华市区）。桓玄焦头烂额，只得去京口把北府名将刘裕请出来对付卢循。当年孙恩祸乱东南，就是刘裕的手下败将，如今再派刘裕去，必然手到擒来。而当时刘敬宣、高雅之等刘牢之党羽虽然还在北方闹，但刘裕早早就辞官回家与刘牢之做了切割（而且刘裕与桓玄的重要盟友琅琊王氏关系不错），所以桓玄认为自己此时对刘裕施以恩义就可以借用这位新生代将领来控制北府。当初刘牢之死后，桓玄便让堂兄徐、兖二州刺史桓修接替他的位置，任抚军将军，都督六州军事，镇丹徒。那么刘裕就官复原职吧，担任抚军将军桓修的中兵参军，军、郡如故（注5），然后指挥一支北府兵，立刻赶赴东阳，讨伐卢循。
自孙恩起兵以来，他的部众和刘裕交手过很多次，每次都是输，这次当然也不会有什么悬念，卢循被打败，逃回永嘉。
接来下到了十一月，桓玄觉得自己在朝中的地位已经稳固，遂开始对北府军旧将展开大清洗。凡是与刘牢之关系密切的旧党，或者是在淝水之战就已上阵立功的老将，只要桓玄感觉没有信心驾驭的，统统杀掉。于是，吴兴太守高素（高雅之的父亲）、辅国将军竺谦之以及竺谦之的堂兄高平相竺朗之、辅国将军刘袭和刘袭的弟弟彭城内史刘季武，全都被桓玄罗织罪名处死。这帮北府老将，一生戎马，为当权者驱驰，思想保守，政治短视，茫茫然无所适从，结果俯首就戮。他们与刘牢之一样，都非败于军事，而是败于政治，他们注定只能成为低级士族进入最高统治地位这一历史性事件的先驱者和牺牲者。
刘袭的哥哥刘轨也是北府军的元勋老将，25年前曾与刘牢之、高衡（高雅之的爷爷）、何谦、孙无终一同应募于谢玄之北府。如今正任冀州刺史为东晋镇守北疆，他听说了京师的北府惨案后，立刻联络了流浪在北的刘敬宣、高雅之、司马休之等三人共据山阳（侨郡，治今江苏淮阴，位于东晋与南燕的交界处），欲起兵攻打桓玄。桓玄调兵进剿，用的是已经投靠他的北府老将，刘裕的第一位上司孙无终，孙无终军队迅速攻克山阳。刘敬宣等人只得逃亡南燕慕容鲜卑。但两个月后，孙无终也被处死。因为桓玄此时已经在谋划篡晋了，所有可能反对此事的北府老将都要先杀掉再说，否则后患无穷。而在杀掉这些北府老将之后，桓玄对北府军各部进行了收编，配给诸桓，增加兵力。
桓玄还是太天真了，难道杀死几个北府旧将就能让所有北府兵为其所用么？要知道当年他强大的老爹桓温也只敢用计从郗家夺来北府兵权，然后再对其压平解散，而不敢收编使用。如前章节所述，北府兵本质上是一个流民帅联盟，其历代统帅都需要依靠其军事威望与乡党情谊来笼络诸军。所以当年桓温心如明镜，知道自己无论哪方面都没有强到可以镇服北府兵的程度，故而明智的选择了解散甚至毁灭他们（注6），以免其冲击自己在建康的权力地基。
相比乃父桓温，桓玄虽然精于权谋，且进步神速，但一无北伐军功（注7），二无卓越政绩（注8），而且经营朝廷的时间也不足，这么快就想着控制北府篡夺皇位，确实有点操之过急了。要知道刘裕从灭掉桓楚到代晋称帝，可是花了足足十六年。桓氏如此猴急，也许是认为他们谯国桓氏在三十年前桓温时就该代晋了（注9），只是因为朝廷中以王谢为首的高门阻挠才未成功，而今朝廷中再也没有能与桓氏抗衡的高门人才，桓氏代晋，顺理成章。可惜他们忘了，东晋的高门甲族与淝水旧将虽已衰弱凋零，但低级士族与少壮军官正凭借战功一步步成长起来，他们虽然地位不高，但威望渐著、生机勃勃，远非腐朽无能的门阀子弟可比。而他们之中的代表人物，就是刘裕。
注1：为东晋南朝京畿重地之长官。建康隶于丹阳郡，丹阳郡城就在建康南郊的秦淮河南岸。丹阳尹职掌相当于郡太守，但也是京官，参与朝议。
注2：如《宋书·五行志》记载：“桓玄得志，童谣曰：‘长干巷，巷长干。今年杀郎君（即司马元显），明年斩诸桓。’”
注3：东晋以来，江左社会中道教和佛教同步发展。这个时候，佛、道彼此包容，尚未形成像在南朝那样的宗教壁垒。如前述天师道世家王凝之就有一个孙子年十七，从慧远出家于庐山，称道敬法师。另外还有个例子如晋宋之际著名诗人谢灵运，从灵运之名便可知他是信奉天师道的人，但他后来也兼习佛教，临死前还把三尺长的美髯捐赠给广州佛寺，用作维摩诘像的胡须。
注4：卢谌好庄老，已有着向道教信仰倾斜的倾向。据《元和姓纂》及《新唐书.宰相世系表》记载，卢谌子辈有北祖和南祖之分。北祖卢偃以下，历仕慕容、拓跋，子孙繁衍贵达，是范阳卢氏正宗。南祖卢勖后人之中，卢悚（东晋孝武帝时期道教起义领袖）为徐州小吏，主要活动并不是在官府，而是民间传播道术，其徒属中必有卢氏宗亲。卢嘏南来以后事迹无闻，参见卢循、卢悚可知其大概率从事道术活动，而居北未南渡的卢氏未见有信奉道教记载，可以推测南渡卢氏在南渡后逐渐从事道教活动。《慧远传》谓慧远早年在北，与卢嘏为同学。那时慧远博综六经、尤善老庄，其学行志趣也许和卢嘏相同。义熙六年（410年）卢循从广州北上江州，曾登庐山谒见慧远，时距卢嘏、慧远同学之时已有半个世纪。参阅田余庆：《东晋门阀政治》，北京大学出版社，2012年，第303-304页。
注5：当时的刺史的军府中，指挥州府直属军队的军官为中兵参军，指挥郡县地方军队的为外兵参军。刘裕从前就是外兵参军。中兵参军的地位高于外兵参军。军、郡如故，即同时恢复刘裕原先的建武将军、下邳太守之职。
注6：《晋书·桓温传》：“（桓温）发（徐、兖）州人筑广陵城，移镇之。时温行役既久，又兼疾疠，死者十四五，百姓嗟怨。”
注7：据《晋书·桓玄传》记载，在403年年初，桓玄曾上疏表示要北伐后秦，扫平关、洛，为自己挣一点军功，但随后马上失去自信，不愿北征，又暗示朝廷下诏阻止。为显示自己出征的决心，桓玄还命人修造轻舟，专门装载自己收藏的书画、宝物。有人不解，桓玄解释说：“书画服玩既宜恒在左右，且兵凶战危，脱有不意，当使轻而易运。”这些话一下子戳穿了桓玄“好为大言”而又胆小怯懦的本质，一时在朝野传为笑谈。
注8：据《晋书·桓玄传》记载，桓玄执掌朝政后，提出的都是一些毫无实际意义的政策，而且朝令夕改，法度无常，“条制森然，动害政理”，还经常抓着奏疏诏令中的错别字严厉处罚官员，将他们降级或免职，这跟两汉之交王莽的作风倒是很像。但桓玄也没有王莽全面改革的气魄，只能在一些阻力较小的小细节上较真，所以给人一种苛细小气、没有格局的感觉。
注9：《魏书·岛夷桓玄传》：“（桓）玄常以其父王业垂成……既克建业，无复居下之心。及伟（即桓玄兄桓伟）死，虑一己单危，益欲速成大业。”
