2000年左右开始我国大学进行了院校大调整，一场轰轰烈烈的高校合并潮席卷全国，通过强强联合，强弱联合组建综合性多学科大学，每个省都做出来巨大的牺牲，江西也不例外，为了南昌大学进入985、211大学，江西高校也未能幸免，做出了巨大的牺牲，造就了今年南昌大学，同时，从此彻底消失在历史的长河里，成为校史。

1、江西大学与江西工业大学合并组建南昌大学

1993年，西大学与江西工业大学合并组建南昌大学。当时的江西大学已经是全国100所重点大学，多学科综合性大学，江西最好的大学，原名国立中正大学，改为江西大学，后合并组建南昌大学，南昌大学是因为英雄之城命名，也是理所当然，毕竟当时的211大学，江西省只有1所指标，只有把江西大学和江西工业大学合并，才能达到教育部综合性大学的标准，南昌大学顺利进入了211大学，从此江西也失去了以省命名的江西大学。

2、江西医学院并入南昌大学

2005年江西医学院并入南昌大学，成为南昌大学医学院，江西唯一的一所具备硕士学位授权的医学院被合并，这所具有军校血统的医学院从此消失在历史长河。不过其分院江西医学院抚州分院，南昌大学已经整体移交抚州市，将成为抚州医学院，未来有可能恢复江西医科大学办学。

3、三校合并组建井冈山大学

2000年，吉安师范专科学校和吉安教育学院合并组建井冈山师范学院。2007年，井冈山师范学院与井冈山医学高等专科学校和井冈山职业技术学院合并，组建井冈山学院，2007年更名为井冈山大学。井冈山大学终于又复校挂牌，从1958年的井冈山大学挂牌成立，1963年停办，停办49年的井冈山大学终于复校，曾经的吉安工学院、吉安农学院、吉安医学院、吉安师范学院，从此有紧紧的团结到一起。

4、2003年，抚州师范专科学校并入东华理工学院，成为东华理工学院专科部，2007年更名为东华理工大学。虽然华东理工大学校本部搬去了南昌，但是抚州毕竟是华东大的根，2023年抚州校区动工建设。

5、2002年，九江财经高等专科学校、九江师范专科学校、九江医学专科学校和九江教育学院合并组建九江学院。九江学院已经提出更名九江大学多年，经历多次的申硕失败，估计更名大学还需等待。

6、2000年，宜春师范专科学校、宜春医学专科学校、宜春农业专科学校、宜春市职工业余大学合并组建宜春学院。

7、2004年，南昌高等专科学校并入江西科技师范学院，2012年，江西科技师范学院更名为江西科技师范大学。