明朝开国皇帝朱元璋死后，因皇太子朱标于洪武二十五年(1392年先他而死，乃由皇太孙朱允炆即位，即建文帝。然而，在建文帝刚即位不久，燕王朱棣便于建文元年(1399年)以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，以声讨齐泰、黄子澄为名，矛头直指建文帝。朱棣在封地起兵发动了历史上有名的“靖难之役”。直至建文四年，朱棣由燕王荣登皇位历时4年的灾祸结束。朱棣攻陷南京后，皇宫已是一片大火，建文帝下落不明，皇帝使用的玉玺也随之消失得无影无踪。一时间，关于建文帝的生死之谜，成为历史上争讼不决的悬案。之后，有关建文帝已经出逃的传闻颇多，明成祖朱棣对此总是不安心，此事也成为他的一块心病。

关于建文帝生死之谜，常见的是正史中的记载，朱允炆于宫中自焚而死，但有两点却很奇怪。首先，清理现场的时候，太监只找到了马皇后和太子朱文奎的遗骸，朱允炆的遗骸始终没有找到；其次，建文帝使用的玉玺也下落不明，活不见人死不见尸。燕王朱棣为夺取帝位，只有宣称建文帝已死，为掩饰夺取帝位而发动的政变，朱棣指使臣下掩盖历史真相，销毁建文时期的政府档案，禁止一切关于此事的记叙，篡改历史。而且，燕王为让天下知建文帝已自焚，曾作有祭文，但其墓于何处， 无人知晓。明末，崇祯帝曾表示，想给建文帝上坟，却不知其坟墓在何处。

另一种说法，在南京被攻破后，建文帝曾想自杀，但在其亲信说服下，削发为僧，从地道逃出了皇宫，隐姓埋名，浪迹江湖。明成祖死后， 又回到京城，死后葬于京郊西山。事实上，明成祖朱棣也不相信建文帝真的死了，朱允炆的生死未卜给当时的明成祖一种无形的压力，派遣户科都给事中胡，以寻访仙人张三丰为名，暗中侦查建文帝的踪迹，走遍大江南北，前后共二十余年。民间传说中，在许多地方都有建文帝的踪迹， 有的说建文帝逃到云贵地区，辗转到南洋，直到现在，云南大理仍有人以建文帝为鼻祖；也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年(1423年) 病亡，埋于庵后小山坡上。

同样，明成祖朱棣的子孙后代也认为建文帝的下落是个谜。明神宗朱翊钧即位伊始，曾下诏为被杀的建文朝大臣建祠庙进行祭祀，并颁布《苗裔恤录》，对他们的后裔给予抚恤。万历二年十月十七日，他在文华殿与内阁大学士们谈起建文帝一事，提出了思虑已久的问题:“听说建文帝逃亡，不知真伪如何？”再次提出了明朝的第一号无头公案。内阁首辅张居正如实回答: “我朝的国史没有记载这件事，听前朝的故老门说，靖难之师进入南京城，建文帝乔装逃亡。到了正统年间，有一个老和尚在云南驿站壁上题诗一首，有沦落江湖数十秋'之句。御史召见此人询问，老僧坐地不跪，说:‘我想叶落归根。'查验后才知道是建文帝。”张居正的说法，记载在《明神宗实录》，与祝允明《野记》 说大体相同，可见在明朝中晚期，关于建文帝的下落已经不再忌讳，事实的真相逐渐明朗。 至于建文帝的下落到底如何，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。建文帝生死之谜，今人还以穿越的形式改编成电视、电影。至建文帝真正的下落，只能遗留于历史长河之中。