洪武三十一年（1398）闰五月，皇太孙朱允坟即位，大赦天下，以明年为建文元年。朱允坟最为依仗的是自己的老师黄子澄。黄子澄是太常寺卿，他与兵部尚书齐泰担心藩王仿效汉朝"七国之乱"，因此从洪武三十一年六月到建文元年（1399）六月，在他们的献策下，建文帝相继废除周王朱横、齐王朱博、代王朱桂、岷王朱梗，将他们囚禁了起来，而湘王朱柏被逼自杀。朱允坟最大的错误是没有先对付实力最强的燕王朱棣，这样一来，反而打草惊蛇，让朱棣有了提防之心。

燕王朱棣手下的精锐护卫被朝廷抽调，交给了宋忠率领前往开平守卫边关。而北平左右两卫和永清左右两卫之兵，被抽调到了彰德和顺德。朝廷还派出张曷担任北平布政使，谢贵担任北平都指挥使，负责调查燕王有没有谋反之心。

燕王朱棣为了避祸，先是装疯卖傻，朝廷却没有上当。朱棣部下军官于谅和周铎被抓走杀掉，张易、谢贵还不罢休，指名要捉拿燕王府的一些官吏和幕僚。朱棣不甘心坐以待毙，暗中招募八百名勇士。建文元年（1399）七月，朱棣将张晶和谢贵眶进府中杀掉，然后率领八百名勇士攻下北平城九个城门。他上疏建文帝，要求诛杀"奸臣"黄子澄、齐泰，打出了"靖难"旗号起兵。

燕王军队相继攻克蓟州、怀来、永平等地，朱允炊见局势不妙，连忙派出耿炳文老将军率领三十万大军北上镇压。耿炳文是当时硕果仅存的开国宿将，时年六十五岁，他善于防守，曾经和张士诚对战数十次。但是他不是朱棣的对手，滹沱河一战阵亡并几乎全军覆没。朱允坟只好又派出李文忠之子李景隆带领五十万大军征伐朱棣。

燕王朱棣听说这次主帅是李景隆，不禁大喜过望说∶"李景隆是膏粱子弟，不习战阵，朝廷这是自取失败。"朱棣前往大宁收编宁王部属以加强自身力量，李景隆得到消息，乘机袭击北平。

十月，李景隆抵达北平城下，留守的燕王世子朱高炽严密部署守城。虽然朝廷兵多将广，无奈坚城难下。朝廷军中都督瞿能能征惯战，他带领两个儿子率精兵数千，杀入了张掖门，势不可当。但是李景隆却担心瞿能得了头功，派人阻止他继续进攻，要他等大军全部到达，再一起进攻。这样一来，燕军得以喘息，他们连夜用水浇灌城墙，一夜之间，天寒结冰，朝廷军无法攀城进攻。李景隆几次攻城失利，只好在郑坝村部署军队。

燕王朱棣回师，与李景隆在郑坝村激战，将之击败。黄子澄却掩盖了失败消息，朱允坟被蒙在鼓里，竞然赏赐李景隆太子太师。

建文二年（1400）四月，李景隆与武定侯郭英、安陆侯吴杰等将领带兵六十万，号称百万大军，到达了白沟河，都督平安率精兵数万为前锋。白沟河一战，燕军出战不利，将领陈亨被平安斩杀，但是朝廷军没有抓住有利时机，反而被燕军纵火烧营，瞿能父子阵亡，李景隆、郭英等溃逃。朝廷军数十万众伤亡，尸横遍野。

建文二年（1400）十二月的东昌大战，朱棣的亲信将领张玉阵亡，朱棣自己也被围困，险些成为阶下囚，多亏朱能赶来援救才得以突围。

建文三年（1401），朱棣在真定、夹河等地击败朝廷盛庸、平安、吴杰等部，河北大部分郡县落人朱棣之手。建文四年（1402）的济南之战，铁铉防守严密，燕军只好绕道济南，连破山东郡县。接下来的齐眉山大战和灵璧之战，燕军又取得了大胜，但是朝廷毕竟兵多将广，而且经过三年的反复拉锯，燕王朱棣仅仅占据了北平、保定、永平等几个大城。

恰好这时候有些朝廷派遣出使在外的宦官，因为得罪了建文帝被治罪，他们逃到北平，向朱棣投降，将南京与江南各省空虚情况报告给了朱棣，朱棣决定改变战略，实施斩首行动，绕道南下进攻南京。

兵临城下之际，南京城中人心惶惶，方孝孺劝说朱允坟，南京城中尚且有兵二十万，可以据城死守，命令城外百姓人城。在兵士们的驱赶下，城外百姓不分昼夜，拆屋运木入城，百姓累死了很多。一时间，怨声载道。朱允坟又命诸王分守各城门，以割地为条件与燕王讲和。朱棣拒绝了和意，在燕军进攻下，谷王朱穗和李景隆开了金川门投降燕王，朱棣入城，历时四年的靖难之役以朱棣胜利告终。

朝廷虽然兵多将广，但是朱允效用人不当，他重用的齐泰、黄子澄、方孝孺等人不懂军事、他们虽然力主削藩，却拿不出一套相应的军事部署。而李景隆这个膏粱子弟更是扶不上墙，连连失败。而反观朱棣，富有军事经验和才能，他的军队战斗力强，又有朝廷内线配合，才取得了最终胜利。