1954年6月，新疆军区国防部队和生产部队分开管理已一年，为全面学习苏联建设国营农场的经验，遵照中央和军委的指示，准备将生产部队全部改编为国营农场，成立新疆省国营农场管理总局。
军区指定二十二兵团政治部主任张仲瀚，军区副参谋长、生产管理部部长程悦长负责筹备新疆省国营农场管理总局。起义部队的高中级将领陶峙岳将军、赵锡光将军、陶晋初将军、韩荣福将军、陈德法将军、王根僧将军等全部不同意。
他们说九军成立才两三年的时间，就说为减少层次，便于管理，采取先与二十二兵团合并的形式，九个月之后还是撤销九军军部，现在才四年不到，就要撤销解放军二十二兵团这支国防部队，况且彭德怀司令员在酒泉代表中央答应这支部队永远存留在解放军部队的序列当中，为什么不遵守承诺?
解放军二、六军的老红军和老八路们也不愿意脱离部队去做国营农场农工。这怎么办？新疆军区经过多次征求意见，决定上报解放军总参谋部同意，成立一家新的生产管理机构，新疆军区农业生产建设兵团。
1954年7月，新疆军区对生产部队的管理机构定为新疆军区农业生产建设兵团，属于新疆军区建制。
但负责筹建兵团的张仲瀚同志坚决不同意，他说：这样从名称上将把生产部队局限为农业生产方面，坚决要求去掉农业两个字，改称新疆军区生产建设兵团，获得大家广泛认可。
1954年7月16日，新疆军区关于成立新疆军区生产建设兵团的请示上报西北军区、军委总参谋部，并报新疆分局。
新疆在此次整编中确定将国防部队和生产部队的领导机构划开。
生产部队的领导机构有二十二兵团部和军区生产管理部合并组成。
该生产部队领导机构的名称和驻地问题，经过一时期的酝酿讨论，并和起义高级将领陶峙岳、赵锡光等交谈了意见以后，军区党委于七月二号召开常委会议加以讨论后，提出以下意见:
（1）生产部队的机构名称，我们认为以“生产建设兵团”较为适宜，因为一方面仍用原二十二兵团的番号来领导全疆，包括二、五、六军的生产部队，是不相适宜的。
取消二十二兵团的番号，如不以生产建设兵团的番号代替之，这可能引起起义干部，特别是高级起义干部的思想波动。
另一方面，二军、五、六军所编的生产部队，不愿一下子脱离军队性质的番号。甚至因采用名称不适当，也可能引起部队的思想波动。根据部队当前思想情况，采用完全脱离军事性质的名称尚需一个过渡时间，则较为稳妥，生产建设兵团成立以后，二十二兵团的番号可以撤销。
（2） 生产建设兵团的驻地，我们的初步意见以驻在乌鲁木齐市为适宜，待以陶、赵商量后再最后确定。
（二）确定行政经费和生产经费
1 确定行政经费
负责筹建新疆军区生产建设兵团的张仲瀚同志和军区副司令员张希钦，带着军区后勤部计划室主任毛乃舜、王旭到北与在北京的程悦长副参谋长汇合，向解放军副总参谋长兼总后勤部部长黄克诚，中央财政部部长薄一波汇报，军委（后中央财政部）确定每年给生产部队暨新疆军区生产建设兵团8000万元。
一九五六年五月，农垦部成立后，中央财政部给兵团的8000万元转为农垦部转拨款。农垦部却开始随意扣减兵团经费，由8000万元开始减少7000万元（56年）、6000万元（57年）、5000万元（58年）、3000万元（59年）。从五九年至一九六五年一直都是3000万元。
从一九五六年至一九六五年，中央财政部应给兵团8亿，农垦部却只给兵团3.9亿，兵团只有靠自己的积累扩大再生产。
2 移交生产经费
1954年7月15日，新疆军区后勤部生产联合社移交给筹建中的新疆军区生产建设兵团生产资金3606万元。
3 生产建设兵团领导机关驻地
1954年7月20日，遵照西北军区、新疆军区的指示，负责筹建新疆军区生产部队的张仲瀚主任、军区生产管理部副部长杨贯之探望赵锡光副司令员，陶峙岳司令员征求生产部队领导机关的驻地事宜。
赵锡光副司令员认为还是以驻石河子为宜，陶峙岳司令员认为以乌鲁木齐市为宜。
（三）成立新疆军区生产建设兵团的批复
1954年8月6日，解放军总参谋部关于成立新疆军区生产建设兵团的批复：新疆军区、新疆分局并西北分局、西北局：
7月15日电示：关于22兵团部与新疆军区生产管理部合并后改用生产建设兵团的名称问题。如你们以征得陶峙岳、赵锡光等的同意时，即可按照改变之。此付总参谋部。
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