云平台的小伙伴们，今天小编给大家分享云工具—LEfSe分析小工具的使用说明，赶快收藏吧！！！

LEfSe分析即LDA Effect Size分析，是一种用于发现和解释高维度数据生物标识（基因、通路和分类单元等）的分析工具，可以进行两个或多个分组的比较，它强调统计意义和生物相关性，能够在组与组之间寻找具有统计学差异的生物标识（Biomarker）。

工具使用简介

步骤一：检索小工具

1、登录元莘生物云平台官网：http://cloud.origin-gene.com/（推荐谷歌浏览器打开链接），检索LEfSe分析小工具。

（云工具界面）

2、点击对应小工具进入工具分析界面。分析界面内容如下图所示，左边是参数设置，可以上传文件，设置参数基础参数和高级参数；右边是任务结果和查看帮助界面，任务结果区域用于展示生成的结果图，点击查看帮助，弹出帮助说明界面，初次使用建议先仔细阅读帮助文档。

（LEfSe分析界面）

（LEfSe分析查看帮助界面）

步骤二：输入文件准备

1、根据设置的参数，准备对应的输入文件。可根据帮助文档中的输入文件说明或示例文件格式进行准备。文件要求如下图所示：

（OTU丰度表）

(分组文件)

2、文件准备好之后，接下来是上传文件。云平台提供两种上传文件方式，一种是从“文件中心”上传，另一种是通过“云工具参数-选择文件”上传。在这里，我们选择通过“文件中心”上传文件进行演示。具体操作步骤如下：

1）点击文件中心，找到个人文件夹；

2）在个人文件夹目录下点击新建文件夹，弹出“输入文件夹名称”（注意，这里的文件名只包含数字、字母、下划线），然后点击提交即可。另一个需要注意的是，这里不能直接选择新建文件夹。

3、继上一步新建文件夹后，开始上传文件。具体操作如下：点击文件夹→点击上传文件→选择对应的文件→点击开始上传即可。

步骤三：使用小工具

1、首先输入任务名（编辑便于自己查找的任务名），然后上传数据文件。具体操作如下：点击“选择文件”，找到对应的文件夹，从文件夹中选择对应的数据文件，点击“选择”即上传成功。

（LEfSe分析界面）

2、数据文件上传完成之后，接下来是设置小工具的参数，包括基本参数和高级参数，可调整热图的配色、数据转换、数据标准化方向、边框颜色等参数。若不修改参数，使用系统默认参数即可。参数设置完成后，点击提交，界面跳转至“分析中心”，等待运行即可。

到这里，我们的小工具运行操作就结束啦，接下来就是等待任务分析结果生成。

那如何查看分析结果？请接着往下看哦~

结果查看

继上一步说到提交后的界面会跳转到“分析中心”。分析中心是任务进度的体现，主要展示了任务名称、工具名称、任务时间、任务状态等信息。其中，点击查看，界面跳转文件中心，小工具分析所产生的所有文件都储存在对应的文件夹中，同时还提供结果下载；状态栏，显示任务完成与否；“眼睛”按钮，点击之后界面跳转到任务结果展示界面，可实时查看任务结果图（这里主要指的是该小工具会产生结果图），并提供两种结果图的下载方式；“删除”按钮，选择是否删除该任务。若您当前参数生成的结果图不满意，还可以在工具名称栏，点击小工具名称，即可重新输入文件、调整参数运行小工具。

结果说明

lefse_LDA.xls：LDA判别分析结果

lefse_LDA.pdf/png：LDA分析柱图

lefse_LDA.cladogram.pdf/png：进化分支图

结果解读：

（1）进化分支图：小圆圈: 图中由内至外辐射的圆圈代表了由门至属的分类级别（最里面的那个黄圈圈是界）。不同分类级别上的每一个小圆圈代表该水平下的一个分类，小圆圈的直径大小代表了相对丰度的大小。颜色: 无显著差异的物种统一着色为黄色，差异显著的物种Biomarker跟随组别进行着色，红色节点表示在红色组别中起到重要作用的微生物类群，蓝色节点表示在蓝色组别中起到重要作用的微生物类群。未能在图中显示的Biomarker对应的物种名会展示在右侧，字母编号与图中对应（为了美观，右侧默认只显示门到科的差异物种）。

（2）LDA值分布柱状图：这个条形图主要为我们展示了LDA score大于预设值的显著差异物种，即具有统计学差异的Biomaker，默认预设值为2.0（看横坐标，只有LDA值的绝对值大于2才会显示在图中）；柱状图的颜色代表各自的组别，长短代表的是LDA score，即不同组间显著差异物种的影响程度。

本期关于LEfSe分析的分享到这里就结束了，下期再会~