1、双层制公司治理结构中，股东会、董事会与监事会的职能定位清晰。股东会是公司的权力机构，董事会是执行机构，监事会是监督机构。这种结构有利于实现权力制衡和监督。

2、在单层制公司治理结构中，虽然将监事会的监督职权交由审计委员会行使，但审计委员会属于董事会中的机构，这可能导致监督职权的行使面临困难。因为新公司法仍然将董事会定位为执行机构，这可能导致审计委员会在行使监督职权时面临困境。

3、对于规模较小或股东人数较少的有限公司，如果不设立监事会（监事）或审计委员会，公司监督职权的行使主体就会变得不明确。如果由股东会行使监督职权，与公司法对股东会权力机构的定位不一致；如果由董事会行使监督职权，则会出现自己监督自己的情况。

综上所述，单层制下公司监督职权的行使主体存在一定的问题和困难。为了实现有效的监督，公司应该根据自身实际情况选择合适的治理结构，并明确各机构的职能定位和权力分配。