在晚期非小细胞肺癌中ALK融合变异的检出是ALK-TKI靶向治疗的必要条件。目前ALK融合的检测方法主要有IHC、FISH和NGS，但由于存在ALK融合变异频率较低、肿瘤组织样本难于获取以及检测技术的局限性而面临融合检出的挑战。研究者在1246例NSCLC病例中比较了RNA-based NGS与IHC和FISH检测技术之间的一致性和灵敏度等，发现RNA-based NGS检测周期及结果准确性均较好。表明采取RNA-based NGS检测代替IHC的方法，可以更有效地评估ALK融合状态。
背景介绍及结果分析
肺癌仍然是全球癌症死亡的最常见原因，其中非小细胞肺癌（NSCLC）占80%-85%。 ALK融合变异是NSCLC中常见驱动基因突变之一，变异频率大约在5%-7%左右，因其靶向药使用时间长，平均生存期也长，被称为“钻石突变”。随着近期阿来替尼在早期术后辅助治疗的获批，使得ALK检测的必要性更加充分。
FISH是检测重排的“金标准”，但是检测周期比较耗时，且需要专门的仪器设备和对应的专业知识来解释各种信号结果。当面临肿瘤组织样本各种问题和肿瘤细胞百分比非常低的情况下，一些样本无法满足FISH标准分析。随着高性能单克隆抗体的出现，IHC已逐渐应用于融合变异的检测。虽然IHC结果更容易解释，也不需要像FISH那样的专门设备，且IHC和FISH之间的一致性很高，但依然不能取代FISH的应用。由于技术问题和不同ALK融合变体产生的ALK蛋白活性不同，常规实践中有时会产生不一致的结果。
NGS可以从既往FISH阴性的样本中检出融合变异，且一次可以同步检测多种可用药靶点。然而，在常规的临床实践中NGS也存在其不可避免的难题。研究者就三种不同检测技术在大样本量的真实世界研究中进行对比分析，并结合检测周期进行综合评估。
1246例NSCLC患者进行了ALK IHC评估，其中有51例(4%)显示明确阳性，1174例样本为阴性，同时有21例样本为非特异性染色结果。ALK FISH分析结果53例(4.2%)为阳性。其中有2例经免疫组化检测为非特异性染色，但通过RNA-NGS检测到ALK 5′/3′端表达不平衡，预测为融合变异。RNA-NGS检出59例（4.7%）为阳性。
RNA-NGS检出的ALK融合变异中，92%为EML4-ALK，同时还有DCTN1-ALK、KIF5B-ALK、STRN-ALK以及融合伴侣不详的5′/3′表达不平衡融合。
图1.RNA-NGS检出的ALK融合类型
59例NGS分析结果为阳性的样本中，有53例(89.8%)例经验证为FISH阳性，51例为IHC阳性。NGS检测出的9例ALK 5'/3'端表达不平衡的样本中有6例经过FISH和IHC检测均为阴性，提示其为NGS假阳性样本。
图2.NGS、FISH、IHC检测ALK融合的结果分布情况
在ROC曲线分析中，当免疫组化分值为145时，RNA-NGS相比于IHC在检测ALK融合的特异性为98.99%，灵敏度为100%，NPV（阴性预测值）为100%，PPV（阳性预测值）为98.04%。
研究者还结合了报告周期的评估，该研究调研范围内NGS报告的平均周期为4天（3-8天），ALK IHC报告平均耗时2天(2 - 5天)，ALK FISH报告平均耗时13天(6 - 21天)。
本研究结论
该研究通过分析RNA-NGS与IHC在ALK融合检测中的灵敏度与特异性，并结合检测周期综合评估（例如，对于IHC结果不太确定需要进行FISH验证时，总体检测周期无疑再次被拉长，且检测成本升高，病理实验室工作量加大，且对于少量活检或肿瘤细胞含量低的样本增加其消耗），建议使用RNA-NGS做为首选进行ALK融合状态的检测。然而，在NGS结果不确定的情况下，或者在特定情况下，如年轻和/或非吸烟者患者，或根据医生的特定要求，也可考虑ALK FISH。
参考文献
Ilié, M.; Goffinet, S.; Rignol, G.; Lespinet-Fabre, V.; Lalvée, S.; Bordone, O.; Zahaf, K.; Bonnetaud, C.; Washetine, K.; Lassalle, S.; et al. Shifting from Immunohistochemistry to Screen for ALK Rearrangements: Real-World Experience in a Large Single-Center Cohort of Patients with Non-Small-Cell Lung Cancer. Cancers 2024, 16, 2219. https://doi.org/ 10.3390/cancers16122219
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