沙俄强迫清政府签订《旅大租地条约》后，1898年3月28日由沙俄侵华的重要头目基里尔·弗拉基米罗维奇亲王率领俄国侵略军1000人，在旅顺黄金山举行了一个所谓“升旗庆典仪式”。从此开始，直到1905年初，沙俄殖民者在旅大地区进行罪恶统治长达7年之久。
沙俄侵略军登陆后，立即在旅顺建立起一个军政合一的殖民政权——军政部，开始了沙俄对“租借地”的殖民统治。首任军政部部长为沙俄太平洋分舰队司令官海军中将杜巴索夫。军政部通过旅顺民政管区的警察署进行司法统治。行政事务由陆军少将沃尔科夫负责。当时殖民政权的权限相当于沙俄府县一级。军政部下属旅顺民政管区,由区长1人、助理1人、文书1人、警察长2人以及下属的旅顺、大连湾的警察构成。租借地其他地方由4名将校辅佐上述官员对中国人民施行全面而残酷的军事、警察高压政策和殖民统治。
1899年8月28日(俄历1899年8月16日)沙皇不顾<中俄旅大租地条约>的规定,擅自颁布了《暂行关东州统治规则》,单方面将旅大“租借地”命名为“关东州”。州是沙俄边疆地区的行政建制,州和省同级。关东是汉语的音译。汉语关东泛指山海关以东即东北三省。旅大“租借地”地处东三省南端的辽东半岛。此地古时也称“关东舌”,或称“关东半岛”。沙俄以“关东州”命名,意在宣布辽东半岛为沙俄的新边疆领土,隐含有新领土将扩展到整个关东,即整个东三省的野心。
根据<统治规则》,“关东州”设关东州厅于旅顺。州长官为沙皇尼古拉二世的亲信一海军中将阿列克谢耶夫。他既是“关东州”的行政长官,又是该地陆海军司令官。州厅长如认为某人在政治上有害者,有权将其逐出“关东州”。这主要指的是中国人。但对俄国臣民如禁止其居住,须向陆军大臣详细报告其情况和理由。在大连市,这种情况须事先同财政大臣交涉并征得其同意。总之，阿列克谢耶夫是“租借地”——“关东州”的最高统治者。
根据《暂行关东州统治规则》，沙俄将“关东州”划分为4个市、5个行政区。4个市为旅顺、达里尼（大连市）、金州、貔子窝。旅顺、金州、貔子窝、亮甲店和岛屿为5个行政区。区以下基层政权组织为乡、会、村。乡设乡约、会设会长、村设村长。
为了进一步巩固、加强沙俄在远东的地位，沙皇于俄历1903年7月30日（公元8月11日）批准建立“远东总督府”，颁布了《远东暂时统治条例》，远东总督府设在“关东州”的军政重镇——旅顺。阿列克谢耶夫被沙皇任命为远东总督。远东总督辖区包括阿穆尔州、外贝加尔州、滨海州、堪察加州、“关东州”和库页岛。
总督作为陆军总司令官有权指挥阿穆尔军区、“关东州”以及占领满州的俄军；作为海军总司令官，有权指挥太平洋舰队以及军港；在行政上具有监督辖区内一般以及特殊行政各官厅和官员的权力。在中国东北中东铁路沿线有维护治安最高监督权。在外交上，与辖区邻接的各国，即中日韩发生外交事务时，有权统一远东外交，保护俄国在各国侨民的利益。
东三省名义上不在远东总督辖区内，但远东总督却有权指挥东三省俄国占领军。所以东三省实际上也被置于远东总督控制之下。阿列克谢耶夫成为沙皇的代表，总督府辖区俨然成为俄国在远东的一个“国中之国”。
沙俄在旅大租借地的殖民统治机构和制度随其统治的不断加强而不断演变。
《中俄续订旅大租地条约》第四款规定：“……华民去留任便，不得驱迫。设有犯案，该犯送交就近，按律治罪，按咸丰十年中俄条约第八款办理”。《条约》分明规定租借地中国人设有犯案要由中国司法机关，按中国法律治罪。但在沙俄殖民统治下，条约只是一纸空文。
沙俄“关东州”法院分为“旅顺地方法院”、“调解法院”以及专为中国居民设立的所谓“中国人法院”。
沙俄侵略军初占旅大地区，当时所有案件一律由行政长官一人处理。1899年末，阿列克谢耶夫上任后，着手制订针对中国居民的审判制度暂行规则，经所谓州议会的审议，于1900年1月31日（俄历）开始实施。
沙俄制定的统治规则，突出了沙俄对中国居民的法律条文，充分暴露出沙俄帝国对中国居民的敌视和法律歧视，充分暴露出沙俄帝国主义对中国人民的高压殖民统治。
不仅如此，在特定的政治形势下，如镇压中国义和团运动，在租借地颁布戒严令，沙俄统治者对租借地中国人民的专政和镇压更加严酷。
1900年6月17日，关东州厅长官根据1892年7月18日沙皇有关戒严的敕令，宣布“关东州”实施戒严令，戒严令赋予州民政长官以不超过3个月的监禁或不超过3000卢布罚金的处理权，为的是让行政长官不受法律程序的约束，能够严厉、迅速地镇压义和团反帝活动，避免司法机关因按常规法律程序办案而误事。行政官员执行戒严令，法院挥舞司法大棒，二者紧密配合，加强了沙俄对中国人民镇压的力度。
沙俄对旅大地区初期的统治是在沙俄最高统治机关---军政部通过下属旅顺民政管区内警察署执行的,实际是以占领军司令官杜巴索夫的口头命令为法令对中国人民进行殖民统治。如有违反此法令者,警察署有权“处以5~6个月的监禁或罚以200~300卢布的罚金以及其他刑罚”。
1899年,沙俄组建关东州厅。州厅民政部掌管州内的行政和警察事务。州厅以下各市均设有警察署,各行政区设有骑兵和徒步的巡警。
旅顺市下辖两个警察区,各区设有警官2人,巡警4人,维护旅顺市内的治安。沙俄还把一些所谓“志愿者”组建成“巡逻队”执行警察任务。
沙俄殖民统治者除在租借地一些要地驻扎大批陆海军队,在旅顺市、大连市配置一批沙俄警察和巡警外,为统治中国人民还特别豢养了一批统治阶级的爪牙一华人巡警,这些华人巡警横行乡里,鱼肉百姓。除依沙俄法制外,还特立“违警罪”。所谓“违警罪”,指的是在公众场合下打架斗殴,妨碍公共秩序,违抗沙俄的统治,侮辱沙俄的官员或不服从管理者。
沙俄殖民统治者不但在政治上对旅大人民横加压迫,同时在经济上强取豪夺。
沙俄为了长期霸占大连地区,大兴城市建设,几乎把旅顺、大连两市市区的原居民全部撵走,然后建立俄式建筑区,或将地皮高价卖给外商。如旅顺黄金山原有40多户人家,全部被俄军撵到赵家沟。黄金山以东的几个村、屯,如模珠礁、郭家沟等地居民,因不愿迁居别处,沙俄军就放火将房屋全部烧毁。
沙俄在旅大地区的税捐也多如牛毛。“每年每人抽税5元。养一猪者,每年1元;宰一猪,每年1元;养一鸡,每年1角;宰一鸡,也抽税1角。此外,屋有税,地有税,无物不税,无税不荷。华人不堪其虐,群起为难,俄人则排枪以待,华人被杀者无数”。
沙俄的种种暴行激起了旅大人民的强烈反抗。如大连沙俄的筑港事务所，为了建港和铺设铁路，强征中国居民的房产和土地，引起当地居民的强烈反对。1899年7月23日，400余人边喊：“我们反对出卖土地”的口号，边向事务所扔石头，国打为俄国人服务的汉人，把事务所也砸个破烂不堪。后来，沙俄从三里以外调来了哥萨克骑兵对群众进行镇压。
旅顺口水师营附近的农民曹光金，为人正直，他听说沙俄要强收地亩税，气愤地说：“中国人种中国人的地，为什么要给老俄拿租子！”附近各村群众都拥护他带领大家抗税抗捐，后来曹光金被沙俄抓去，群众不服，联名把他保释出来。
沙俄在旅大统治的七年中，由于进行血腥镇压，所谓“犯人”也就越来越多。那时，旅顺城内外，沙俄的巡捕、警察、马队密布，他们经常把所谓“奸细”、“可疑分子”投进监狱。从旅顺到水师营,仅十多里路,他们竟设了9个巡捕亭,对过路行人严加盘查。一发现“可疑分子",他们就抓手摸脉,察颜观色,谁脉搏跳得快,或看有其它所谓“不正常反应”，谁就被指为“拳匪”、“胡子”，被抓被杀。1903年的一天晚上，有两个沙俄匪军闯进于家沟抓鸡。农民于天凤按捺不住心头怒火，抡起扁担打跑这两个家伙。第二天一早，沙俄殖民统治者就给于天凤加上一个“破坏军用电线”的莫须有罪名，抓进监狱。于天凤在狱中遍尝酷刑，被抬回家后，已全身瘫痪，不能说话，不久便离开了人世。
沙俄为监禁已判刑的犯人及拘留预审中的嫌疑人，在旅顺、大连湾及貔子窝构筑了监狱。但这些监狱只能收容轻刑而且是短期服刑的犯人，一些流放犯以及宣判为死刑的犯人，都不宜收容，而需要更大的监狱。为此，阿列克谢耶夫向沙俄政府陆军大臣申请建狱经费，计划在旅顺建造一所足以收容120人的监狱，并在1902年着手建筑旅顺监狱。其地址选择旅顺元宝房——原清军驻防营区的旧址（明朝曾建有南、北两城）。
监狱的建造全部采用俄国监狱的灰砖结构,到1903年底建成了监狱办公大楼和85间牢房及2间绞刑室。1904年2月爆发了日俄战争,监狱的修建工程没有完工,此所监狱也没来得及关押人。在监狱落成前,对长期服刑的犯人一律押送到符拉迪沃斯托克（海参葳)去服刑。截至1901年末，押送到符拉迪沃斯托克服刑的有120人，其中1900年为40人，1901年为80人。留在当地监禁的有40人，流放的80人。沙俄殖民统治者在统计中故意不标明罪犯的国籍，显然是有意掩盖沙俄残酷的民族压迫事实。
旅顺、大连、金州、貔子窝等地以及乡间的民政点，都设有沙俄关押人民的牢笼。在大连青泥洼桥附近，旅顺大华街等地都设有沙俄的监狱。在貔子窝，沙俄在西山顶上搞了一个很高很大的绞刑架，被判死刑的人在这里执行绞刑。当地人都把西山称鬼门山。大连市警察署内也设有可容纳50人的拘留所，1902年先后有1112人次被拘留。其中杀人案3件；强盗案件14件；盗窃案30件；诈骗案4件；对官方反抗和施暴的39件，共计90件。这里反抗和施暴的案件竟占整个官方案件的43%，反映了人们对沙俄统治的强烈不满。
沙俄殖民统治旅大期间，它的监狱立法与监狱管理制度，基本上是按照俄罗斯帝国狱政立法办事。19世纪前半期，俄国的封建农奴制已经衰落，沙皇尼古拉一世以残酷镇压十二月党人的革命开始了他的统治。他亲自领导设立皇帝陛下第二厅，掌握高级警察事务，惩办“国事犯”，监视嫌疑犯，并兼管监狱。在他任期内先后完成了《俄罗斯帝国法令全集》、《俄罗斯帝国法令全书》。
1861年农奴制度废除后，沙皇政府在政治上实行了一些资产阶级改良，使俄国的专制制度更加适应于资本主义发展需要，沙皇亚历山大二世批准了一个监狱改革方案(草案)。这个草案就其实质而言，是西欧一些先进资本主义国家的监狱制度与俄国原有的监狱制度相结合的大杂烩。如对犯人实行分别关押，对已决犯实行短期刑和长期刑分别监禁，并在彼得堡设立了短期刑监狱，莫斯科设立了长期刑监狱。但监狱内管理，仍保留沙皇农奴制的特点。1890年沙俄政府对监狱立法又作了新的修订,但基本实质未变,主要由沙俄政府监狱总署先后发布了数以千计的通令。
沙俄在旅顺监狱的管理以及整个远东和旅大地区没有完整的监狱立法和制度，完全按照俄国国内的方式办事，如遇到当地发生的特殊事情，没有俄式可参照执行，都由旅大所属各区、行政点自行发布通令。旅大沙俄殖民统治者仿照俄国本土办法，短刑犯都关押在旅大地区的监狱，刑轻者罚作监外苦役，如修马路、炮台军事设施。对反抗沙俄统治的所谓“危险分子”都判流刑，如旅顺水师营的王洪珠、王新荣叔侄俩开了一个卖黄酒、点心之类的小铺子，他俩曾把义和团给他们的传单，贴到水师营的中心大庙。由于汉奸告密，被俄方抓去发配到库页岛作苦役，直到沙俄战败撤离旅大，才从库页岛返回。沙俄统治旅大七年中，中国同胞被沙俄殖民统治者以莫须有的罪名送往库页岛、海参葳罚作苦役的人很多，至今没有准确数字。
此后沙俄在日俄战争中战败把旅顺等地又交给了日本，从此，日本也学习沙俄对旅大地区实行残酷的政治统治，疯狂的经济掠夺。
