至正二十一年，朱元璋被龙凤政权册封为吴国公，也宣告朱元璋正式成为割据一方的政治势力。同年朱元璋效仿宋代的枢密院制度，设立大都督府作为明军的最高领导、指挥机构。

不过真正受命掌管过大都督府的大都督只有朱文正和李文忠两人。朱文正被委任后不久就获罪下狱；李文忠则是长期率军在外作战，很少有机会行使大都督的职权。究其原因，无外乎是大都督府权力太大，朱元璋宁愿让大都督一职空悬也不想实授他人。

洪武十三年，太祖取消丞相制度的同时，也改组了大都督府。将其拆分为左、右、前、后、中五军都督府，太祖让五军都督府互不统属的同时，也悄悄地消除了将领手中不少权力。

太祖并不让明军组成大军待命而是分散于各军卫，日常由其所属的都督府管理戍卫、训练、屯田自养等事务。有战事时再根据需要从各军卫抽调军队组成大军，并委任于某个武将指挥作战，完事后再各回原处。

这样五军都督府及高级武将们就无法长期握有军队，威胁性自然就会下降很多。而此时文臣们别说涉及军权（他们最多就是帮助皇帝起草和传达军令），在地位上太祖也更不待见他们（从明初大封功臣可以明显看出差异）。

兵部有出兵之令，而无统兵之权；五军有统兵之权，而无出兵之令。

《春明梦余录·兵部》

都督府掌军旅之事，各领其都司、卫所......有大征讨，则挂诸号将军或大将军、前将军、副将军印总兵出，既事，纳之。

《明史·职官志》

虽然其后太祖通过“蓝玉案”对武将进行了大清洗，并通过藩王统兵屏藩国家这一政策，大幅削弱了武臣的权势。但是明军整体的军事统领制度并没有发生变化，仍然是皇帝通过五军都督府（武臣）统领明军。因此相对来说实际握有部分军权的武臣在朝堂的地位仍高于文官。

通过靖难登基的成祖，对于自己众亲戚的忌惮上一点也不亚于建文。所以他也没法效仿太祖让藩王们掌军，因此成祖在军事管理上做了些调整。逐渐收缴藩王们的军权并从北疆各处抽调军卫汇集于北京，组成以三大营（五军营、三千营和神机营）为主体的京营。

这支大军由朝廷（也就是皇帝）直接指挥，既可防御北虏也可震慑天下不臣。不过皇帝日常也不太可能长期直接管理这几十万大军，必然会倚重武臣。所以永乐时期武臣的权势和地位相对于洪武后期，实际上是又一次被抬升。

情况从仁宣时期开始发生变化。

由于成祖穷兵黩武和好大喜功极大地破坏了国内的生产以及透支了明朝的国力，明朝此时被迫将国策从对外征伐转变为息兵止戈、发展农商。整个皇朝从军事征讨转向内政治理，朝堂的话语权也自然开始从武臣向文官们转移。

另一方面围绕皇权的斗争，让仁宗也不得不防范众武臣。因为仁宗的两个好弟弟不但是握有重兵的藩王（汉王朱高熙和赵王朱高燧均是满编三护卫），还与军队中的勋贵将领们关系密切。

因此仁宗在军队中新设置了一个职位“参赞军务”（此职务后成为巡抚的头衔之一）。当朝廷需要集结军队在某一处用兵时，朝廷会派遣文官辅助统兵武臣（总兵官）处理军务。说是辅助，但其直接“上达天听”的能力，让武臣并不敢不尊重他的意见。

另外永乐时期对武将地位的抬升，也让宣宗明显感觉到来自武将的威胁。举个例子，宣德三年，都指挥使王文因与赵王朱高燧有怨，就以赵王欲谋逆为名率军包围了赵王府（赵王的三护卫早已上交朝廷）。

赵王死不死，宣宗可能并不会在意，宣宗在意的是王文未奏请朝廷许可就调动军队（后王文被论罪下狱）。为抑制武将膨胀的权势，宣宗在明军中也设置了一个新职位 – “监军”。监军全部由内廷宦官中选出，其职能就是代表皇帝监管军队。换句话说就是皇帝直接向军队空降了“领导”，这也进一步地限制了军队将领们的自主权。

同时宣宗为了提高朝廷管理地方的效率，在地方“三司”的基础上增设了“巡抚”的职务，巡抚掌握地方财税大权后在“参赞军务”职能的加持下，文臣们也开始涉足军事权力了。此消彼长之下，明朝文武官员们的地位已经开始发生明显的变化。

注：太祖朱元璋为防止地方官员权力过大出现藩镇局面，将地方大权一分为三。分别是主管民政的布政使司、主管刑狱的按察使司、主管军事的都指挥使司，三司互不统属。但是很多地方事务实际同时涉及多司，缺乏统筹之下处理效率很低。

明军在武臣被不断分权的同时，自身也开始出现严重问题。

首先是明朝军事策略从整体上转为防御后，暴露出明军的基础军卫制，实际上并不适合防御蒙古的劫掠。首先军队被分散于一个个卫所；其次各军卫日常主要以屯田自养为主务“三分戍边，七分屯种”，各卫所可战之兵并不多。

这就导致北虏突袭之下，明军无法有效的防御，因为没时间集结军队。防守数量不足永远是被动防御一方的硬伤。这也是明军沿边墙处处设防，但是实际上又处处都防守不住的一个重要原因。

另一方面卫所制度的崩坏，也让明军的战斗能力锐减。因为军卫屯田大量被侵占，无以为生的军卫士兵纷纷逃军，到了正统朝很多军卫实际在籍军士不足一半。除此之外，占役现象（朝廷、勋贵强役士兵服劳役）也越来越严重。

行在五军都督府言：在京七十七卫，官军士校尉总旗二十五万三千八百，除屯田守城外，其十一万六千四百俱内府、各监局及在外差用。今各营操练仅五万六千，选用不敷。况今工部人匠数多，足任役使，乞将各监局役占官军退回各营操练，从之。

《明英宗实录》

原本满编应有四十三万的七十七卫只剩二十五万，还因占役可参与操练的只有五万多人（也就是说紧急情况下只有五万多人可以出征）。军队被折腾成这样，战斗力还能剩下多少？所以正统十四年土木堡的惨败是必然的。

土木堡惨败后，于谦被升任兵部尚书受命北京防御。他遇到的第一个问题不是手头兵力不足，而是武臣不听指挥。提督三千营的沂城伯赵荣，觉得于谦这个文官没资格指挥军队并不服从于谦的命令，一直不赴营组织三千营的训练。

这是明朝文武官员地位变迁的标志性事件。于谦上奏监国朱祁钰（此时还未登基）后，赵荣被论罪收押，朱祁钰还赋予了于谦“提督各营军马”的职权。于谦也一跃成为开国以来实际权势最大的文臣，“提督”日后也成为总督、巡抚们掌军必备的头衔。

这次任命也标志这皇权开始通过文臣管理和指挥武将及军队，文臣的地位也跃居武人之上。

北京保卫战后，鉴于京营各卫的残破和糜烂，于谦准备重编京军。于谦认为土木堡的惨败的一大原因是，明军分散于各军卫的编制，让军队日常管理、训练松懈；集结成大军后又兵不识将、将不知兵，难以组织、指挥形成合力。

于谦最初的计划是将明军的主体编成由卫升级到营，每营编制两万人（相当于四个卫），各营从上到下设直管武臣负责日常军事训练和管理。后做了些调整，将各营满编人员降低到一万五千人，并增加了营属将官。

总督军务少保兼兵部尚书于谦、总兵官武清侯石亨等议选五军、神机、三千等营精锐，官军十五万，分为十营，每营置坐营都督一员，都指挥三员，把总都指挥十五员，指挥三十员，每队置管队官二员，有警分调剿贼，其余官军各委头目，于本营训练，守备京师。

于谦的军改对提升京营战斗力的作用，这里就不赘述了，主要来看看对武臣地方的影响。首先由于扩编“营”的战斗能力相对于“卫”有了极大的提升，营官成为常职也让武将们对军队的掌控更为紧密。对于朝廷和皇帝而言，威胁性也有了极大的提升（一个营颠覆北京朝廷绰绰有余）。

因此必然要加强对掌兵武臣的监管，既然是监管自然不能让武臣去监管，剩下就只有监军宦官和参赞军务的文臣了。而且为了预防武臣不轨，日常武臣只能负责训练和军纪管理，军队调遣、对军队将士的记功、奖赏、升迁等都是宦官和文臣的职权，这让武臣事实上成为了文官的下属。

新组建的京营众武将都是于谦以兵部尚书提督京营的身份任命的。这也将明军的人事权从五军都督府转移到了兵部，五军都督府从这个时候开始就被架空。虽然五军都督府还保有军卫内将官的任免权，但是明军的主力组成已经不再是之前的军卫，已经是全新组织体系的京营了。

可以说此时不管皇帝愿意还是不愿意，都得主要依靠文官来管理军队。

此后巡抚成为地方固定职务后，众巡抚也用这个模式将边军的人事权转移到了兵部。换句话说原军卫内的职务变成了没有实权的饭票。军队的人事权被文臣们把控后，武臣的地位就开始江河日下了。

虽然“夺门之变”后，英宗因为忌恨处死了于谦并且取消了文官提督京营兵马的权力，也提升了参与夺门的武将的地位。但是这并没能从整体上恢复武臣们失去的地位和权势。

首先英宗在提升武将的同时也在提升监军宦官们的权力，这就形成了制衡；其次夺门功臣们不合时宜的膨胀很快就让英宗意识到了武将获权后的危害，随着石亨一党的覆灭，武臣们的恢复也就戛然而止了；最后最重要的是英宗没有改变通过文官管理军队的模式。

到了成化朝，偶然中也是必然，明朝文武官员地位变迁再次迎来标志性事件。

成化元年荆襄地区爆发流民叛乱，十二月宪宗命抚宁伯朱勇为统帅率军前往平叛。成化二年，刚到荆襄的朱勇病倒，朝廷遂任命随行的工部尚书白圭“提督军务”并作为大军统帅继续征剿。

从此以后朝廷再有大军出征，都会授某文官“提督”、“总督”衔让其成为大军统帅，战事结束后再去职回原任。武臣也被文官们把控住了命门，功过是非都是文官们一句话的事情。

近时督抚等官平日把将官凌虐牵制，不得展布，有事却才用他。且如各边，但有功劳，督抚有升有赏，认做己功。及失事便推与将官，虚文搪塞……

《明神宗实录》

仗打赢了那是文官指挥、调度有方；仗打输了，不是武将畏敌不前就是贪功冒进。这时已经不是武臣们能不能翻身的问题，而是怎么不被降罪和保命的问题。这种情况下，武人沦为文臣的奴仆就是必然的事情了。

到了明朝后期，武将一旦被文臣们盯上，如果有爵位、官阶高，虽然不能自救，但起码还有机会上疏朝廷自辩一下，像戚继光、李成梁、毛文龙等。至于中下级武将，冤不冤没人关心，文官说杀也就杀了。