1924年自黄埔军校建立之后，作为该校校长的蒋介石为了办好学校，培养未来打天下的栋梁之才，曾经请求在西欧留学的黄埔军校政治部主任张申府推荐一些优秀的人才，张申府顺势推荐了包括周总理在内的一共50多个人。

当时的政治背景是国共第一次合作期间，身为中共广东区委委员长兼区委宣传部部长的周总理，经党组织批准，应邀于当年的秋天进入黄埔军校兼任该学校的政治教官，讲授政治经济学，从此之后开启了他与蒋介石长达20多年的磕磕碰碰。

11月份，周总理被蒋介石任命为黄埔军校政治部主任，自周总理上任之后，他便建立起了政治部的正常工作秩序以及工作制度，以及加强对学生们政治教育的方针。

经过多方面的大力诊断，使得政治部的工作很快就进入了正轨，学校也出现了新的气象。此外他还支持军校的学生编新剧宣传革命，使整个军校充满了革命的生机和活力，蒋介石见此情景由衷感慨，周总理是一个导演人才。

由于广东周边的局势不断恶化，黄埔军校不得不安排学生暂停学业，投身于平定广州商团和东征讨伐陈炯明的战斗中周总理在这过程中发挥了很大的组织领导能力，蒋介石逢人就夸赞，周总理是他在黄埔军校里最为得力的助手，而周总理也非常的尊重蒋介石，在军校管理的两次东征战斗中，他全力支持和配合蒋介石的工作。

随着个人实力的不断增长，蒋介石的真实面目逐渐展露，1925年11月在东征途中他召开了一次重要的会议，公开表示黄埔军校不可分裂，因此要求当时担任国民革命军第一军政治部主任的周总理把黄埔军校所有的中国共产党的名单都告诉他。

周总理知道此事关系到国共两党必须要请示中共中央才可以，因此当即拒绝了。蒋介石在第二次东征回来之后，周总理在返回广州的途中就如何回击蒋介石的问题，连同陈延年等人进行商讨，他们拟定的计划是撤出第一军中的中共党员，另组建国共合作军队，以防不测，但中共中央并不同意，导致这一提议并没有实施。

1926年3月20日，羽翼丰满的蒋介石开始走向了背叛革命的道路，他一手炮制了中山舰事件，这是他与我党决裂的第一个信号。

事变发生之后，周总理闻讯前来，竟也被蒋介石安排软禁在广州铸币厂长达一天之久，为此他义愤填膺，在铸币厂给蒋介石打了一通电话，蒋介石在电话那头十分慌张的询问：周主任，请问你有什么事情？

周总理在电话里指责蒋介石故意闹事，端祸起萧墙，而且还下令包围了苏联顾问的住宅。蒋介石面对周总理的指责只能不停地说这是谣言，全都是谣言。周总理告诉蒋介石，既然如此必须要亡羊补牢，请你下令释放扣押的同志们。

此事的影响力已经远远超过了蒋介石的控制范围，他很快下令释放了被他扣押的同志，这时周总理也清楚地意识到，他与蒋介石之间的嫌隙越来越大，再也没有回黄埔军校的可能性，因此周总理也与黄埔军校决裂了。

1926年7月，国共两党拟定了北伐大计，蒋介石担任国民革命军总司令出师之前，他希望让周总理担任国民革命军政治部主任一职，为了拉拢周总理，蒋介石装出一副礼贤下士的样子，特意摆了一桌宴席，当时陪着周总理赴宴的还有我党的重要代表恽代英。

在宴会上，蒋介石说你我曾经共过事，也曾经一起训练过军队。我把你们当成知己看待，希望恩来兄能与我一道北伐。

周总理婉转拒绝说此事只能由中共中央决定，我个人是难以抉择的。412政变发生之后周总理和蒋介石彻底决裂，面对着蒋介石反革命的嚣张气焰，周总理冒着腥风血雨于1927年8月1日在南昌组织了武装暴动，从此走上了创建人民军队，武装反抗蒋介石国民反动派的革命道路。

恼羞成怒的蒋介石下令悬赏8万元缉拿周总理，却始终未能如愿。