东晋之所以没有没有恢复统一，进一步来说，南北朝为何是北朝统一南朝，除了本身的皇帝本身弱势之外，再就是世家大族控制了朝局，皇帝不过是一个牌位，而对于世家大族来说，北伐并恢复一统，对世家大族没有任何实际利益，所以即便皇帝有心北伐也是有心无力，为了自身家族利益，他们不仅相互联姻，而且多头下注，所以无论最后谁上台，这些大家族都不吃亏，在这一点上，“王与马共天下”里面的琅邪王氏尤其如此。
永嘉元年（307年），成都王司马颖裹挟皇帝司马衷和部分宗室逃到邺城。并在邺城斩杀宗室，琅邪王司马睿惊惧之下连夜冒雨逃出邺城。司马颖见司马睿逃走，下令严守各个关隘，黄河渡口，必须活擒司马睿，侍从好不容易掩护司马睿渡过黄河，投奔东海王司马越，司马越对司马睿不错，让他留守下邳，并且派兵辅助，这时晋怀帝下旨让司马睿坐镇建业（南京）：“东海王越之收兵下邳也，假帝辅国将军。寻加平东将军、监徐州诸军事，镇下邳。俄迁安东将军、都督扬州诸军事。越西迎大驾，留帝居守。”这时候，王导、王敦也跟随而去，随后，王氏家族重要成员王舒、王含、王廙等并带动北方士族大举南下。
应该说，移镇江南是王氏兄弟的族兄王衍与权臣东海王司马越商定下来的，目的是为了保全琅邪王氏家族的血脉。说白了这是给司马越准备的后路。当时的江南，仍然是三国时期东吴士族的天下。北方大族的突然出现，打破了江南的政治与士族平衡。一时间，侨姓士族与本土士族的地盘冲突此起彼伏，使江南陷入了动荡期。这一点，无论是身在北方的王衍、司马越，还是已经南渡的王导、王敦，都不愿意看到，争取主导权已是必然。
王导深知，北方士族大规模南下，首要的是与江南士族和睦相处。应该做好长远打算，以江南为新的家族聚居地，繁衍生息，而在这种情况下，又如何占据主导地位，那还得是“挟天子以令诸侯”。琅邪王司马睿受天子指派而南下，是名义上的江南最高行政长官。王导希望推司马睿为帝，而王敦表示反对，在王敦看来，司马睿毫无帝王该有的雄霸之气，太老实了，而且司马睿不受江南本土名士的认可。但在王导看来，这也恰恰是司马睿的长处，性格敦厚的司马睿好控制，有利于王家的发达。
在这种情况下，王导与王敦开始了他们的“造王”计划，永嘉二年（308年）三月初三，按照传统，这一天，建邺城官民需要到长江边祭拜河神，修禊祈福。这一日，司马睿开着全套的肩舆出场，王敦与王导包括部分江南渡江名士跟在身后。王敦、王导等人始终保持着谦卑恭敬的态度：“及徙镇建康，吴人不附，居月余，士庶莫有至者，导患之。会敦来朝，导谓之曰：‘琅邪王仁德虽厚，而名论犹轻。兄威风已振，宜有以匡济者。’会三月上巳，帝亲观禊，乘肩舆，具威仪，敦、导及诸名胜皆骑从。吴人纪瞻、顾荣，皆江南之望，窃觇之，见其如此，咸惊惧，乃相率拜于道左。导因进计曰：‘古之王者，莫不宾礼故老，存问风俗，虚己倾心，以招俊乂。况天下丧乱，九州分裂，大业草创，急于得人者乎！顾荣、贺循，此土之望，未若引之以结人心。二子既至，则无不来矣。’帝乃使导躬造循、荣，二人皆应命而至，由是吴会风靡，百姓归心焉。自此之后，渐相崇奉，君臣之礼始定。”这似乎在告诉世人，司马睿乃当世难得的“明主”，值得效命追随。王导似乎能读懂江南名士的心，顾荣、贺循等人还没行动，他就给司马睿布置了“任务”，请司马睿亲笔写了几封态度十分诚恳的书信，交由王导出面造访江南士族。
王导
就这样，在王导与司马睿的通力合作下，江南士族纷纷表示愿为琅邪王前驱。司马睿初到江东，当时的江东基本上已经是门阀政治了，豪族，士族基本把持的上层社会。这就注定了东晋一开始就是门阀政治，皇帝轮流做，但从来没有掌握实权。
与此同时，靠着皇族间的内斗而掌权的东海王司马越在王朝内忧外患之际，忧惧过度而薨逝。司马越的突然薨逝，加剧了朝廷内外局势的动荡。在这个过程中，羯人石勒率军南下，王氏兄弟的族兄王衍仓促应战，导致最后一支朝廷精锐部队被全数歼灭。刘聪攻克洛阳，晋怀帝被杀，晋愍帝即位以后，加封司马睿为左丞相，全权主导江东事务。晋愍帝热切盼望被他任命为丞相的司马睿能发兵长安，保驾勤王。
对此，司马睿并非不遵旨，只是他还得征询王导、王敦两兄弟的意见。站在朝廷以及维护士族利益的角度，兴兵克复中原固然会得到各大门阀世家的精神支持，可打仗是要烧钱的。门阀世家此刻享受着舒适生活，他们绝对不愿意都不愿拿出家财为司马家族陪葬。所以，当匈奴大军攻破长安、俘获晋愍帝时，琅邪王司马睿即便愿意也不可能出兵。
当时南北文化差异甚大。在北方，魏晋流传下来的风气，让崛起的世家大族崇尚清谈、针砭时政之风；而南方士族则坚守两汉留下的经学传统，以著书立说、坚持儒教为己任。于是王导亲自给司马睿上书，请求遵照汉朝、东吴之例子，兴办太学，传授儒家思想。这很快让王导在江南名声大振，人们私底下都称他为“江左管夷吾”。司马睿则认为，王导就是上天赐给他的萧何：“俄而洛京倾覆，中州士女避乱江左者十六七，导劝帝收其贤人君子，与之图事。时荆扬晏安，户口殷实，导为政务在清静，每劝帝克己励节，匡主宁邦。于是尤见委杖，情好日隆，朝野倾心，号为‘仲父’。帝尝从容谓导曰：‘卿，吾之萧何也。’”言下之意，他自己就是刘邦。
建兴四年（316年）十一月十一日清晨，苦盼救兵不来的晋愍帝命手下反绑他的双手，抬着棺材，出城投降，西晋灭亡：“十一月乙末，使侍中宋敞送笺于曜，帝乘羊车，肉袒衔壁，舆榇出降。群臣号泣攀车，执帝之手，帝亦悲不自胜。御史中丞吉朗自杀。曜焚榇受壁，使宋敞奉帝还宫。”
司马睿
太兴元年（318年），晋愍帝司马邺被刘聪杀害的消息传到江南。晋愍帝之崩，意味着南方侨族再也没有机会回归故土。于是，在纪瞻、王导等人的劝进下，司马睿登基称帝，史称晋元帝。司马睿登基后，为感谢王氏兄弟的付出，让王导内掌朝政，王敦外握兵权。王导、王敦两兄弟一文一武，执政内外，很快，朝野便有了“王与马，共天下”的说法：“帝初镇江东，威名未著，敦与从弟导等同心翼戴，以隆中兴，时人为之语曰：‘王与马，共天下。’”而司马睿与琅邪王氏的合作，也开启了皇帝与士族门阀共治天下的“皇权变态政治”。
但随着司马睿坐稳皇位，“王与马”便不复从前那般亲密了。这是皇权与权臣之间博弈必然要出现的问题。司马睿初到江东，当时的江东基本上已经是门阀政治了，是豪族，士族基本把持的上层社会。这就注定了东晋一开始就是门阀政治，皇帝轮流做，但从来没有掌握实权。始终是傀儡皇帝。由于东晋的政治先天不足，也就无法再次统一。
当时王导在朝辅政，堂哥王敦在外领兵，他实在做不到凡事对司马睿毕恭毕敬。随着王敦执掌江南诸军事，其野心开始成几何倍数膨胀。而司马睿也对自己的地位是很清楚的，但他又不安于自己的地位，总力图表现自己，而王敦对这种“做作”的行为，多少有些不齿。故而司马睿对外发号施令，王敦毫不客气地派人把皇帝的诏令拦截下来。
王敦的骄横跋扈多少令晋元帝感觉颜面扫地，但长期接受士族扶持的他，却又不想公开得罪琅邪王氏，王导虽然始终保持谨慎，但在对待皇室子弟的态度上也暴露出他的真实心态。在这种情况下，晋元帝加强了对王氏兄弟的戒心，并试图在次等士族中挑选出合适的人选，进一步分化王氏兄弟手中的权力。
为了进一步分化王敦的兵权，晋元帝开始大力任用宗室。正如世家门阀壮大靠的是宗族血缘关系，晋元帝也需要一大帮宗室、亲信同心戮力，即便在此之前西晋出现过“八王之乱”的惨痛教训。
王敦
东晋朝廷有新贵，也有旧臣，有强龙，就有地头蛇，所谓有人的地方就有江湖，朝堂也是一样，只不过是更加精彩和文明而已。打着替王敦分忧的旗号，晋元帝让协助过王敦平定杜弢叛乱的老将周访出镇荆州。荆州地处长江以南中游腹地，地位十分重要。所以，周访一到，王敦立马就意识到来者不善。使得王敦对司马睿十分不满，当即起兵造反。
这无疑是动了广大世家大族的根本利益，永昌元年（322年），王敦骤然自武昌发兵建康，史称“王敦之乱”。他打出了“清君侧”的旗号。尽管王敦并未将矛头对准晋元帝，但司马睿很快就看清了一个事实：天下的世家大族是绝对不会在自身利益受损时，宣誓效忠皇室的。尽管司马睿像个孤勇者一般对外宣称“有杀敦者，封五千户侯”。诸世家不为所动，而晋元帝在王敦军威的震慑下，成了这场叛乱中笑话。
看着王敦起兵，王导始终保持沉默。“王敦之反也，刘隗劝帝悉诛王氏，论者为之危心。导率群从昆弟子侄二十余人，每旦诣台待罪。帝以导忠节有素，特还朝服，召见之。导稽首谢曰：‘逆臣贼子，何世无之，岂意今者近出臣族！’帝跣而执之曰：‘茂弘，方托百里之命于卿，是何言邪！’乃诏曰：‘导以大义灭亲，可以吾为安东时节假之。’”以沉默的态度支持了王敦的行动。王导的态度，很大程度上是做给当时的南北世家大族看的。这使得许多世家大族在“王敦之乱”中一直保持中立，直至战斗结束。“永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大将军王敦举兵于武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，徵征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹阳诸郡皆加军号。加仆射周顗尚书左仆射，领军王邃尚书右仆射。以太子右卫率周筵行冠军将军，统兵三千讨沈充。甲午，封皇子昱为琅邪王。刘隗军于金城，右将军周札守石头，帝亲被甲徇六师于郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统以蹑敦后。四月，敦前锋攻石头，周札开城门应之，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江乘，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：‘公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。’”王敦进入建康后，不急着拜见晋元帝，而是先纵兵捕杀戴渊、刁协、周顗等“保皇派”，在此情况下，司马睿赶紧派宦官去见大将军，并亲自修书痛悔前过，希望王敦放下成见，入朝继续“王与马共天下”的传奇。
王敦无视了司马睿的诏书。率兵洗劫建康城后，他便返回了武昌，遥控朝政。王敦一走，司马睿就病倒了，皇家威仪丧失殆尽，不久就病崩于建康。而晋元帝驾崩后，继承皇位的是司马绍，也就是晋明帝。
事情闹到这种地步，王敦深知自己已成骑虎难下之势，他不仅把朝中大臣得罪了个遍，还严重损害了南北士族的团结。太宁二年（324年）六月，王敦病重。为便于监视朝廷，他特命左司马温峤为丹阳尹，管理京畿要务。没想到，温峤调头就跑到晋明帝那里告发王敦谋反。
王导
于是晋明帝立即组织四路大军回防建康，并下旨令退休的王导出山“大义灭亲”，就任讨逆军总指挥。晋明帝的操作，使王导陷入了从政几十年来最矛盾的局面。他十分清楚，自己要是接受任命，便只能与堂兄王敦为敌；自己要是不奉诏任官，则会被晋明帝视为王敦的同党，到那时，站在旁边看笑话的士族必将蜂拥而至，以推倒琅邪王氏为己任。
在这种情形下，皇帝与琅邪王氏只能联手演戏，晋明帝对外宣称王敦已死，王敦讨伐对象只是叛军。王导则配合晋明帝做戏，以琅邪王氏长辈的身份率族中子弟给王敦发丧，再以族叔的名义代表朝廷给王敦的家人们写去劝降信，希望他们放下兵器，避免人伦惨祸：“及明帝即位，导受遗诏辅政，解扬州，迁司徒，一依陈群辅魏故事。王敦又举兵内向。时敦始寝疾，导便率子弟发哀，众闻，谓敦死，咸有奋志。及帝伐敦，假导节，都督诸军，领扬州刺史。”
得知王导的态度后，王敦激愤之下真的就病死了。就这样，在晋明帝数路大军的围剿下，王敦之乱被彻底平定。王敦之乱平定后，王导毫无疑问地成为琅邪王氏的绝对领导者。可由他和王敦以及晋元帝共同缔造的“王与马共天下”格局却走入了消亡阶段。
自此以后，司马家开始接受教训，不再北伐，不再夺权，安心做空头皇帝，而世家门阀也保留了底线，不篡位，给皇帝面子，门阀也不再是一家独大，王家、谢家、桓家、庾家，这些大门阀轮流上台，彼此合作，皆大欢喜。等到刘裕出现的时候，一切都玩不下去，结束了。
