在是否接纳萧渊明这一问题上，陈霸先与王僧辩的意见并不一致，而萧渊明的到来，也让陈霸先感到浑身不自在，王僧辩与陈霸先之间的关系随之出现了一丝裂痕。
陈霸先原本与王僧辩并不是同僚，只是在讨伐侯景的过程中走到了一起，在萧绎阵营中，王僧辩是嫡系，陈霸先则是草根。陈霸先以讨伐侯景为名，逐渐壮大了自己的力量，而萧绎则利用陈霸先加入也增添了讨伐军的实力，二者各取所需。白茅湾之盟前，王僧辩对陈霸先非常忌惮，白茅湾盟誓后，讨伐军确立了以王僧辩为主帅、陈霸先为副手这一格局，从表面上王僧辩将陈霸先的部队纳入了自己的管辖之下，但陈霸先拥有很大的自主性。
消灭侯景之后，南梁面临的局势并没有得到改观。先是陆纳的叛乱，王僧辩让陈霸先镇守建康，自己亲率大军西进，而后，江陵被围，北齐南下，王僧辩与陈霸先二人相互支持，苦苦支撑着危局。陈霸先镇守京口之后，王僧辩极力进行拉拢，想在两人之间构建像廉颇、蔺相如那样肝胆相照的同僚关系。王僧辩答应为第三子王颠娶陈霸先的女儿为妻，正要举行婚礼，却碰上王僧辩的母亲去世了，婚事遂耽搁了下来，然而，两家之间很亲密。亲密归亲密，但王僧辩对陈霸先并非没有一点提防。消灭侯景后，王僧辩在把京口之地交给陈霸先的同时，又任命自己的心腹在京口附近任职，多多少少有监视和牵制陈霸先的意味。
王僧辩迎立萧渊明是他审时度势的结果，但陈霸先坚持认为不可，在此之前，他从京口派遣使者到建康反复表达了反对意见，使者往返四次，可是王僧辩没有采纳，这让陈霸先非常恼火。陈霸先反对迎立萧渊明的真实理由已无从得知了，但绝对不是所谓的忠臣想法，其真实目的大约是贪图幼主容易被控制。
萧渊明的到来让他的如意算盘落空了，并且，由于此前的反对态度，陈霸先也担心等到萧渊明羽翼丰满之后，自己将死无葬身之地。另外，王僧辩之所以将自己安置在位置相对重要的京口，就是让自己抵御来自江北的北齐的威胁，如今，北齐的威胁已经消除，下一步，王僧辩很有可能会把矛头对准自己。想到这里，陈霸先遂加紧了发动叛乱的步伐，他下令秘密赶制了数千件战袍，并准备了大量金银、绸缎，以备将来赏赐之用。
正当陈霸先暗中计划偷袭建康时，恰巧江淮之间有人向王僧辩报告说齐军在寿阳聚集了大量军队，王僧辩判断齐军将要南下，遂派遣记室参军江旰前去京口，通知陈霸先，让其早做准备。《南史》称∶“时寿春竟无齐军，又非陈武之谲，殆天授也。”此时，南梁与北齐已经成为盟友，北齐没有必要进攻南梁，但是，为何王僧辩又坚持称北齐会南下呢?实际上，寿春并无北齐军队，这一传言也并非陈霸先有意所为，那么，究竟是谁制造了这一谣言?在陈霸先与王僧辩的这场生死对决中，出现了不少匪夷所思的事情，这仅仅是其中之一。
见江旰前来，陈霸先决定将计就计，立即发动政变。种种迹象表明，在萧渊明登基后，建康与京口之间已经发生了十分微妙的变化，王僧辩是否也想清除陈霸先，这已经不得而知了，但至少他还没有完成部署，也对陈霸先会突然发动袭击缺乏预见性，没有引起足够的重视，那么，王僧辩为什么要派江旰前来京口呢?是探听虚实，还是别有所图?可能都不是，这是因为，据《梁书》称，王僧辩对陈霸先毫无防备之心，他万万没有想到自己的准亲家竟然会违背盟誓，干出偷袭自己的事情。陈霸先把江旰扣留了下来，九月二十五日，他召集部将侯安都、周文育、徐度和杜棱四人商议。
听了陈霸先的话，杜棱担心事情难以成功，陈霸先担心杜棱会泄露，掏出手巾猛勒杜棱的脖子，将他勒昏过去，关在房中。当晚，陈霸先即集合部队，赏赐将士们，命侄儿陈昙朗镇守京口，徐度、侯安都率领水军直指石头城，他亲率骑兵、步兵从江乘县的罗落桥（江苏省仪征市境）出发，约定在石头城下会师。部队出发后，陈霸先这才把杜棱喊到身边，一起出发。当时，军中只有薛安都他们四人知道这次行动的目的，全军将士都认为是听从江肝的召唤，前夫建康抵御北齐军队，丝毫没有怀疑陈霸先会发动政变。
九月二十七日，侯安都率领水军将要朝石头城扑来，可是，陈霸先的步兵毫无动静。侯安都见状大为恐惧，他赶上陈霸先骂道∶ "今天你我是当叛贼的，已无法回头了!是生是死，立马就能见出分晓，你拖着屁股躲在后面还想干什么!如果失败了，你我都是死路一条，难道你晚点行动就不被砍头了吗?"陈霸先听了，说道∶"侯安都骂我了!"遂扬鞭前进。石头城的北面是丘陵地带，不太险峻，侯安都的军队来到石头城外，即弃舟登岸。来到城下，侯安都身披铠甲，手持长刀，让士兵们将他抬起，扔进城墙之内，将士们遂依次翻进城内，与此同时，陈霸先的军队也从南门杀入城内。
王僧辩正在石头城内办公，听说城外有军队，还没等他弄明白，又有人慌慌张张跑来说外面的军队已经杀进城内了!错愕之余，王僧辩慌忙从办公室逃出，与儿子王倾率领数十名贴身侍卫在办公室门前苦战，但终因寡不敌众，只好返身登上南门城楼之上。在城楼上，王僧辩向陈霸先叩头请求饶命，但陈霸先不为所动，并纵火焚烧城楼，不得已，王僧辩等人这才从城楼上下来，束手就擒。
陈霸先劈头盖脸问王僧辩∶"我有什么罪过，你竟然将与北齐军队一起讨伐我?"又说了一句∶"为啥你竟毫无戒备?"王僧辩回答∶"将北方防守都完全交给了你，怎么说没有戒备?"陈霸先问的这两句话，之所以显得非常突兀，很有可能是因为他的第一句问话下面，史家省略了王僧辩的回话。陈霸先说第一句话大约是说给自己身边的将士们听的，以证明自己这次行动的正当性，而王僧辩的回答极有可能揭露了陈霸先背信弃义的嘴脸，史家不敢如实记载吧?
当晚，陈霸先即下令勒死了王僧辩父子。前青州刺史程灵洗率军救援王僧辩，在石头城的西门与陈霸先的军队激战多时，战败，陈霸先派人劝降，程灵洗犹豫很久才投降。陈霸先觉得此人重节义，尽释前嫌，任命他为兰陵太守，让他率军东进协防京口。九月二十八日，陈霸先向各地发布文告，列举了王僧辩的种种罪行，并说∶ "只杀王僧辩父子兄弟，其余亲戚朋友，一概不究。"
